Thermo Fisher Scientific Analizador genético Analizador genético® 3100 El manual del propietario

Marca: Thermo Fisher Scientific

Modelo: Analizador genético Analizador genético® 3100

Tipo: El manual del propietario

Analizador genético

ABI PRISM® 3100

Manual de inicio rápido para secuenciación

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM® 3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL.

The ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied

Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems.

ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its

subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

ABI, BigDye, Factura, Hi-Di, POP, POP-4, and POP-6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.

AmpliTaq is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

Microsoft, Windows, and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries.

Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation.

pGEM is a registered trademark of Promega Corporation.

All other trademarks are the sole property of their respective owners.

Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches into 150 countries on

six continents. For international office locations, please call our local office or refer to our web site at www.appliedbiosystems.com.

Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the

Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.

Contenido

1 Introducción

Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1

Acerca de este manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

Para obtener más información . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-2

Asistencia técnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3

Seguridad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-8

2 Realización de una carrera de secuenciación

Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1

Antes de empezar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

Inicio del software 3100 Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3

Configuración de las preferencias del software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5

Trabajo con juego de placas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8

Comprobación y llenado de líquidos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10

Colocación de la placa en el muestreador automático . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13

Creación de un registro de placa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14

Vinculación de una placa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20

Inicio y control de la carrera. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23

Detención de una carrera y recuperación de los datos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24

Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-25

Visualización y modificación de un módulo de análisis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27

3 Visualización y análisis de los datos

Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1

Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el

software Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2

Visualización de datos analizados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

Análisis o repetición del análisis de los datos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

4 Calibraciones espacial y espectral

Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1

Realización de una calibración espacial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

Realización de una calibración espectral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6

5 Mantenimiento del instrumento

Generalidades . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1

Listas de tareas de mantenimiento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2

Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4

Comprobación del espacio disponible. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5

Limpieza e inspección de las jeringas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-7

Extracción de los bloques de polímero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9

Limpieza de los bloques de polímero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10

Colocación de polímero fresco en el instrumento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11

Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12

Instalación y extracción del conjunto de capilares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13

Almacenamiento de un conjunto de capilares. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15

Apagado del instrumento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-16

Indice

Introducción 1-1

Introducción 1

Generalidades

En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:

Apartado V. pág.

Acerca de este manual 1-2

Para obtener más información 1-2

Asistencia técnica 1-3

Seguridad 1-8

1-2 Introducción

Acerca de este manual

Objetivo El objetivo de este manual es proporcionar a los usuarios instrucciones básicas

acerca de cómo:

♦Realizar una carrera de secuenciación

♦Analizar los datos resultantes

♦Calibrar y realizar un mantenimiento rutinario del Analizador genético

ABI PRISM® 3100

Para obtener más información

Dónde encontrar

más informaciónOtros manuales y guías relativos al Analizador genético son:

Si desea... Consulte...

Número

referencia

información sobre seguridad o información acerca

de la preparación del laboratorio para el Analizador

genético

Manual de seguridad y de preparación del

emplazamiento del Analizador genético ABI PRISM

3100

4324536

información detallada acerca del Analizador

genético Manual del usuario del Analizador genético

ABI PRISM 3100 4315834

información acerca de la preparación de muestras

y la selección y optimización de los métodos

químicos para secuenciación en el Analizador

genético

Guía de la química de secuenciación del

Analizador genético ABI PRISM 3100 4315831

información detallada acerca del análisis y la

visualización de los datos de secuencias con el

programa de análisis de secuenciación de ADN

Manual del usuario del software de análisis de

secuenciación de ADN ABI PRISM v. 3.7 4308924

un procedimiento resumido sobre cómo realizar

una carrera de análisis de fragmentos típica, ver y

analizar los datos del proceso y realizar

operaciones de mantenimiento habituales

Manual de inicio rápido para el análisis de

fragmentos Analizador genético ABI PRISM 3100 431532

Introducción1-3

Asistencia técnica

Cómo ponerse en

contacto con el

servicio de asistencia

técnica

Puede ponerse en contacto con Applied Biosystems para recibir asistencia técnica

por teléfono o fax, por correo electrónico o a través de Internet. Puede solicitar

documentos del usuario, fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS),

certificados de análisis y otros documentos relacionados de Applied Biosystems

durante las 24 horas del día. Además, puede descargar documentos en formato PDF

del sitio web de Applied Biosystems (consulte la sección “Para obtener documentos a

petición”, presentada después de la información sobre contacto telefónico mostrada a

continuación).

Para ponerse en

contacto con el

servicio de asistencia

técnica por correo

electrónico

Puede ponerse en contacto por correo electrónico con el servicio de asistencia

técnica para obtener ayuda acerca de las siguientes áreas del producto:

Horario de asistencia

técnica por teléfono En Estados Unidos y Canadá se dispone de asistencia técnica en los siguientes horarios:

Para ponerse en

contacto con el

servicio de asistencia

técnica por teléfono

o fax

En Norteamérica

Para ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de

Applied Biosystems, utilice los números de teléfono o fax indicados a continuación.

(Para llamadas de servicio para otras necesidades de asistencia, o en caso de

emergencia, marque el 1-800-831-6844 y pulse 1.)

Área del producto Dirección de correo electrónico

Análisis genético (secuenciación de ADN) galab@appliedbiosystems.com

Sistemas de detección de secuencias y

PCR pcrlab@appliedbiosystems.com

Secuenciación de proteínas,

síntesis de péptidos y ADN corelab@appliedbiosystems.com

Biocromatografía, PerSeptive DNA, PNA y

sistema de síntesis de péptidos, CytoFluor®,

FMAT™, Voyager™ y espectrómetros de

masas Mariner™

tsupport@appliedbiosystems.com

Applied Biosystems/MDS Sciex support@sciex.com

Quimioluminiscencia (Tropix) tropix@appliedbiosystems.com

Producto Horario

Quimioluminiscencia 8:30 a 17:30, hora del este

Asistencia de Framingham 8:00 a 18:00, hora del este

Todos los demás productos 5:30 a 17:00, hora del Pacífico

Producto o

área del producto Teléfono

Marque el... Fax

Marque el...

Analizador de ADN ABI PRISM® 3700 1-800-831-6844,

y después pulse 81-650-638-5981

Síntesis de ADN 1-800-831-6844,

y después pulse 21 1-650-638-5981

1-4 Introducción

Secuenciación de ADN fluorescente 1-800-831-6844,

y después pulse 22 1-650-638-5981

Análisis de fragmentos fluorescentes

(incluye las aplicaciones GeneScan®)1-800-831-6844,

y después pulse 23 1-650-638-5981

Cicladores térmicos integrados (instru-

mentos Catalyst 800 y ABI PRISM® 877) 1-800-831-6844,

y después pulse 24 1-650-638-5981

Analizador genético ABI PRISM® 3100 1-800-831-6844,

y después pulse 26 1-650-638-5981

BioInformatics (incluye las aplicaciones

BioLIMS®, BioMerge® y SQL GT®)1-800-831-6844,

y después pulse 25 1-505-982-7690

Síntesis de péptidos (sistemas 433 y 43X) 1-800-831-6844,

y después pulse 31 1-650-638-5981

Secuenciación de proteínas (sistemas

de secuenciación de proteínas Procise®)1-800-831-6844,

y después pulse 32 1-650-638-5981

PCR y detección de secuencias 1-800-762-4001,

y después pulse 1 para

PCR, 2 para el 7700 o

el 5700, 6 para el 6700

o marque el

1-800-831-6844 y

después pulse 5

1-240-453-4613

Estaciones de trabajo de espectrometría

de masas Mariner™ ESI-TOF y

estaciones de trabajo de

bioespectrometría Voyager™ MALDI-TOF

1-800-899-5858,

y después pulse 13 1-508-383-7855

Estaciones de trabajo de

biocromatografía (BioCAD® y productos

de cromatografía de perfusión Poros®)

1-800-899-5858,

y después pulse 14 1-508-383-7855

Sistemas de síntesis de ácidos

nucleicos Expedite™1-800-899-5858,

y después pulse 15 1-508-383-7855

Síntesis de péptidos (sintetizadores de

péptidos Pioneer™ y 9050 Plus) 1-800-899-5858,

y después pulse 15 1-508-383-7855

Personalización y síntesis de PNA 1-800-899-5858,

y después pulse 15 1-508-383-7855

Sistema FMAT™ 8100 HTS y lector de

placas de fluorescencia CytoFluor® 4000 1-800-899-5858,

y después pulse 16 1-508-383-7855

Quimioluminiscencia (Tropix) 1-800-542-2369 (sólo

Estados Unidos),

o 1-781-271-0045

1-781-275-8581

Applied Biosystems/MDS Sciex 1-800-952-4716 1-508-383-7899

Producto o

área del producto Teléfono

Marque el... Fax

Marque el...

Introducción1-5

Fuera de Norteamérica

RegiónTeléfono

Marque el... Fax

Marque el...

África y Oriente Medio

África (angloparlante) y Asia Occidental

(Fairlands, Sudáfrica) 27 11 478 0411 27 11 478 0349

Sudáfrica (Johannesburgo) 27 11 478 0411 27 11 478 0349

Países de Oriente Medio y África del

Norte (Monza, Italia) 39 (0)39 8389 481 39 (0)39 8389 493

Asia Oriental, China, Oceanía

Australia (Scoresby, Victoria) 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799

China (Beijing) 86 10 64106608 86 10 64106617

Hong Kong 852 2756 6928 852 2756 6968

Corea (Seúl) 82 2 593 6470/6471 82 2 593 6472

Malasia (Petaling Jaya) 60 3 758 8268 60 3 754 9043

Singapur 65 896 2168 65 896 2147

Taiwán (Taipei Hsien) 886 2 22358 2838 886 2 2358 2839

Tailandia (Bangkok) 66 2 719 6405 66 2 319 9788

Europa

Austria (Viena) 43 (0)1 867 35 75 0 43 (0)1 867 35 75 11

Bélgica 32 (0)2 712 5555 32 (0)2 712 5516

República Checa y Eslovaquia (Praga) 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168

Dinamarca (Naerum) 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01

Finlandia (Espoo) 358 (0)9 251 24 250 358 (0)9 251 24 243

Francia (París) 33 (0)1 69 59 85 85 33 (0)1 69 59 85 00

Alemania (Weiterstadt) 49 (0) 6150 101 0 49 (0) 6150 101 101

Hungría (Budapest) 36 (0)1 270 8398 36 (0)1 270 8288

Italia (Milán) 39 (0)39 83891 39 (0)39 838 9492

Noruega (Oslo) 47 23 12 06 05 47 23 12 05 75

Polonia, Lituania, Letonia y Estonia

(Varsovia) 48 (22) 866 40 10 48 (22) 866 40 20

Portugal (Lisboa) 351 (0)22 605 33 14 351 (0)22 605 33 15

Rusia (Moscú)7 095 935 8888 7 095 564 8787

Europa – Balcanes (Zagreb, Croacia) 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840

España (Tres Cantos) 34 (0)91 806 1210 34 (0)91 806 1206

Suecia (Estocolmo) 46 (0)8 619 4400 46 (0)8 619 4401

Suiza (Rotkreuz) 41 (0)41 799 7777 41 (0)41 790 0676

Países Bajos (Nieuwerkerk a/d IJssel) 31 (0)180 331400 31 (0)180 331409

Reino Unido (Warrington, Cheshire) 44 (0)1925 825650 44 (0)1925 282502

Países no citados

(Warrington, Reino Unido) 44 (0)1925 282481 44 (0)1925 282509

1-6 Introducción

Para obtener

asistencia técnica a

través de Internet

Le recomendamos que visite nuestro sitio web. En él encontrará respuestas a las

preguntas más frecuentes y podrá obtener más información acerca de nuestros

productos. También puede solicitar a través de nuestro sitio web documentos técnicos

y un índice de documentos disponibles, así como recibirlos por fax o por correo

electrónico. La dirección del sitio web de Applied Biosystems es

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

Japón

Japón (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokio) 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507

Latinoamérica

Del.A. Obregon, México 305-670-4350 305-670-4349

RegiónTeléfono

Marque el... Fax

Marque el...

Para enviar preguntas técnicas desde Norteamérica o Europa:

Paso Acción

1Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems.

2Bajo el encabezado Troubleshooting (Solución de problemas), haga clic en Support

Request Forms (Formularios de solicitud de asistencia) y, a continuación, seleccione

la región de asistencia relevante para el área de interés del producto.

3Introduzca la información que se le solicite y su pregunta en el formulario mostrado

y, a continuación, haga clic en Ask Us RIGHT NOW (Pregúntenos AHORA) (botón

azul con el texto en amarillo).

4Introduzca la información que se le solicite en el siguiente formulario (si todavía no

lo ha hecho) y, a continuación, haga clic en Ask Us RIGHT NOW.

Recibirá por correo electrónico una respuesta a su pregunta de uno de nuestros

técnicos expertos en el plazo de 24 a 48 horas.

Introducción1-7

Para obtener

documentos a pedido Dispone de acceso gratuito las 24 horas del día a documentos técnicos de

Applied Biosystems, incluidas las fichas técnicas de seguridad, por fax, por correo

electrónico o mediante descarga desde nuestro sitio web.

Para solicitar

documentos... Haga lo siguiente...

por número de

índice a. Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems en la

dirección

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. Haga clic en el vínculo Index para el tipo de documento que desee,

busque el documento que desee y anote el número de índice.

c. Utilice el número de índice al solicitar documentos siguiendo los

procedimientos descritos más adelante.

por teléfono para

su envío por fax a. Desde Estados Unidos o Canadá, llame al 1-800-487-6809, o

desde fuera de Estados Unidos y Canadá, llame al 1-858-712-0317.

b. Siga las instrucciones por voz para solicitar los documentos que

desee.

Nota Puede solicitar un máximo de cinco documentos por petición.

a través de

Internet para

envío por fax o

correo electrónico

a. Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems en la

dirección

http://www.appliedbiosystems.com/techsupp

b. En Resource Libraries (Bibliotecas de recursos), haga clic en el tipo

de documento que desee.

c. Introduzca o seleccione la información solicitada en el formulario

mostrado y, a continuación, haga clic en Search (Buscar).

d. En los resultados de la búsqueda mostrados, seleccione una casilla

de verificación para el método de envío de cada documento que

coincida con sus criterios y, a continuación, haga clic en Deliver

Selected Documents Now (Enviar ahora los documentos

seleccionados) (o haga clic en el icono PDF del documento para

descargarlo inmediatamente).

e. Cumplimente el formulario de información (si no lo ha hecho

todavía) y, a continuación, haga clic en Deliver Selected Documents

Now para enviar su petición.

Nota Puede solicitar un máximo de cinco documentos para envío por

fax, pero no hay límite para el número de documentos que puede

solicitar para envío por correo electrónico.

1-8 Introducción

Seguridad

Palabras de aviso

para el usuario

utilizadas en la

documentación

En el texto de toda la documentación de usuario de Applied Biosystems aparecen

cinco palabras de aviso para el usuario. Cada palabra implica un nivel concreto de

observación o acción, tal y como se describe a continuación.

Nota Llama la atención sobre información útil.

IMPORTANTE Indica información necesaria para el correcto funcionamiento del instrumento.

Indica una situación potencialmente peligrosa que, si no se evita, puede

causar lesiones leves o moderadas. También puede utilizarse para alertar de prácticas no

seguras.

Indica una situación potencialmente peligrosa que, si no se evita, podría

causar la muerte o lesiones graves.

Indica una situación inminentemente peligrosa que, si no se evita, tendrá como

resultado la muerte o lesiones graves. Esta palabra de aviso se limitará a las situaciones más

extremas.

Advertencia de

peligro químico PELIGRO QUÍMICO. Algunos productos químicos utilizados con los

instrumentos y protocolos de Applied Biosystems son potencialmente peligrosos y pueden

causar lesiones, enfermedades o la muerte.

♦Lea y comprenda las fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS)

proporcionadas por el fabricante de los productos químicos antes de almacenar,

manipular o trabajar con cualquier producto químico o material peligroso.

♦Reduzca al mínimo el contacto con los productos químicos y evite inhalarlos.

Utilice un equipo adecuado de protección personal durante la manipulación de

productos químicos (p. ej., protectores oculares, guantes o vestimenta

protectora). Puede encontrar normas de seguridad adicionales en las MSDS.

♦No deje abiertos los recipientes de productos químicos. Utilícelos únicamente con

una ventilación adecuada.

♦Compruebe periódicamente la ausencia de fugas o salpicaduras. Si se produce

una fuga o una salpicadura, siga los procedimientos de limpieza del fabricante, tal

y como se recomienda en la MSDS.

♦Cumpla todas las leyes y normativas locales, estatales/provinciales o nacionales en

materia de almacenamiento, manipulación y eliminación de productos químicos.

Advertencia de

peligro de desechos

químicos

PELIGRO DE DESECHOS QUÍMICOS. Los desechos producidos por

los instrumentos de Applied Biosystems son potencialmente peligrosos y pueden causar

lesiones, enfermedades o la muerte.

♦Lea y comprenda las fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS)

proporcionadas por los fabricantes de los productos químicos en el recipiente de

desechos antes de almacenar, manipular o eliminar los desechos químicos.

♦Manipule los desechos químicos bajo una campana extractora.

♦Reduzca al mínimo el contacto con los desechos químicos y evite inhalarlos.

Utilice un equipo adecuado de protección personal durante la manipulación de

productos químicos (p. ej., protectores oculares, guantes o vestimenta

protectora).

PRECAUCI

ADVERTENCIA

PELIGRO

ADVERTENCIA

Introducción1-9

♦Después de vaciar el recipiente de desechos, ciérrelo bien con la tapa suministrada.

♦Elimine el contenido de la bandeja de desechos y de la botella de desechos

conforme a las buenas prácticas de laboratorio y a la normativa local,

estatal/provincial o nacional en materia de medio ambiente y salud.

Manual de seguridad

y de preparación del

emplazamiento

Un manual de seguridad y preparación del emplazamiento es un documento

independiente que se envía a todos los clientes que han comprado un instrumento de

Applied Biosystems. En el manual de su instrumento encontrará información relativa

a la preparación del emplazamiento, la seguridad del instrumento, la seguridad

química y los perfiles de desechos.

Acerca de las fichas

técnicas de

seguridad de los

materiales (MSDS)

Algunos productos químicos utilizados con este instrumento pueden estar catalogados

como peligrosos por su fabricante. Cuando existe peligro, se alerta de ello de forma

destacada en las etiquetas de todos los productos químicos.

Los fabricantes de productos químicos proporcionan una ficha técnica de seguridad

de materiales (MSDS) actualizada antes de o junto con el envío de productos

químicos peligrosos a los clientes nuevos, y con el primer envío de un producto

químico peligroso tras una actualización de la MSDS. En las MSDS encontrará la

información de seguridad necesaria para almacenar, manipular, transportar y

desechar los productos químicos de forma segura.

Recomendamos enérgicamente la actualización de las MSDS correspondientes en sus

archivos cada vez que reciba una nueva ficha junto con productos químicos peligrosos.

PELIGRO QUÍMICO. Antes de utilizar reactivos o disolventes,

familiarícese con las MSDS.

ADVERTENCIA

1-10 Introducción

Petición de fichas

técnicas de

seguridad

Puede pedir ejemplares adicionales gratuitos de las fichas técnicas de seguridad

(MSDS) para los productos químicos fabricados o distribuidos por Applied Biosystems

haciendo uso de la información para contacto referida a continuación.

Para los productos químicos no fabricados o distribuidos por Applied Biosystems,

llame al fabricante del producto químico.

Para solicitar fichas

técnicas de seguridad

(MSDS)... Haga lo siguiente...

A través de Internet a. Visite nuestro sitio web:

www.appliedbiosystems.com/techsupport.

b. Haga clic en MSDSs.

c. Puede abrir y descargar un PDF (con Adobe® Acrobat®

Reader™) del documento seleccionándolo, o puede hacer

que se le envíe el documento por fax o por correo electrónico.

Por servicio telefónico

automático Consulte “Para obtener documentos a pedido” en “Asistencia

técnica”.

Por teléfono en Estados

Unidos Marque el 1-800-327-3002 y, a continuación, pulse 1.

Por teléfono desde

Canadá

Por teléfono desde

cualquier otro paísConsulte la región específica en “Para ponerse en contacto con

el servicio de asistencia técnica por teléfono o fax” en

“Asistencia técnica”.

Si dispone de... Haga lo siguiente...

El número de documento

de la MSDS o el número

de índice del documento a

petición

Escriba uno de estos

números en el campo

apropiado de esta página.

El número de referencia

del producto Seleccione Click Here

(Haga clic aquí) y, a

continuación, escriba el

número de referencia o la

palabra o palabras clave

en el campo de esta

página.

Palabra o palabras clave

Para hacer un

pedido en... Marque el 1-800-668-6913 y...

InglésPulse

1, a continuación pulse 2 y

después vuelva a pulsar 1

FrancésPulse

2, a continuación pulse 2 y

después pulse 1

Introducción1-11

Etiquetas de

seguridad del

instrumento

Las etiquetas de seguridad están fijadas en el instrumento. Cada etiqueta de

seguridad tiene tres partes:

♦Un panel con una palabra de aviso, que implica un nivel concreto de observación

o acción (p. ej., PRECAUCIÓN o ADVERTENCIA). Si una etiqueta de seguridad

abarca varios peligros, se utilizará la palabra de aviso correspondiente al peligro

mayor.

♦Un panel con un mensaje, que explica el peligro y las acciones necesarias por

parte del usuario.

♦Un símbolo de alerta de seguridad, que indica un peligro potencial para la

seguridad personal. En el Manual de seguridad y preparación del emplazamiento

del Analizador genético ABI PRISM 3100 encontrará una explicación de todos los

símbolos de alerta de seguridad en varios idiomas.

Acerca de la

eliminación de

desechos

Como generador de desechos potencialmente peligrosos, es responsabilidad suya

realizar las acciones indicadas a continuación.

♦Identificar (mediante análisis, si es necesario) los desechos generados por las

aplicaciones, los reactivos y los sustratos utilizados en su laboratorio.

♦Garantizar la salud y la seguridad de todo el personal de su laboratorio

♦Garantizar que los desechos producidos por el instrumento se almacenen,

transfieran, transporten y eliminen de acuerdo con la normativa local,

estatal/provincial o nacional.

Nota Los materiales radiactivos o que impliquen un peligro biológico pueden requerir una

manipulación especial, pudiéndose aplicar limitaciones en materia de eliminación.

Antes de utilizar

el instrumento Asegúrese de que todo el personal implicado en el manejo del instrumento:

♦Haya recibido formación en materia de prácticas generales de seguridad para

laboratorios

♦Haya recibido formación en materia de prácticas específicas de seguridad para el

instrumento

♦Haya leído y comprendido todas las fichas técnicas de seguridad (MSDS)

correspondientes

No utilice este instrumento de una forma no especificada por

Applied Biosystems. Aunque el instrumento ha sido diseñado para proteger al usuario, esta

protección podría verse alterada si se utiliza el instrumento de manera inapropiada.

Uso seguro y eficaz

del ordenador El uso correcto del ordenador evita la aparición de efectos productores de estrés,

tales como fatiga, dolor y tensión.

Para reducir al mínimo estos efectos sobre su espalda, piernas, ojos y extremidades

superiores (cuello, hombros, brazos, muñecas y dedos), diseñe su estación de trabajo

de manera que se favorezcan posiciones de trabajo neutras o relajadas. Esto incluye

el trabajo en un entorno en el que la calefacción, el aire acondicionado, la ventilación

y la iluminación estén correctamente ajustados. Consulte las recomendaciones

mostradas a continuación.

PRECAUCI

1-12 Introducción

PELIGRO MUSCULOESQUELÉTICO Y POR MOVIMIENTOS

REPETITIVOS. Estos peligros están causados por los siguientes factores de riesgo

potenciales, entre otros: movimiento repetitivo, postura incómoda, esfuerzo, mantenimiento de

posturas estáticas poco saludables, presión por contacto y otros factores medioambientales de

la estación de trabajo.

♦Adopte una posición sedente que proporcione la combinación óptima de

comodidad, accesibilidad al teclado y evitación de tensiones y presiones

causantes de fatiga.

–La mayor parte del peso corporal debe descansar sobre las nalgas, y no

sobre los muslos.

–Los pies deben estar colocados planos sobre el suelo, y el peso de las

piernas debe descansar en el suelo y no estar soportado por los muslos.

–Debe existir un apoyo lumbar para mantener la curvatura cóncava apropiada

de la columna.

♦Coloque el teclado sobre una superficie que proporcione:

–La altura correcta para colocar los antebrazos horizontalmente y los brazos

verticalmente.

–Apoye los antebrazos y las manos para evitar la fatiga muscular de los

brazos.

♦Coloque la pantalla a una altura que permita una postura normal del cuerpo y la

cabeza. Esta altura depende de las proporciones físicas del usuario.

♦Ajuste los factores visuales para optimizar la comodidad y la eficiencia:

–Ajustando las variables de la pantallas tales como el brillo, el contraste y el

color, para adaptarlas a sus preferencias y a la iluminación ambiente.

–Colocando la pantalla de manera que se reduzcan al mínimo los reflejos de

las fuentes de luz ambiente.

–Colocando la pantalla a una distancia que tenga en cuenta variables del

usuario tales como la miopía, la presbicia, el astigmatismo y los efectos de

las lentes correctoras.

♦Al considerar la distancia del usuario a la pantalla, son útiles las siguientes

recomendaciones:

–La distancia de los ojos del usuario a la pantalla debe ser aproximadamente

la misma que la distancia de los ojos del usuario al teclado.

–Para la mayoría de las personas, la distancia de lectura más cómoda es de

aproximadamente 50 cm.

–La superficie de la estación de trabajo debe tener una profundidad mínima de

90 cm para permitir el ajuste de la distancia.

–Ajuste el ángulo de la pantalla para reducir al mínimo los reflejos y

deslumbramientos, y evite las superficies muy reflectantes en la estación de

trabajo.

♦Utilice un atril adecuado, ajustable en horizontal y en vertical, que permita colocar

el material de referencia en copia impresa a la misma distancia visual que la

pantalla y el teclado.

PRECAUCI

Introducción1-13

♦Mantenga los cables alejados de los usuarios y de las personas que circulen por

la zona.

♦Elija una estación de trabajo que tenga una superficie suficientemente grande

para otras tareas y que proporcione un espacio suficiente para el movimiento de

las piernas.

Advertencias de

descarga eléctrica PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA. Puede producirse una

descarga eléctrica intensa, que podría causar daños físicos o la muerte, si se trabaja sobre un

instrumento cuando la fuente de alimentación de alta tensión está en funcionamiento. Para

evitar una descarga eléctrica, desconecte la fuente de alimentación del instrumento,

desenchufe el cable de alimentación y espere al menos un minuto antes de empezar a trabajar

sobre el instrumento.

PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA. Para reducir la probabilidad de

descarga eléctrica, no retire las cubiertas que requieran para ello el uso de herramientas. En el

interior no hay piezas cuyo mantenimiento o servicio deban ser realizados por el usuario. Las

tareas de servicio deben ser realizadas por personal de servicio cualificado de

Applied Biosystems.

Advertencia de láser PELIGRO POR LÁSER. Un láser sobrecalentado puede causar

quemaduras graves si entra en contacto con la piel. NO manipule el láser si no puede ser

refrigerado por su ventilador. Use siempre gafas de seguridad para láser.

ADVERTENCIA

Realización de una carrera de secuenciación2-1

Realización de una

carrera de secuenciación2

Generalidades

En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:

Apartado V. pág.

Antes de empezar 2-2

Inicio del software 3100 Data Collection 2-3

Configuración de las preferencias del software 2-5

Trabajo con juego de placas 2-8

Comprobación y llenado de líquidos 2-10

Colocación de la placa en el muestreador automático 2-13

Creación de un registro de placa 2-14

Vinculación de una placa 2-20

Inicio y control de la carrera 2-23

Detención de una carrera y recuperación de los datos 2-24

Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera 2-25

Visualización y modificación de un módulo de análisis 2-27

2-2 Realización de una carrera de secuenciación

Antes de empezar

Suposiciones Los procedimientos descritos en este capítulo tienen en cuenta las siguientes

suposiciones:

♦El ordenador y el instrumento se han configurado correctamente.

♦Se ha calibrado el instrumento: se han realizado satisfactoriamente las

calibraciones espacial y espectral. En caso necesario, consulte el Capítulo 4 de

este manual.

♦Existe espacio suficiente en el disco duro del ordenador. En caso necesario,

consulte el Capítulo 5 de este manual.

♦Las muestras se han preparado y resuspendido correctamente. Si desea

información acerca de la preparación de muestras, consulte la Guía de la química

de secuenciación del Analizador genético ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315831).

Realización de una carrera de secuenciación2-3

Inicio del software 3100 Data Collection

Antes de empezar Antes de iniciar el software Data Collection:

Paso Acción

1Cerciórese de que el ordenador y el monitor estén encendidos.

IMPORTANTE Debe encenderse el ordenador antes que el instrumento.

El nombre de usuario predeterminado es “3100User”, y la contraseña

predeterminada es ninguna (dejar el espacio correspondiente en blanco).

2Cerciórese de que el Analizador genético ABI PRISM® 3100 esté encendido y que la

luz verde de estado esté permanentemente encendida (no parpadee).

3Cerciórese de que esté en ejecución el programa OrbixWeb Daemon buscando su

botón en la barra de tareas de Windows NT.

Si no está en ejecución OrbixWeb Daemon, vaya al menú Inicio, señale Applied

Biosystems y seleccione OrbixWeb Daemon.

Nota Para crear un acceso directo: (a) Busque el archivo orbixd.exe en el

siguiente directorio: D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin. (b) Haga clic con el botón

derecho del ratón en el archivo. (c) Haga clic en Crear acceso directo. Se creará un

acceso directo con el nombre Acceso directo a orbixd.exe. (d) Arrastre el acceso

directo al escritorio.

IMPORTANTE Debe estar en ejecución OrbixWeb Daemon para poder iniciar el

software 3100 Data Collection.

2-4 Realización de una carrera de secuenciación

Inicio del software

Data Collection Para iniciar el software Data Collection:

Paso Acción

1En el menú Inicio, señale Applied Biosystems y seleccione 3100 Data Collection.

Nota Para crear un acceso directo: (a) Busque el archivo 3100Collection.bat en

el siguiente directorio: D:\AppliedBio\3100\Bin. (b) Haga clic con el botón derecho

del ratón en el archivo. (c) Haga clic en Crear acceso directo. Se creará un acceso

directo con el nombre Acceso directo a 3100 Collection Software.

(d) Arrastre el acceso directo al escritorio.

Se abrirá el software 3100 Data Collection y se mostrará la siguiente ventana:

Realización de una carrera de secuenciación2-5

Configuración de las preferencias del software

IntroducciónLas preferencias del software Data Collection se definen durante la instalación del

instrumento, pero puede verlas o modificarlas en el cuadro de diálogo Setting

Preferences (Configuración de preferencias).

Visualización del

cuadro de diálogo

Setting Preferences

Página Data

Collection

(Recogida de datos)

Para ver el cuadro de diálogo Setting Preferences:

Paso Acción

1En el menú View (Ver), seleccione Preferences o haga clic en el botón Preferences

de la barra de herramientas.

El cuadro de diálogo tiene dos páginas, tal y como se muestra a continuación.

Preferencia Descripción

Instrument Name

(Nombre del

instrumento)

Este campo se rellena automáticamente con demo_3100.

Puede cambiarlo por cualquier nombre (p. ej., el número de serie del

instrumento).

2-6 Realización de una carrera de secuenciación

Página Data

Analysis

(Análisis de datos)

Preferencia Descripción

AutoAnalysis On

(Análisis automático

activado)

Seleccione esta casilla para hacer que el software de análisis analice

automáticamente las muestras después de la carrera.

Nota La selección de esta opción no impide volver a analizar los

datos de la muestra.

BioLIMS Utilice estos parámetros para extraer los datos a una base de datos

de BioLIMS en lugar de a archivos de muestras.

Realización de una carrera de secuenciación2-7

Sample File Name

Prefix Format

(Formato del

prefijo del nombre

de los archivos de

muestras)

Especifique el formato para los nombres de los archivos de muestras

utilizando las listas desplegables para reordenar los identificadores.

Nota Además de los cuatro identificadores definidos con los menús

desplegables, se añadirá automáticamente a todos los nombres el

número de capilar y una extensión de archivo. Por consiguiente, en el

ejemplo de página Data Analysis mostrado a continuación, el nombre

de la muestra sería:

Sample Name_Well Position_Capillary Number.ab1

Preferencia Descripción

Identificador Origen

Run ID

(Identificador

de la carrera)

Generado por el software Data Collection

Sample Name

(Nombre de la

muestra)

Se toma de la entrada de la hoja de cálculo

Plate Editor (Editor de placas)

Well Position

(Posición de los

pocillos)

Se toma de la posición de la muestra en la placa

(letra de la columna y número de fila,

p. ej., C3)

Plate Name

(Nombre de la

placa)

Se toma de la entrada del cuadro de diálogo

Plate Editor

Instrument ID

(Identificador del

instrumento)

Se toma de la entrada de preferencias de la

página Data Collection

Array ID

(Identificador

de conjunto)

Se toma de la entrada del asistente Install

Capillary Array Wizard (Asistente de instalación

de conjuntos de capilares)

2-8 Realización de una carrera de secuenciación

Trabajo con juego de placas

Componentes del

juego de placas Los componentes del juego de placas se ensamblan de la siguiente manera:

Preparación de un

juego de placas

Retenedor

de la placa

Placa de

muestra

Base de la

placa

Tapas tipo

septa 12 3

Para preparar un juego de placas:

Paso Acción

1Fije unas tapas tipo septa limpias y secas en la placa de muestra.

IMPORTANTE No utilice nunca placas deformadas.

IMPORTANTE Cerciórese de que las tapas tipo septa estén planas sobre la placa.

2Coloque la placa de muestra en la base de la placa.

3Encaje el retenedor de la placa en la placa y la base de la placa.

Realización de una carrera de secuenciación2-9

4Cerciórese de que los agujeros del retenedor de la placa estén alineados con los

agujeros de las tapas tipo septa.

IMPORTANTE Si los agujeros del retenedor de la placa y de las tapas tipo septa no

están correctamente alineados, se dañarán los extremos del conjunto.

Para preparar un juego de placas: (continuación)

Paso Acción

Los agujeros del retenedor

de la placa deben estar

alineados con los agujeros

de las tapas tipo septa.

2-10 Realización de una carrera de secuenciación

Comprobación y llenado de líquidos

Adición o cambio

del polímero Determine si necesita añadir o cambiar el polímero del instrumento antes de conti-

nuar con la preparación del instrumento.

IMPORTANTE Sustituya siempre el polímero si tiene más de 1 semana.

IMPORTANTE Cerciórese de que no haya burbujas de aire en el bloque superior de polímero

antes de continuar. Para eliminar las burbujas de aire existentes, consulte la página 5-4.

Cuándo sustituir

el tampónSustituya el tampón de procesamiento 1X del reservorio de tampón catódico

diariamente, o antes de cada serie de carreras.

IMPORTANTE Si no se sustituye el tampón podría producirse una pérdida de resolución y de

calidad de los datos.

IMPORTANTE Para rellenar el tampón y colocar la placa es preciso que el muestreador

automático esté en posición de avance, con los extremos de los capilares fuera de la solución

de tampón. No deje el muestreador automático en esta posición durante más de 30 min, ya que

los capilares pueden desecarse.

Si el polímero del instrumento... Haga lo siguiente...

tiene menos de una semana, y

está en cantidad suficiente para

completar las carrerasa

a. Debe tener >0,5 ml. Una carrera utiliza 50–80 µl de polímero. Esto equivale a 60–100 carreras a partir de

una jeringa de 5 ml.

Cerciórese de que no haya burbujas de aire y continúe

con la preparación del instrumento.

Nota Para eliminar las burbujas de aire existentes,

consulte la página 5-4.

tiene más de 1 semana, o

no está en cantidad suficiente para

completar las carreras

Rellene las jeringas y el bloque superior de polímero

con polímero siguiendo las instrucciones del asistente

Change Polymer Wizard (Asistente de cambio de

polímero). Consulte las instrucciones en la página 5-11.

PELIGRO QUÍMICO. El

polímero POP puede causar irritación de los ojos, la

piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica

de seguridad (MSDS) y siga las instrucciones de

manipulación indicadas. Use protectores oculares,

vestimenta protectora y guantes apropiados. Uso

exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.

PRECAUCI

Realización de una carrera de secuenciación2-11

Preparación de

tampón para una

carrera simple

Llenado de los

reservorios de agua y

de tampón catódico

Para preparar 30 ml de tampón de procesamiento 1X:

Paso Acción

1Añada 3,0 ml de tampón de procesamiento 10X a un cilindro graduado.

2Añada agua desionizada para enrasar a 30 ml.

3Mezcle bien.

Para llenar los reservorios de agua y de tampón catódico:

Paso Acción

1Cierre las puertas del instrumento.

2Pulse el botón Tray (Bandeja) situado en el exterior del instrumento para llevar el

muestreador automático a la posición de avance.

3Espere hasta que el muestreador automático se haya detenido y, a continuación,

abra las puertas del instrumento.

4Retire el reservorio de tampón catódico y los reservorios de agua del instrumento.

5Deseche los líquidos restantes y lave los reservorios con agua desionizada.

Nota Aunque el desecho está muy diluido, debe seguir las normas de eliminación

de desechos de su empresa en relación con los procedimientos de eliminación

apropiados.

6Lave el reservorio catódico con tampón de procesamiento 1X y, a continuación,

enrase con tampón de procesamiento 1X (unos 17 ml).

7Enrase los reservorios de agua con agua desionizada de calidad (unos 17 ml).

8Coloque unas tapas tipo septa limpias en cada reservorio y seque las superficies

externas de los reservorios con un paño sin pelusa.

Nota Le recomendamos etiquetar los reservorios para evitar confusión.

Cerciórese de que las tapas tipo septa encajen

perfectamente en las partes superiores de los reservorios con el fin de evitar dañar

los extremos de los capilares.

Botón Tray

PRECAUCIÓN

Las tapas tipo septa descansan planas

sobre el reservorio

Línea de llenado

2-12 Realización de una carrera de secuenciación

Llenado del

reservorio de

tampón anódico

Cambie el tampón anódico:

♦Antes de cada carrera o al menos cada 24 horas.

♦Cada vez que llene el bloque de polímero con polímero nuevo.

9Coloque los reservorios en posición en el muestreador automático tal y como se

muestra a continuación.

Para llenar los reservorios de agua y de tampón catódico: (continuación)

Paso Acción

Reservorio de

agua (lavado)

Reservorio catódico (tampón

de procesamiento 1X)

Reservorio de

agua (desechos)

Reservorio de

agua

Para llenar el reservorio de tampón anódico hasta la línea de llenado con tampón de

procesamiento 1X:

Paso Acción

1Extraiga el reservorio de tampón anódico tirando firmemente de él y girándolo

ligeramente al mismo tiempo.

2Deseche el tampón utilizado de manera apropiada.

3Limpie y lave el reservorio con agua desionizada y, a continuación, lávelo con

tampón.

4Llene el reservorio hasta la línea de llenado con tampón de procesamiento 1X

fresco (unos 8 ml).

5Coloque el reservorio de tampón anódico en el instrumento.

Nota El menisco debe alinearse con la línea de llenado.

6Si se llena el reservorio de líquido, repita el procedimiento para desechar y sustituir

el tampón de procesamiento.

Nota El reservorio podría llenarse durante la eliminación de burbujas.

Línea de llenado

Realización de una carrera de secuenciación2-13

Colocación de la placa en el muestreador automático

Colocación de la

placa en el

muestreador

automático

Para colocar la placa en el muestreador automático:

Paso Acción

1Coloque el juego de placas en el muestreador automático tal y como se muestra a

continuación.

Nota Sólo hay una orientación posible para la placa, con el extremo dentado de

la base de la placa alejado de usted.

IMPORTANTE Cerciórese de que el juego de placas encaje plano en el

muestreador automático. En caso contrario, los extremos de los capilares podrían

elevar el juego de placas dejándolo fuera del muestreador automático.

2Cuando la placa está correctamente colocada, el indicador de posición de la placa

de la página Plate View (Vista de la placa) cambia de color de gris a amarillo.

Compruébelo.

3Cierre las puertas del instrumento.

Nota Al cerrar las puertas el muestreador automático vuelve a la posición en que

estaba antes de que se abrieran las puertas.

Placa colocada en la posición A

No hay placa en la posición B

2-14 Realización de una carrera de secuenciación

Creación de un registro de placa

Acerca de los

registros de placa Los registros de placa son tablas de datos de la base de datos del instrumento que

almacenan información sobre las placas y las muestras que contienen.

Nota Un registro de placa es similar a una hoja de muestras o a una lista de inyecciones que

pueda haber utilizado con otros instrumentos de ABI PRISM.

Uso del Editor de

placas para crear un

registro de placa

Siga los dos procedimientos descritos a continuación para crear un registro de placa

con el Editor de placas.

Consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100

(n.ºref. 4315834) si desea información acerca de otras formas de crear registros de

placa y de cómo importar y exportar registros de placa.

Introducción de

información del

registro de placa

Nota No puede crear un registro de placa si hay una carrera de análisis en curso.

Para introducir información de registro de placa:

Paso Acción

1Haga clic en la ficha Plate View en la ventana 3100 Data Collection Software para

acceder a la página Plate View.

2Haga clic en el botón Plate Editor (Editor de placas) de la barra de herramientas.

Aparecerá el cuadro de diálogo Plate Editor.

Ficha Plate

View

Realización de una carrera de secuenciación2-15

Introducción de

información sobre

las muestras

3En el cuadro de diálogo Plate Editor:

♦Asigne un nombre a la placa (Plate name).

♦Especifique la aplicación (Application).

♦Seleccione el tipo de placa (Plate Type).

♦Introduzca comentarios (Comments) si lo desea (opcional).

IMPORTANTE Para el nombre de la placa puede usar letras, números y los

siguientes signos de puntuación: -_(){}#.+. No utilice espacios.

4Cuando haya terminado, haga clic en Finish (Terminar).

Se abrirá la hoja de cálculo Plate Editor.

Para introducir información de registro de placa: (continuación)

Paso Acción

Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa:

Paso Acción

1En la hoja de cálculo Plate Editor, escriba los nombres de todas las muestras en la

columna Sample Name (Nombre de la muestra).

Nota En la convención de nomenclatura predeterminada, el nombre de la

muestra que escriba se incorporará al nombre del archivo de muestras. Por

ejemplo:

La convención de nomenclatura utilizada para los archivos de muestras puede

modificarse en el cuadro de diálogo Preferences. Consulte la página 2-6 si desea

más información.

IMPORTANTE Para el nombre de las muestras puede usar letras, números y los

siguientes signos de puntuación: -_(){}#.+. No utilice espacios.

IMPORTANTE Cerciórese de que los nombres de archivos de muestras no tengan

más de 59 caracteres. No se realizan comprobaciones automáticas de errores para

los nombres de muestras de más de 59 caracteres. El software de análisis no

puede abrir archivos de muestras con nombres largos.

MySample_A01_.ab1

Nombre de la muestra

Posición del pocillo

2-16 Realización de una carrera de secuenciación

2Para cada muestra, seleccione el conjunto de fluorocromos apropiado en la lista

desplegable Dye Set (Conjunto de fluorocromos). Para el software de análisis de

secuenciación de ADN ABI PRISM®, seleccione Dye Set E.

IMPORTANTE Cerciórese de seleccionar el conjunto de fluorocromos correcto

para su carrera o carreras de análisis. Si se recogen datos estando seleccionado

un conjunto de fluorocromos incorrecto, será necesario repetir la carrera o carreras.

3Para cada muestra, seleccione el archivo de movilidad apropiado en la lista

desplegable Mobility File (Archivo de movilidad).

Nota Es posible que tenga que cambiar el tamaño de la columna para ver el

nombre del archivo completo. Para ello, sitúe el cursor entre las cabeceras de

columna (el cursor se convertirá en una flecha de doble punta) y arrástrelo hacia la

derecha.

La siguiente tabla muestra qué archivo de movilidad debe seleccionarse

basándose en el producto químico de secuenciación.

Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)

Paso Acción

Producto químico de secuenciación

de ADN Archivo de movilidad

ABI PRISM® BigDyeTM Primer; uso del

cebador -21m13 DP3100POP6{BD-21M13}v1.mob

BigDye Primer chemistry; uso del

cebador inverso DP3100POP6{BD-M13Rev}v1.mob

ABI PRISM® BigDyeTM Terminator

chemistry DT3100POP6{BD}v2.mob

ABI PRISM® dRhodamine Terminator

chemistry DT3100POP6{dRhod}v1.mob

Realización de una carrera de secuenciación2-17

4Introduzca un proyecto BioLIMS.

IMPORTANTE Se requiere un proyecto BioLIMS para cada muestra aunque no se

utilice una base de datos BioLIMS.

a. Haga clic en la celda de la columna BioLIMS Project (Proyecto BioLIMS)

correspondiente a la celda A1 de la columna Well (Pocillo).

b. Seleccione un nombre de proyecto en la lista desplegable.

Nota Si desea más información acerca de la configuración de un proyecto

BioLIMS, consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.

c. Para asignar el mismo nombre de proyecto a todas las muestras del registro de

placa:

–Haga clic en la cabecera de la columna para seleccionar toda la columna.

–Pulse CTRL+D.

Nota Pulse CTRL+D siempre que un campo sea igual para todas las muestras del

registro de placa.

5Para cada muestra, seleccione el módulo de carrera apropiada en la lista

desplegable Run Module (Módulo de carrera).

Nota Si necesita ver o modificar un archivo de módulo de carrera, consulte la

página 2-25.

La siguiente tabla muestra el módulo de carrera que debe seleccionarse en función

del tipo de carrera:

Nota Si selecciona diferentes módulos para distintas muestras, las muestras se

agruparán automáticamente de manera que todas las muestras con el mismo

módulo de carrera se procesarán al mismo tiempo. Las carreras se programan en

orden alfanumérico por el nombre del módulo de carrera, y no en el orden indicado

en el registro de placa ni por el nombre de la muestra.

Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)

Paso Acción

IMPORTANTE Debe introducir un proyecto BioLIMS.

Tipo de carrera Módulo de carrera

Secuenciación estándar de ADN StdSeq50_POP6DefaultModule

Secuenciación rápida de ADN RapidSeq36_POP6DefaultModule

2-18 Realización de una carrera de secuenciación

6Para cada muestra, seleccione el módulo de análisis apropiado en la lista

desplegable Analysis Module (Módulo de análisis).

IMPORTANTE Debe seleccionarse la preferencia AutoAnalysis (Análisis

automático) si se desea que el análisis tenga lugar automáticamente después de la

carrera (consulte la página 2-6).

La siguiente tabla muestra el módulo de análisis que debe seleccionarse en función

del tipo de carrera.

Nota Puede examinar la configuración para cada uno de estos archivos

utilizando el software de análisis de secuenciación de ADN. El significado de los

parámetros de configuración se describe en el Manual del usuario del software de

análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM (n.º ref. 4308924).

7Si desea procesar la misma muestra de nuevo, seleccione un segundo módulo de

carrera y un segundo módulo de análisis. Puede procesar una muestra en una

placa vinculada hasta cinco veces.

Las muestras se agruparán automáticamente de manera que todas las muestras

con el mismo módulo de carrera se procesarán de forma secuencial.

Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)

Paso Acción

Tipo de carrera Módulo de análisis

Secuenciación estándar de ADN BC-3100_SeqOffFtOff.saz

Secuenciación rápida de ADN BC-3100RRv2_SeqOffFtOff.saz

Realización de una carrera de secuenciación2-19

8Compruebe que el registro de placa sea correcto y, a continuación, haga clic en OK

(Aceptar).

Nota Puede transcurrir cierto tiempo hasta que el nuevo registro de placa se

guarde en la base de datos y se añada a la tabla Pending Plate Records (Registros

de placa pendientes) tal y como se muestra a continuación.

Nota Para utilizar el mismo nombre para otro registro de placa, deberá eliminar

antes de la base de datos este registro de placa.

Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)

Paso Acción

2-20 Realización de una carrera de secuenciación

Vinculación de una placa

IntroducciónEste procedimiento describe cómo vincular una placa del muestreador automático al

registro de placa que ha creado. Esta operación debe realizarse antes de poder

procesar una placa.

IMPORTANTE Es posible vincular una placa aunque no se hayan seleccionado módulos de

carrera para sus muestras. En este caso, no aparecerá ningún mensaje de error y no se

programarán carreras para las muestras de la placa.

Vinculación de una

placa a un registro

de placa

Para vincular una placa a un registro de placa:

Paso Acción

1Haga clic en la ficha Plate View en la ventana 3100 Data Collection Software para

acceder a la página Plate View.

2En la página Plate View:

a. En la tabla Pending Plate Records, haga clic en el registro de placa al que desea

vincular la placa.

b. Haga clic en el indicador de posición de la placa correspondiente a la placa que

está vinculando.

Ficha Plate

View

Haga clic en el

registro de placa

Haga clic en el indicador de

posición de la placa

Realización de una carrera de secuenciación2-21

3Compruebe que se haya vinculado la placa.

Una vez vinculada la placa:

♦El botón Run Instrument (Procesar) de la barra de herramientas está activado, lo

que significa que el instrumento está listo para procesar.

♦El indicador de posición de la placa para la placa vinculada cambia al color

verde.

♦El registro de placa es transferido de la tabla Pending Plate Records a la tabla

Linked Plate Records (Registros de placa vinculados).

4Repita los pasos 1–3 para vincular una segunda placa si procede.

Para vincular una placa a un registro de placa: (continuación)

Paso Acción

El botón Run

Instrument está

activado

El indicador de

posición de la

placa está verde

El registro de placa está en la tabla Linked Plate

2-22 Realización de una carrera de secuenciación

5Haga clic en la ficha Run View (Vista de carreras) para ver el programa de carreras.

Nota Aunque pueden eliminarse carreras individuales, no puede modificarse el

orden en el que están programadas las carreras. La programación de carreras

depende de diversos factores; si desea más información, consulte el Manual del

usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.

Para vincular una placa a un registro de placa: (continuación)

Paso Acción

Realización de una carrera de secuenciación2-23

Inicio y control de la carrera

Inicio de una carrera

Control de una

carrera

Para iniciar una carrera:

Paso Acción

1Haga clic en el botón verde Run Instrument para comenzar las carreras

programadas.

Botón Run Instrument

Para controlar una carrera:

Paso Acción

1Haga clic en la ficha Status View (Vista de estado) para controlar el estado del

instrumento durante la carrera.

2Durante la carrera, puede ver los datos utilizando las páginas Array View (Vista de

conjunto) y Capillary View (Vista de capilares).

IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. No deje

estas ventanas abiertas un período prolongado durante una carrera, ya que se

producirán problemas de actualización de pantalla no recuperables. Deje abierta la

ventana Status View.

Si desea más información acerca de las vistas Array View y Capillary View,

consulte “Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el

software Data Collection” en la página 3-2.

2-24 Realización de una carrera de secuenciación

Detención de una carrera y recuperación de los datos

Detención u omisión

de una carrera Cuando una carrera está en curso, pueden verse en la barra de herramientas los

botones Skip (Omitir), Pause (Suspender) y Stop (Detener).

En caso de fallo

de la extracción

automática

El extractor automático debe haber extraído automáticamente los datos de la carrera

detenida. En caso contrario, utilice los comandos Extract data into sample files

(Extraer datos en archivos de muestras) tal y como se describe a continuación.

Para detener la carrera en curso y... Haga clic en...

continuar las otras carreras

programadas el botón Skip.

detener las otras carreras

programadas a. el botón Stop.

b. Now (Ahora) en el cuadro de diálogo Question

(Pregunta).

Botón Stop

Botón Skip to Next Run

Botón Pause

Para recuperar datos de una carrera detenida:

Paso Acción

1En el menú Instrument (Instrumento), señale Data Acquisition (Adquisición de

datos) y seleccione Extract data into sample files.

Compruebe que aparezca en la barra de estado el mensaje “Sample Files

Successfully Extracted” (Archivos de muestras extraídos satisfactoriamente).

Nota Los datos extraídos no están analizados. Utilice el software de análisis

GeneScan para analizar los archivos de muestras.

Realización de una carrera de secuenciación2-25

Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera

IntroducciónEl módulo de carrera especifica información acerca de cómo se procesa la muestra

(p. ej., la duración de la carrera, la temperatura de la carrera y el tiempo de inyección).

Visualización de un

módulo de carrera

Modificación o

creación de un

módulo de carrera

Para ver un módulo de carrera:

Paso Acción

1Haga clic en el botón Module Editor de la barra de herramientas.

Se abrirá el cuadro de diálogo Module Editor.

2En el cuadro de grupo Modules (Módulos), haga clic en la ficha Sequencing

(Secuenciación).

3Para ver los parámetros de un módulo concreto, seleccione el nombre del módulo

en la lista. Se mostrarán todos los parámetros del módulo de carrera.

Para modificar un módulo de carrera existente o crear un nuevo módulo de carrera:

Paso Acción

1Haga clic en el botón Module Editor de la barra de herramientas.

Se abrirá el cuadro de diálogo Module Editor.

2Seleccione el módulo de carrera que desea utilizar como plantilla.

3Modifique los valores de los parámetros que desea cambiar.

IMPORTANTE Sólo se aceptan números enteros.

IMPORTANTE Cerciórese de que todos los valores estén en rojo; no se guardarán

los valores que estén en negro.

2-26 Realización de una carrera de secuenciación

5Cuando haya terminado, haga clic en el botón Close (Cerrar) ( ) para salir del

Editor de módulos.

Para modificar un módulo de carrera existente o crear un nuevo módulo de

Paso Acción

Si desea... Haga lo siguiente...

guardar los cambios del módulo

actual Haga clic en Save (Guardar).

Nota La acción Save no puede aplicarse

a módulos de carrera predeterminados.

crear un nuevo módulo de carrera a. Haga clic en Save As (Guardar como).

b. Introduzca un nombre descriptivo único

y haga clic en OK.

Realización de una carrera de secuenciación2-27

Visualización y modificación de un módulo de análisis

IntroducciónEl módulo de análisis especifica cómo se analizan automáticamente los datos no ana-

lizados al final de la carrera (p. ej., parámetros de rango de análisis y patrón de

tamaño).

Visualización y

modificación de un

módulo de análisis

Para ver o modificar un módulo de análisis (archivo .saz):

Paso Acción

1Inicie el software de análisis de secuenciación.

Es posible que haya un icono del programa en el menú Inicio. En caso contrario,

puede encontrar el software de análisis de secuenciación de ADN (SeqA.exe) en el

siguiente directorio:

D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin

2En el menú File (Archivo), señale Open (Abrir) y seleccione Seq. AZ Settings

(Configuración Seq. AZ).

3Seleccione el módulo de análisis que desee ver o modificar.

Los módulos de análisis se encuentran en el siguiente directorio:

D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params

4Haga clic en Open.

Se abrirá el archivo de configuración de análisis de secuenciación de ADN.

2-28 Realización de una carrera de secuenciación

Si lo desea, puede modificar la configuración:

♦El parámetro Basecaller Type (Tipo de asignador de bases) puede ser

Basecaller-3100 (para la secuenciación estándar) o Basecaller-3100RR (para la

secuenciación de lectura rápida). Estos archivos están ubicados en el siguiente

directorio:

D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params.

♦Los parámetros Basecaller Settings (Configuración del asignador de bases) se

especifican en el cuadro de diálogo Preferences (al que se accede desde el

menú Edit [Edición]).

♦Si se selecciona la casilla Write .Seq Files (Escribir archivos .Seq), los archivos

de texto de la secuencia de bases asignada se escriben en formato ABI o FASTA.

♦Si se selecciona un archivo Factura Settings File (Archivo de configuración de

Factura), se aplicará el procesamiento Factura durante el análisis.

–Para ver o modificar un archivo de configuración de Factura: en el menú File,

señale Open y seleccione Factura Settings (Configuración de Factura).

–Estos archivos están ubicados en el siguiente directorio:

D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Factura

Para ver o modificar un módulo de análisis (archivo .saz): (continuación)

Paso Acción

Si ha realizado cambios en el

módulo de análisis y desea... Haga lo siguiente...

guardar los cambios como

nuevo módulo de análisis a. En el menú File, seleccione Save As.

b. Asigne un nombre único y, a

continuación, haga clic en OK.

guardar los cambios del

módulo de análisis actual En el menú File, seleccione Save.

cancelar los cambios Haga clic en el botón Close para cerrar la

ventana.

Visualización y análisis de los datos 3-1

Visualización y análisis

de los datos 3

Generalidades

En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:

Nota En este capítulo se supone que se han extraído los datos de la carrera a archivos de

muestras. Si está utilizando el Analizador genético ABI PRISM® junto con el sistema de base de

datos BioLIMS®, puede consultar el Manual del usuario del software de análisis de

secuenciación de ADN ABI PRISM n.º ref. 4308924) si desea información acerca de cómo

acceder a la base de datos utilizando el programa de análisis.

Apartado V. pág.

Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el

software Data Collection 3-2

Visualización de datos analizados 3-5

Análisis o repetición del análisis de los datos 3-11

3-2 Visualización y análisis de los datos

Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el software

Data Collection

IntroducciónLos datos no analizados son datos que han sido sometidos a una carrera de

multicomposición (corrección por la superposición espectral) pero en los que no se ha

aplicado una corrección por la movilidad. Hay dos formatos para ver los datos no

analizados en el software 3100 Data Collection:

♦En la página Array View (Vista de conjunto), de manera muy similar a como vería

la salida del archivo de gel de un instrumento de gel ABI PRISM®

♦En la página Capillary View (Vista de capilares), capilar por capilar

IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante una

carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto podría causar

problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta la ventana Status View

(Vista de estado).

Visualización de

datos no analizados Para ver datos no analizados de una carrera completada:

Paso Acción

1En el software 3100 Data Collection, haga clic en la ficha Array View para mostrar la

página Array View.

2En el menú Instrument (Instrumento), señale Data Acquisition (Adquisición de

datos) y seleccione Display Run Data (Mostrar datos de la carrera).

Se abrirá el cuadro de diálogo Select the run to display (Seleccionar la carrera a

mostrar).

3En la lista desplegable, seleccione la carrera que desea mostrar y haga clic en OK

(Aceptar)

Nota Puede ver cualquiera de las carreras completadas de la base de datos del

instrumento.

Nota La recuperación de los datos puede tardar unos momentos.

Visualización y análisis de los datos 3-3

4Utilice las características de desplazamiento de la página Array View para ver los

datos.

IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante

una carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto

podría causar problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta

la ventana Status View.

Para ver datos no analizados de una carrera completada: (continuación)

Paso Acción

Pantalla Capillary/Color

Data (Datos de

capilares/color)

Pantalla de electroferograma

no analizado para el capilar

seleccionado

Capilar

seleccionado para

su visualización e

la gráfica central

Utilice este

cuadro de

desplazamiento

para ver los datos

bloque por bloque

3-4 Visualización y análisis de los datos

5De forma alternativa, para ver los datos del electroferograma de varios capilares al

mismo tiempo, haga clic en la ficha Capillary View para mostrar la página Capillary

View.

IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante

una carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto

podría causar problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta

la ventana Status View.

Para ver datos no analizados de una carrera completada: (continuación)

Paso Acción

Seleccione las

casillas de

verificación de

los capilares que

desea visualizar

Visualización y análisis de los datos 3-5

Visualización de datos analizados

IntroducciónUna vez extraído una carrera a archivos de muestra, puede utilizar el software de

análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM® para ver los datos del

electroferograma, tanto no analizados como analizados.

Si desea información acerca de la visualización y el análisis de los datos de análisis

de secuenciación, consulte el Manual del usuario del software de análisis de

secuenciación de ADN ABI PRISM (n.º ref. 4308924).

Localización de los

archivos de muestra Una vez terminada una carrera, los archivos de muestra analizados se extraen a una

carpeta de carrera, junto con un registro de carrera, en el siguiente directorio:

D:\AppliedBio\3100\DataExtractor\ExtractedRuns

A continuación se presenta un ejemplo de la carpeta de carrera y de su contenido.

Nombre

predeterminado de

la carpeta de carrera

El nombre predeterminado de la carpeta de carrera es:

Carrera_<nombre del instrumento>_<fecha>_<identificador de carrera>.

A continuación se presenta un ejemplo de nombre de carpeta de carrera.

Nombre del

instrumento Año-mes-día

Número de carrera del día

3-6 Visualización y análisis de los datos

Visualización de

datos de archivos

de muestras

Para ver datos de archivos de muestras:

Paso Acción

1Inicie el software de análisis de secuenciación.

Es posible que haya un icono del programa en el menú Inicio. En caso contrario,

puede encontrar el programa de análisis de secuenciación (SeqA.exe) en el

siguiente directorio:

D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin

Puede que le resulte útil maximizar la ventana Sample Manager (Administrador de

muestras). Utilice el botón Maximize (Maximizar) ( ) situado en la esquina

superior derecha de la ventana.

2En el menú Sample Manager, haga clic en Add files (Añadir archivos) para abrir el

cuadro de diálogo Add Sample Files (Añadir archivos de muestras).

Visualización y análisis de los datos 3-7

3Seleccione los archivos que desea añadir a la ventana Sample Manager.

a. En el panel superior, localice y abra la carpeta que contiene los archivos que

desea añadir.

b. Haga doble clic en los nombres de los archivos para añadirlos al cuadro de texto

File name (Nombre de archivo).

c. Utilice los botones Add All (Añadir todos), Remove (Quitar) o Remove All (Quitar

todos) según proceda para listar todos los archivos que desee en el cuadro de

lista File Name. Estos archivos se añadirán a la ventana Sample Manager.

4Cuando todos los archivos que desee estén en la lista File Name, haga clic en el

botón Finish (Terminar) para cerrar el cuadro de diálogo Add Sample Files.

Los archivos de muestras se añadirán a la ventana Sample Manager.

Nota En la ventana Sample Manager sólo se verán los 20 primeros caracteres del

nombre de los archivos de muestras.

Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)

Paso Acción

Busque los nombres de

los archivos en este

panel de directorio y

haga clic en Add

(Añadir) para añadirlos

al cuadro de texto File

name.

Panel File Name

Cuadro de texto File

name

3-8 Visualización y análisis de los datos

5Haga doble clic en el nombre de un archivo de muestras para abrirlo y ver su

contenido.

(De forma alternativa, puede abrir varios archivos de muestras al mismo tiempo

resaltándolos en la ventana Sample Manager y haciendo clic en el botón Open

Files.)

Si el archivo de muestras ha sido analizado, se abrirá mostrando la vista de

electroferograma.

Si el archivo de muestras no ha sido analizado, se abrirá mostrando la vista de

datos no analizados. Si desea información acerca de cómo analizar datos, consulte

“Análisis o repetición del análisis de los datos” en la página 3-11.

Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)

Paso Acción

Visualización y análisis de los datos 3-9

6Utilice los botones situados en la parte inferior izquierda de la ventana para

cambiar la vista.

7En las vistas de electroferograma, datos no analizados o EPT, utilice los comandos

del menú Window (Ventana) para ampliar o reducir la imagen.

Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)

Paso Acción

21 3 4 5 6

BotónNombre de la

vista Descripción

1Annotation

(Anotación) Información de resumen de la muestra y la

carrera.

2Sequence

(Secuencia) El texto de la secuencia de nucleótidos (bases).

3Feature

(Característica) Características añadidas por el procesamiento

Factura™.

4Electropherogram

(Electroferograma) Datos de color analizados en los que los picos

representan bases. (Esta vista no está

disponible si los datos no han sido analizados.)

5Raw Data (Datos

no analizados) Con aplicación de multicomposición, pero sin

corrección basal ni de movilidad. (Ésta es la

vista predeterminada si el archivo de muestras

no ha sido analizado.)

6EPT Gráficas del voltaje, la temperatura, la corriente

y la potencia de la carrera. (Esta área puede

estar en blanco si no se dispone de datos EPT.)

3-10 Visualización y análisis de los datos

8Para imprimir el archivo de muestras:

a. En el menú File, elija Print (Imprimir) para abrir el cuadro de diálogo Printing

options (Opciones de impresión).

b. Marque las vistas que desee imprimir.

c. Haga clic en OK.

De forma alternativa, puede imprimir varios archivos de muestras al mismo tiempo

marcando la casilla de impresión de los archivos de muestras que desea imprimir y

haciendo clic en el botón Start (Comenzar).

Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)

Paso Acción

Visualización y análisis de los datos 3-11

Análisis o repetición del análisis de los datos

IntroducciónCuándo analizar los datos con el software de análisis de secuenciación

El archivo de muestras no contendrá datos analizados si:

♦No ha especificado un módulo de análisis al configurar el registro de placa.

(Consulte el paso 6 en la página 2-18.)

♦No está marcada la casilla AutoAnalysis On (Análisis automático activado) en el

cuadro de diálogo Preferences (Preferencias). (Consulte la page 2-6.)

Si el archivo de muestras no contiene datos analizados, tendrá que analizar el archivo

tal y como se describe en el procedimiento anterior.

Cuándo repetir el análisis de los datos con el software de análisis de secuenciación

Los parámetros de análisis utilizados por el Analizador automático están determina-

dos por los archivos de módulo de análisis de secuenciación. (Estos archivos de

módulo tienen la extensión .saz.)

Repita el análisis de los archivos de muestras con el software de análisis de secuen-

ciación si:

♦Ha elegido el archivo de módulo de análisis incorrecto al configurar el registro de

placa. (Consulte el paso 6 en la página 2-18.)

♦Desea ver el efecto del cambio de los parámetros de análisis sobre los datos.

Análisis o repetición

del análisis

de archivos de

muestras

Para analizar o repetir el análisis de archivos de muestras:

Paso Acción

1Añada los archivos que desea analizar a la ventana Sample Manager.

Nota Consulte los pasos 1–4 en las páginas 3-6 a 3-7 si desea instrucciones

acerca de cómo añadir archivos a la ventana Sample Manager.

2Marque la casilla A para todos los archivos de muestras que desee analizar.

Nota Pulse CTRL+D, el comando Fill Down (Rellenar hacia abajo), para

completar una columna para todos los archivos de muestras.

3Si desea aplicar el procesamiento Factura al archivo de muestras, marque la casilla

F y seleccione un archivo apropiado de la lista Factura Settings File (Archivo de

configuración de Factura).

Si desea más información acerca del procesamiento Factura, consulte el Manual

del usuario del software de análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM.

3-12 Visualización y análisis de los datos

Configuración del

análisis en la ventana

Sample Manager

4Marque la casilla P sólo si desea que se imprima cada archivo de muestras justo

después del análisis. (No se recomienda.)

Si marca la casilla P, deberá asegurarse de que las preferencias de impresión estén

correctamente configuradas. Para ver las preferencias de impresión, en el menú

Edit (Edición), señale Preferences y seleccione Printing Preferences (Preferencias

de impresión).

5Revise la configuración en la ventana Sample Manager. Consulte la tabla

“Configuración del análisis” mostrada más abajo si desea más información.

6Compruebe que el archivo DyeSet/Primer (Conjunto de fluorocromos/cebador) sea

apropiado para su producto químico de secuenciación.

El archivo DyeSet/Primer es el mismo que el archivo de movilidad que seleccionó

en el paso 3 en la página 2-16.

7Haga clic en el botón Start.

8Revise los datos analizados. En caso necesario, cambie los parámetros de análisis

y repita el análisis.

Para analizar o repetir el análisis de archivos de muestras: (continuación)

Paso Acción

Configuración del análisis

Elemento Descripción

Asignador de bases Hay dos opciones de asignador de bases (basecaller):

♦Basecaller-3100.bcp (secuenciación estándar, rango de

espaciado predeterminado 10–15)

♦Basecaller-3100RRv2.bcp (secuenciación de lectura rápida,

rango de espaciado predeterminado 15–22)

Spacing (Espaciado) El espaciado debe coincidir con el espaciado del asignador de

bases utilizado. Los valores de espaciado suelen calcularse

automáticamente, pero puede sobrescribir los valores escribiendo

un nuevo valor en el cuadro Spacing.

Basecaller Settings

(Configuración del

asignador de bases)

El parámetro Basecaller Settings puede utilizarse para detener el

análisis antes de que se llegue al Stop Point (Punto de parada)

definido en la ventana Sample Manager. Para utilizar la

configuración del asignador de bases, abra la página Basecaller

Settings Preference (Preferencias de configuración del asignador

de bases) señalando Preferences en el menú Edit y

seleccionando Basecaller Settings. (De forma predeterminada, no

se aplica ningún punto final.)

Peak 1 Location

(Localización del pico 1) Es el dato puntual que marca el primer pico de base de los datos.

Si desea más información acerca de la determinación del valor

Peak 1 Location óptimo, consulte el Manual del usuario del

software de análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM.

Start Point (Punto de

inicio) Es el número de barrido en el que comienza el análisis del

asignador de bases. De manera predeterminada, es igual que el

valor Peak 1 Location, pero puede introducir un número mayor.

Visualización y análisis de los datos 3-13

Stop Point Es el número de barrido en el que se detiene el análisis del

asignador de bases. De manera predeterminada, es el último

punto del archivo de muestras, pero puede introducir un número

más pequeño si lo desea.

DyeSet/Primer File

(Archivo de conjunto de

fluorocromos/cebador)

Es el archivo de movilidad utilizado durante el análisis de los

datos.

Factura Settings File

(Archivo de

configuración de

Factura)

Este archivo contiene los parámetros del procesamiento Factura.

Configuración del análisis (continuación)

Elemento Descripción

Calibraciones espacial y espectral 4-1

Calibraciones espacial y

espectral 4

Generalidades

En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:

Apartado V. pág.

Realización de una calibración espacial 4-2

Realización de una calibración espectral 4-6

4-2 Calibraciones espacial y espectral

Realización de una calibración espacial

Cuándo realizar una

calibración espacial Debe realizarse una calibración espacial después de cada vez que:

♦Instale o sustituya un conjunto de capilares (array)

♦Extraiga temporalmente el conjunto de capilares del bloque de detección

Realización de una

calibración espacial Para realizar una calibración espacial:

Paso Acción

1En el menú Tools (Herramientas), seleccione Perform Spatial Calibration (Realizar

calibración espacial).

Aparecerá el siguiente cuadro de diálogo:

2Seleccione la casilla de verificación Fill capillaries (Llenar capilares) si:

♦Los capilares no tienen polímero (es decir, se trata de un conjunto de capilares

nuevo), o bien

♦El polímero de los capilares se ha utilizado en una carrera

Note No es necesario que llene los capilares cada vez que realice una

calibración espacial.

3Haga clic en Start (Comenzar). La calibración tarda aproximadamente:

♦2 min si no se llenan los capilares

♦8,5 min si se llenan los capilares

Calibraciones espacial y espectral 4-3

4 Si la calibración... Haga lo siguiente...

es satisfactoria Aparecerá el siguiente cuadro de diálogo:

a. Haga clic en Details (Detalles) para ver la ventana

Spatial Calibration Profile (Perfil de calibración

espacial).

b. Continúe con “Cómo ver los resultados satisfactorios

y guardar los datos” más adelante.

ha fallado Aparecerá un cuadro de mensaje de error con

información acerca de la causa del fallo.

a. Haga clic en Details para ver la ventana Spatial

Calibration Profile.

b. Realice una de las acciones siguientes:

–Haga clic en Cancel (Cancelar) y, a continuación,

haga clic en Start para repetir la calibración.

–Tome medidas correctoras tal y como se describe

en la página 4-5.

Para realizar una calibración espacial: (continuación)

Paso Acción

4-4 Calibraciones espacial y espectral

Cómo ver los

resultados

satisfactorios y

guardar los datos

Para ver los resultados de la calibración espacial y guardar los datos:

Paso Acción

1Evalúe el perfil de calibración espacial.

Nota Si desea información acerca de la evaluación del perfil, consulte el Manual

del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315834).

Cuando haya terminado, haga clic en OK (Aceptar) para cerrar el cuadro Spatial

Calibration Profile.

3Haga clic en OK para cerrar el cuadro Perform Spatial Calibration.

Se abrirá el cuadro de diálogo Question (Pregunta).

Si el perfil de

calibración espacial... Haga lo siguiente...

es satisfactorio Continúe con el paso 3.

no es satisfactorio a. Haga clic en Cancel para cerrar el cuadro Details

y, a continuación, haga clic en Start para repetir

la calibración, o bien

b. Cambie de posición una o más cruces rojas.

Para mover una cruz, cambie el valor del cuadro

Capillary Position (Posición del capilar) y, a

continuación, haga clic fuera del cuadro.

Si la calibración continúa proporcionando

resultados insatisfactorios, consulte “Si falla la

calibración” en la página 4-5.

Calibraciones espacial y espectral 4-5

Si falla la calibraciónSi la calibración ha fallado o no le gusta el aspecto del perfil de calibración

satisfactorio, pruebe una o más de las siguientes medidas correctoras.

♦Repita la calibración.

♦Llene los capilares con polímero y repita la calibración.

♦Limpie la ventana del conjunto y repita la calibración.

♦Vuelva a colocar la ventana del conjunto en la célula de detección y repita la

calibración.

Para ver los resultados de la calibración espacial y guardar los datos: (continuación)

Paso Acción

Para... Haga lo siguiente...

guardar estos datos de calibración

en la base de datos del software

3100 Data Collection

Haga clic en Yes (Sí).

borrar estos datos y utilizar datos

de un proceso previo a. Haga clic en No.

b. Ignore el mapa de calibración

espacial actual. Consulte el Manual

del usuario del Analizador genético

ABI PRISM 3100.

4-6 Calibraciones espacial y espectral

Realización de una calibración espectral

IntroducciónLa realización de una calibración espectral puede dividirse en tres tareas principales:

♦Configuración de los patrones

♦Inicio de la calibración espectral

♦Comprobación de la calibración espectral

Nota Esta sección describe la calibración espectral para el conjunto de fluorocromos E

utilizando el Matrix Standard Set DS-01. Si desea información acerca de la realización de la

calibración espectral para otro conjunto de fluorocromos, consulte el Manual del usuario del

Analizador genético ABI PRISM 3100.

Se realiza una calibración espectral para crear una matriz para corregir la superposi-

ción de espectros de emisión fluorescente de los fluorocromos. La aplicación de esta

matriz a los datos no analizados recibe el nombre de multicomposición. Si desea una

explicación más detallada de la calibración espectral, consulte el Manual del usuario

del Analizador genético ABI PRISM 3100.

Cuándo realizar una

calibración espectral Debe realizarse una calibración espectral:

♦Siempre que se utilice un nuevo conjunto de fluorocromos en el instrumento

♦Después de que el láser o la cámara CCD haya sido realineado por un ingeniero

de servicio

♦Si comienza a observar una disminución de la separación espectral (picos hacia

arriba por debajo del pico real (pull-ups), picos hacia abajo respecto a la línea

basal (pull-downs) o ambos)

Calibraciones espacial y espectral 4-7

Preparación del

patrón de matriz

para las matrices del

Conjunto de

fluorocromos E

Para preparar los patrones de matriz para las matrices del Conjunto de

fluorocromos E:

Paso Acción

1Descongele y mezcle a conciencia el tubo de patrón de matriz DS-01

(n.ºref. 4315974).

2Gire los tubos brevemente en una microcentrifugadora.

3Prepare el Matrix Standard Set DS-01 para el Conjunto de fluorocromos E

combinando los siguientes elementos en un tubo de microcentrifugación de 1,5-ml

etiquetado:

PELIGRO QUÍMICO. La formamida es peligrosa si se

absorbe a través de la piel y puede causar irritación de los ojos, la piel y las vías

respiratorias. Puede causar lesiones en el sistema nervioso central y en los

aparatos reproductores masculino y femenino, y es un posible peligro de defectos

del nacimiento. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las

instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta

protectora y guantes apropiados.

4Agite intensamente.

5Haga girar la mezcla brevemente en una microcentrifugadora.

6Caliente el tubo patrón a 95 °C durante 3–5 min para desnaturalizar el ADN.

7Coloque inmediatamente los tubos en hielo durante 2 min.

Reactivo Volumen (µl)

Matrix Standard Set DS-01 (dROX, dTAMRA, dR6G,

dR110) 5

Formamida Hi-DiTM (n.º ref. 4311320) 195

Volumen final 200

ADVERTENCIA

4-8 Calibraciones espacial y espectral

Carga de los

patrones Para cargar los patrones:

Paso Acción

1Dispense 10 µl del patrón de matriz desnaturalizado en:

♦una placa de 96 pocillos, en los pocillos A1 a H2, tal y como se muestra

♦una placa de 384 pocillos, en los pocillos A1, A3, C1, C3, E1, E3, etc., tal y

como se muestra

2Centrifugue la placa de manera que cada patrón se deposite en el fondo de su

pocillo. Las muestras deben:

Tener este aspecto... No tener este

aspecto... No tener este

aspecto...

La muestra está

depositada

correctamente en el

fondo del pocillo.

La muestra está situada

en la pared lateral

debido a que no se ha

centrifugado la placa.

Hay una burbuja de aire

en el fondo del pocillo

debido a que la placa:

♦No se ha

centrifugado con

suficiente fuerza, o

bien

♦No se ha

centrifugado durante

el tiempo suficiente

Calibraciones espacial y espectral 4-9

Preparación de la

placa y del

instrumento

Siga las instrucciones de las páginas 2-8 a 2-13 para:

♦Ensamblar las placas.

♦Comprobar y rellenar los líquidos del instrumento.

♦Colocar la placa en el muestreador automático.

Creación de un

registro de placa Para crear un registro de placa para los patrones de matriz desnaturalizados:

Paso Acción

1En la página Plate View (Vista de placa) del software 3100 Data Collection, haga clic

en New (Nuevo).

Se abrirá el cuadro de diálogo Plate Editor (Editor de placas).

2En el cuadro de diálogo Plate Editor:

a. Asigne un nombre a la placa (Plate name).

b. Seleccione Spectral Calibration (Calibración espectral).

c. Cerciórese de que esté seleccionado el tamaño de placa apropiado.

d. Haga clic en Finish (Terminar).

Se abrirá la hoja de cálculo Plate Editor.

4-10 Calibraciones espacial y espectral

3Complete la hoja de cálculo Plate Editor para los pocillos que haya cargado:

a. Introduzca un nombre para las muestras.

b. Seleccione Dye Set E (Conjunto de fluorocromos E).

c. Seleccione el módulo de carrera dependiendo del tamaño del conjunto de

capilares:

–36 cm: Spect36_POP6DefaultModule

–50 cm: Spect50_POP6DefaultModule

d. Seleccione el parámetro espectral MtxStd{Sequencing-SetE}.par.

e. Haga clic en OK.

IMPORTANTE Cerciórese de que se haya seleccionado el archivo de parámetros

espectrales correcto para el tipo de fluorocromos que se están procesando. Si

selecciona el archivo de parámetros incorrecto, fallará la calibración espectral.

Se crea en la base de datos un registro de placa para la carrera de calibración.

Después de unos segundos, la entrada del registro de placa aparecerá en la tabla

Pending Plate Records (Registros de placa pendientes) de la página Plate Setup

(Configuración de la placa).

Para crear un registro de placa para los patrones de matriz desnaturalizados: (continuación)

Paso Acción

Calibraciones espacial y espectral 4-11

Vinculación

de la placa

Inicio de la

calibración

Para vincular a la placa el registro de placa:

Paso Acción

1En la tabla Pending Plate Records, seleccione el registro de placa que acaba de crear.

2Haga clic en el gráfico de placa correspondiente a la placa del muestreador

automático.

Nota Cuando una placa está vinculada:

–El gráfico de la placa cambia de color amarillo a verde.

–El registro de placa es transferido de la tabla Pending Plate Records a la tabla

Linked Plate Records (Registros de placa vinculados). (Esto puede tardar un

máximo de 30 segundos.)

–El botón Run Instrument (Procesar) de la barra de herramientas está activado,

lo que significa que el instrumento está listo para procesar.

Para iniciar la calibración:

Paso Acción

1Para revisar el programa de carreras antes de comenzar la carrera, haga clic en la

ficha Run View (Vista de carreras).

2Haga clic en el botón Run Instrument de la barra de herramientas para comenzar la

carrera.

4-12 Calibraciones espacial y espectral

Tiempos de carrera La siguiente tabla presenta una lista de los tiempos de carrera de calibración espectral:

Cuadro Spectral

Calibration Result

(Resultado de la

calibración

espectral)

Al final de la carrera, mientras se analizan los datos, se abre el cuadro Spectral

Calibration Result para indicar qué capilares han proporcionado un resultado

satisfactorio y qué capilares han proporcionado un resultado insatisfactorio.

IMPORTANTE Revise y evalúe el perfil de calibración espectral para cada capilar, aunque el

cuadro Spectral Calibration Results indique que todos son satisfactorios. Consulte el Manual

del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.

Si un capilar no

es satisfactorio Si un capilar no es satisfactorio, se le asignará automáticamente el perfil espectral del

capilar satisfactorio más próximo a la izquierda. Si no hay capilares satisfactorios a la

izquierda, se le asignará el perfil del capilar satisfactorio más próximo a la derecha.

Estos capilares se marcan en amarillo en lugar de en verde en la ventana Array View

(Vista de matriz) (p. ej., página 3-3).

IMPORTANTE Para las aplicaciones en las que los picos superiores e inferiores causarán

errores críticos, recomendamos repetir la calibración espectral y utilizar un espectro único para

cada capilar.

Longitud del conjunto de

capilares (cm) Tiempo de carrera

aproximado (min)

36 40

50 65

Para aceptar la carrera de calibración completada:

Paso Acción

1En el cuadro Spectral Calibration Result, haga clic en OK.

Capilar satisfactorio (.)

Capilar insatisfactorio (X)

Calibraciones espacial y espectral 4-13

Examen de un perfil

de calibración

espectral para el

conjunto de

fluorocromos E

Después de completar una calibración espectral, es aconsejable comprobar la calidad

de los datos espectrales de cada capilar.

Para mostrar un perfil de calibración espectral actual guardado para un conjunto de

fluorocromos:

Paso Acción

1En el menú Tools, seleccione Display Spectral Calibration (Mostrar calibración

espectral).

Se abrirá el cuadro de diálogo Question.

2Haga clic en Dye set (Conjunto de fluorocromos).

Se abrirá el cuadro de diálogo Select the source to display (Seleccionar la fuente a

mostrar).

Lista

desplegable de

conjuntos de

fluorocromos

4-14 Calibraciones espacial y espectral

3Seleccione el conjunto de fluorocromos E y haga clic en OK.

Se abrirá el cuadro Matrices for dye set E (Matrices para el conjunto de

fluorocromos E).

4Utilice los botones de flecha o el control deslizante para revisar los datos de cada

capilar.

Para una calibración de buena calidad, la calibración de cada capilar debe tener:

♦Un valor Q superior a 0,95

♦Un número de condición entre 3 y 5

5Haga clic en Cancel para cerrar el cuadro.

Nota El software anulará automáticamente los capilares insatisfactorios. Sin

embargo, si no está satisfecho con un perfil concreto, puede anularlo por un perfil

de su elección. Si desea más información, consulte el Manual del usuario del

Analizador genético ABI PRISM 3100.

Para mostrar un perfil de calibración espectral actual guardado para un conjunto de

fluorocromos: (continuación)

Paso Acción

Mantenimiento del instrumento 5-1

Mantenimiento del

instrumento 5

Generalidades

En este capítulo Este capítulo contiene información acerca de las tareas que debe realizar para el

mantenimiento de su Analizador genético ABI PRISM® 3100.

Apartado V. pág.

Listas de tareas de mantenimiento 5-2

Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero 5-4

Comprobación del espacio disponible 5-5

Limpieza e inspección de las jeringas 5-7

Extracción de los bloques de polímero 5-9

Limpieza de los bloques de polímero 5-10

Colocación de polímero fresco en el instrumento 5-11

Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente 5-12

Instalación y extracción del conjunto de capilares 5-13

Almacenamiento de un conjunto de capilares 5-15

Apagado del instrumento 5-16

5-2 Mantenimiento del instrumento

Listas de tareas de mantenimiento

Generalidades Esta sección presenta listas de las tareas necesarias para el mantenimiento de su

Analizador genético 3100 en buenas condiciones de funcionamiento. Las listas están

divididas en función de la frecuencia con la que debe realizar cada tarea.

Tareas diarias Realice estas tareas al menos una vez al día.

Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...

Cerciorarse de que las tapas tipo septa del reservorio

estén firmemente encajadas y planas. Antes de cada

carrera —

Cerciorarse de que el juego de placas se ensambló

correctamente.

IMPORTANTE Los agujeros del retenedor de la placa

deben alinearse con los agujeros de las tapas tipo septa

para evitar que se dañen los extremos de los capilares.

Antes de cada

carrera página 2-8

Cerciorarse de que el juego de placas esté colocado

correctamente en la platina de placas. Las placas deben

estar ajustadas perfectamente en la platina.

IMPORTANTE No utilice nunca placas deformadas.

Antes de cada

carrera —

Rellenar los reservorios de agua y de tampón de

procesamiento 1X 3100 del instrumento. Diariamente o

antes de cada

carrera

página 2-10

Verificar si hay burbujas en el bloque de polímero y en

los canales del bloque de polímero y, en caso afirmativo,

eliminarlas.

Diariamente o

antes de cada

carrera

página 5-4

Comprobar la cabecera del extremo de carga para

cerciorarse de que no se dañen ni aplasten los extremos

de los capilares.

Diariamente o

antes de cada

carrera

—

Comprobar el nivel de polímero de la jeringa de reserva

de polímero para cerciorarse de que haya al menos 1 ml. Diariamente o

antes de cada

carrera

—

Comprobar el bloque de polímero para cerciorarse de

que encaje perfectamente en el instrumento. Diariamente —

Limpiar las superficies del instrumento. Diariamente —

Comprobar que no haya polímero desecado alrededor

del bloque de polímero y limpiarlo en caso necesario. Diariamente —

Comprobar la existencia de fugas alrededor de las

jeringas y de la tuerca. Diariamente —

Comprobar el espacio del disco duro. Borrar los registros

de placa de la base de datos del instrumento y guardar

los archivos de muestra.

Diariamente página 5-5

Mantenimiento del instrumento 5-3

Tareas semanales

Tareas según

necesidad

Realice estas tareas al menos una vez a la semana.

Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...

Limpiar las jeringas. Semanalmente

o según

necesidad

página 5-7

Limpiar los reservorios de agua y de tampón con agua

templada. Semanalmente —

Limpiar los bloques de polímero superior e inferior. Semanalmente página 5-10

Sustituir el polímero de las jeringas, del bloque superior

de polímero y del conjunto de capilares (array). Semanalmente

o según

necesidad

página 5-11

Comprobar las condiciones de almacenamiento de las

matrices utilizadas. Semanalmente —

Realice estas tareas cuando sea necesario.

Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...

Limpiar las bandejas de goteo. Según

necesidad -—

Cambiar el conjunto. Según

necesidad página 5-13

Retirar el polímero que pueda haber en los extremos de

los capilares. Utilice un paño sin pelusa humedecido en

agua desionizada.

Según

necesidad —

Calibrar el muestreador automático. Raras veces Manual del

usuario

5-4 Mantenimiento del instrumento

Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero

Eliminación de

burbujas de aire Para obtener información acerca del asistente Change Polymer Wizard (Asistente de

cambio de polímero), consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM.

Para eliminar las burbujas de aire del bloque superior de polímero por medio del asis-

tente Change Polymer Wizard (Asistente de cambio de polímero):

Paso Acción

1Presione hacia abajo la jeringa de reserva de polímero para hacer avanzar las

burbujas hasta la parte inferior derecha del bloque. Presione lentamente (o dé

ligeros golpecitos) para reducir al mínimo la cantidad de polímero utilizada.

2Presione hacia abajo lentamente la jeringa de llenado del conjunto para hacer descender

las burbujas por el canal. Las burbujas se acumularán en la unión de los canales.

3a. Mantenga presionada la válvula del tampón anódico y presione hacia abajo al mismo

tiempo la jeringa de llenado del conjunto para generar presión en los canales.

b. Suelte la válvula del tampón (mientras sigue presionando la jeringa de llenado

del conjunto) para expulsar las burbujas al tubo del bloque de polímero.

4Repita el paso 3 según sea necesario.

Tubo del bloque de polímero

Las burbujas se

acumulan aquí

Mantenimiento del instrumento 5-5

Comprobación del espacio disponible

IntroducciónCompruebe todas las semanas el espacio disponible para cerciorarse de que haya

espacio suficiente para guardar los datos que se generarán.

Los procedimientos descritos a continuación le indican cómo comprobar el espacio

disponible:

♦En el disco duro (generalmente D) para los archivos de muestras extraídos

♦En la base de datos del instrumento (generalmente en la unidad E) para los datos

no analizados

Comprobación

del espacio del

disco duro

Para comprobar el espacio disponible en el disco duro para archivos de muestras:

Paso Acción

1Haga doble clic en el icono Mi PC del escritorio para ver las unidades de disco.

2Haga clic con el botón derecho en la unidad D y seleccione Propiedades.

Se abrirá el cuadro de diálogo Propiedades, que mostrará el espacio utilizado y

libre.

5-6 Mantenimiento del instrumento

Comprobación del

espacio de la

base de datos

Nota La base de datos del instrumento se expande automáticamente de 2 a 9 GB,

dependiendo de la cantidad de datos que se necesita guardar.

3Calcule cuánto espacio libre necesitará utilizando la información mostrada a

continuación.

4Si no hay espacio suficiente:

a. Guarde los archivos de muestras en otro volumen.

b. Borre los archivos originales de la unidad.

Para comprobar el espacio disponible en el disco duro para archivos de

muestras: (continuación)

Paso Acción

Tipo de archivo Espacio aproximado

necesario por archivo (kB)a

a. Los valores proporcionados son únicamente estimaciones. El tamaño real del archivo

depende del módulo de carrera seleccionado.

Archivo de muestras analizado para el análisis

de secuenciación de ADN 250

Archivo de muestras no analizado 100

Para comprobar el espacio de la base de datos:

Paso Acción

1Ejecute la utilidad DriveSpace.

Consulte las instrucciones en el Manual del usuario del Analizador genético

ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315834).

2Si el espacio utilizado es superior a 8 GB, borre algunos o todos los registros de

placa guardados.

Consulte las instrucciones en el Manual del usuario del Analizador genético

ABI PRISM 3100.

Mantenimiento del instrumento 5-7

Limpieza e inspección de las jeringas

Cuándo limpiar

las jeringas Limpie minuciosamente las jeringas:

♦Siempre que las extraiga del instrumento, o al menos una vez a la semana

♦Cada vez que sustituya el polímero, incluido cuando cambie a un nuevo tipo o lote

de polímero

Extracción de

las jeringas

Limpieza de

las jeringas

Para extraer las jeringas del instrumento:

Paso Acción

1Sujete la jeringa de reserva de polímero justo por encima del adaptador o en la

base y gire la jeringa en sentido antihorario.

IMPORTANTE Tenga cuidado de no extraer el adaptador. Hay varias arandelas y

válvulas de comprobación que podrían salirse si se extrae este adaptador.

2Sujete la jeringa de llenado del conjunto y gire la jeringa en sentido antihorario.

3Deseche de manera apropiada cualquier resto de polímero.

4Continúe con “Limpieza de las jeringas” más adelante.

No afloje este adaptador

mientras extrae la jeringa

Para limpiar una jeringa:

Paso Acción

1Limpie la jeringa minuciosamente lavando las superficies interna y externa del

cilindro y la punta de la jeringa con agua templada.

Para obtener más información acerca de cómo limpiar las jeringas, consulte el

Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM.

No utilice agua caliente. El agua caliente puede deformar el

teflón de la punta de la jeringa.

IMPORTANTE Cerciórese de que no quede polímero desecado en las jeringas.

2Aclare el cilindro de la jeringa y la punta con agua desionizada.

3Seque la jeringa con aire comprimido.

4Vuelva a montar la jeringa e inspecciónela tal y como se describe en la página 5-8.

PRECAUCI

5-8 Mantenimiento del instrumento

Inspección de

una jeringa IMPORTANTE Después limpiar una jeringa, compruebe siempre que no falten juntas tóricas

para evitar fugas durante la carrera.

Para inspeccionar la jeringa:

Paso Acción

1Inspeccione la jeringa y compruebe que haya dos juntas tóricas (n.º ref. 221102):

una detrás del casquillo y otra alrededor del casquillo.

2Compruebe que el casquillo esté firmemente fijado en el extremo de la jeringa.

Juntas tóricas

Mantenimiento del instrumento 5-9

Extracción de los bloques de polímero

Extracción del

bloque superior

de polímero

Extracción del

bloque inferior

de polímero

Para extraer el bloque superior de polímero:

Paso Acción

1Extraiga las jeringas tal y como se describe en la página 5-7.

2Desconecte el conjunto de capilares del bloque de polímero:

a. Pulse el botón Tray (Bandeja).

b. Abra las puertas del instrumento, del horno y del bloque de detección.

c. Afloje la tuerca del conjunto de capilares.

d. Extraiga parcialmente el bloque de polímero.

e. Extraiga la célula de detección del bloque de detección.

f. Extraiga el manguito del conjunto de capilares del bloque de polímero.

g. Si va a utilizarse de nuevo el conjunto de capilares, guárdelo tal y como se

describe en la página 5-15.

3Desconecte el bloque inferior de polímero desatornillando el adaptador del tubo del

bloque de polímero en el lado inferior derecho del bloque superior de polímero.

4Sujete el bloque superior de polímero con las dos manos y tire de él en línea recta.

5El bloque superior de polímero va montado sobre dos ejes de acero y sale

deslizándose fácilmente una vez superado un punto de control.

Para extraer el bloque inferior de polímero:

Paso Acción

1Extraiga el reservorio anódico y deseche de manera apropiada el tampón.

2Sujete el bloque inferior de polímero y tire de él en línea recta.

3Desconecte el adaptador del tubo del bloque de polímero.

5-10 Mantenimiento del instrumento

Limpieza de los bloques de polímero

Cuándo limpiar los

bloques de polímero Limpie los bloques de polímero superior e inferior:

♦Antes de sustituir el polímero del instrumento.

♦Cuando el polímero haya estado en el instrumento más de una semana.

Nota Un polímero de más de una semana puede causar un aumento transitorio de la

corriente durante la electroforesis debido a la descomposición de la urea.

Limpieza de los

bloques de polímero IMPORTANTE No exponga los bloques de polímero a disolventes orgánicos.

Limpieza del

reservorio anódico

y de los tubos del

polímero

Para lavar los bloques de polímero superior e inferior:

Paso Acción

1Extraiga los bloques de polímero del instrumento tal y como se describe en la

página 5-9.

2Utilice agua corriente o un frasco de chorro para aclarar minuciosamente el bloque

superior de polímero con agua templada.

3Inspeccione visualmente los canales en busca de residuos blancos (polímero

desecado). Continúe lavando los canales hasta que se hayan eliminado los

residuos.

4Aclare el bloque y los canales con agua desionizada.

5Elimine el agua residual del bloque de polímero y de los adaptadores para

asegurarse de que el polímero de procesamiento no esté diluido. Fuerce el paso de

aire a través de los canales utilizando aire comprimido en cartucho hasta que los

canales estén secos.

Para lavar el reservorio anódico y los tubos del polímero:

Paso Acción

1Utilice un frasco de chorro para lavar a chorro con agua desionizada los tubos del

bloque de polímero.

2Lave el reservorio anódico con agua templada y, a continuación, aclárelo con agua

desionizada.

3Seque ambos componentes con aire comprimido.

Mantenimiento del instrumento 5-11

Colocación de polímero fresco en el instrumento

Cuándo cambiar el

polímero Le recomendamos cambiar el polímero semanalmente. El polímero está en buenas

condiciones a 25 °C durante unos 7 días.

Adición o cambio

del polímero PELIGRO QUÍMICO. El polímero POP puede causar irritación de los ojos,

la piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las

instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y

guantes apropiados. Uso exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.

Para colocar polímero fresco en el instrumento:

Paso Acción

1En el menú Tools (Herramientas), seleccione Change Polymer Wizard.

2Se abrirá un mensaje de advertencia.

Si la longitud del conjunto presente en el instrumento es igual a la longitud indicada

en el mensaje de advertencia, haga clic en OK (Aceptar) para iniciar el asistente

Change Polymer Wizard.

3Siga las indicaciones del asistente para colocar polímero fresco en el instrumento.

PRECAUCI

5-12 Mantenimiento del instrumento

Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente

IntroducciónAntes de reinstalar un conjunto de capilares, es recomendable que:

♦Limpie la parte frontal de la célula de detección

♦Compruebe que la barra catódica esté seca

Limpieza de la célula

de detecciónEste procedimiento no es necesario para matrices nuevas a menos que haya tocado

accidentalmente la célula de detección.

Comprobación de la

barra catódica Cuando coloque un conjunto usado en el instrumento, cerciórese de que la barra

catódica esté seca. Si la barra está húmeda podrían producirse arcos eléctricos.

PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA/INCENDIO. No deje líquido en

la barra catódica. Esto podría dar lugar a descargas eléctricas o incluso a un incendio si no se

realiza un mantenimiento correcto.

Para limpiar la célula de detección:

Paso Acción

1Ponga una gota de metanol en la superficie frontal de la célula de detección.

PELIGRO QUÍMICO. El metanol es un vapor y un líquido

inflamable. La exposición a este agente puede causar irritación de los ojos, la piel y

las vías respiratorias, así como depresión del sistema nervioso central y ceguera.

Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las instrucciones de

manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y guantes

apropiados.

2Seque la célula con aire presurizado limpio.

Superficie frontal de la célula de detección

ADVERTENCIA

Cerciórese de que la

barra catódica esté

seca, especialmente

en el centro

Mantenimiento del instrumento 5-13

Instalación y extracción del conjunto de capilares

Cuándo cambiar un

conjunto de

capilares

Sustituya un conjunto de capilares después de aproximadamente 100 carreras.

Los problemas relacionados a continuación podrían indicar que se requiere un

conjunto de capilares nuevo:

♦Resolución deficiente y/o disminución de la intensidad de señal

Instalación o

extracción del

conjunto de

capilares

Uso del asistente

PELIGRO QUÍMICO. El polímero POP puede causar irritación de los ojos,

la piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las

instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y

guantes apropiados. Uso exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.

Para sustituir un conjunto de capilares o para instalar un conjunto de capilares en el

instrumento:

Paso Acción

1Cierre las puertas del horno y del instrumento y, a continuación, pulse el botón Tray.

2En el menú Tools, seleccione Install Capillary Array Wizard (Asistente de instalación

del conjunjo de capilares).

Se abrirá el asistente.

PRECAUCI

5-14 Mantenimiento del instrumento

Sustitución del

tampónDespués de instalar un conjunto de capilares nuevo, debe sustituir el tampón. A

continuación, sustituya el tampón y el agua de los reservorios después de 12 horas

de procesamiento.

Consulte las instrucciones en “Comprobación y llenado de líquidos” en la página 2-10.

3Siga las instrucciones del asistente para sustituir o instalar un conjunto.

4Continúe con “Sustitución del tampón” más adelante.

Para sustituir un conjunto de capilares o para instalar un conjunto de capilares en el

instrumento: (continuación)

Paso Acción

Mantenimiento del instrumento 5-15

Almacenamiento de un conjunto de capilares

Cuándo almacenarla

fuera del

instrumento

Almacene el conjunto de capilares fuera del instrumento cuando no vaya a utilizarla

durante más de 1 semana.

Antes de almacenar el conjunto de capilares durante períodos prolongados,

recomendamos llenar los capilares con polímero fresco.

Almacenamiento

del conjunto de

capilares fuera del

instrumento

IMPORTANTE Si tiene previsto volver a utilizar el conjunto de capilares, no deje que se sequen

los capilares. Almacene el conjunto de capilares con ambos extremos en el tampón de

procesamiento 1X.

Para almacenar el conjunto de capilares fuera del instrumento:

Paso Acción

1Llene el conjunto de capilares con polímero fresco utilizando el asistente Change

Polymer Wizard.

2Extraiga el protector de las jeringas.

3Extraiga ambas jeringas del bloque superior de polímero y deseche de manera

apropiada cualquier resto de polímero.

4Lave las jeringas.

5Extraiga el conjunto de capilares del instrumento utilizando el asistente

Install/Replace Capillary Array Wizard (Instalar/sustituir el conjunto de capilares).

Consulte las instrucciones en “Instalación y extracción del conjunto de capilares”

en la página 5-13.

6Vuelva a colocar la cubierta sobre la célula de detección.

7Llene un reservorio de tampón con tampón de procesamiento 1X y cúbralo con

unas tapas tipo septa. Introduzca los extremos de los capilares en el tampón.

8Llene un tubo cónico de 1,5 ml con agua desionizada e introduzca el extremo de

detección del conjunto de capilares.

9Envuelva el tubo con cinta adhesiva de laboratorio (como Parafilm) para impedir la

evaporación.

10 Almacene el conjunto de capilares en posición recta.

11 Compruebe semanalmente el nivel de tampón de procesamiento 1X del reservorio

y del tubo.

5-16 Mantenimiento del instrumento

Apagado del instrumento

Cuándo realizar

cada procedimiento

de apagado

Realice el procedimiento de apagado apropiado tal y como se indica a continuación:

Realización de un

apagado a corto

plazo

Realización de un

apagado a largo

plazo

Si el instrumento va a

estar sin usar durante... Realice este procedimiento de apagado...

no más de 1 semana con

un reservorio de tampón

lleno

A corto plazo

IMPORTANTE La clave de un apagado a corto plazo

satisfactorio es mantener las puntas del conjunto de capilares

en el tampón. Esto impide que el polímero se seque en los

capilares.

durante más de 1 semana A largo plazo

Para realizar un apagado a corto plazo:

Paso Acción

1Llene los capilares con polímero fresco utilizando comandos de control manual.

2Pulse el botón Tray para hacer avanzar el muestreador automático.

3Llene el reservorio de tampón con tampón de procesamiento 1X hasta justo debajo

de la parte superior del reservorio.

4Fije unas tapas tipo septa en el reservorio y coloque el reservorio en la posición 1

del muestreador automático.

5Con las puertas del instrumento abiertas, pulse el botón Tray.

6Cierre las puertas del instrumento. El muestreador automático avanzará hasta la

posición 1, dejando los extremos de los capilares en el reservorio de tampón.

7Apague el ordenador y apague el instrumento.

Para realizar un apagado a largo plazo:

Paso Acción

1Siga el procedimiento descrito en la página 5-15 para extraer y almacenar el

conjunto de capilares fuera del instrumento.

2Extraiga del instrumento:

♦Las jeringas del bloque superior de polímero. Consulte las instrucciones en la

página 5-7.

♦El bloque superior de polímero. Consulte las instrucciones en la página 5-9.

♦El bloque inferior de polímero. Consulte las instrucciones en la página 5-9.

3Extraiga del muestreador automático:

♦Los juegos de placas

♦Los reservorios

4Limpie el muestreador automático y las bandejas de goteo con un paño sin pelusa

humedecido en agua.

5Cierre las puertas del instrumento.

6Apague el ordenador y apague el instrumento.

7Lave con agua templada las jeringas, los bloques de polímero y los reservorios.

Aclárelos con agua desionizada.

Indice-1

Indice

adición de archivos a la ventana Sample Manager

(Administrador de muestras) 3-6 a 3-7

advertencia de descarga eléctrica 1-13

advertencia de láser 1-13

análisis de datos, software de análisis de

secuenciación 3-11 a 3-13

archivos de muestras

impresión3-10

longitud máxima 2-15

visualización3-6

visualización en el software de análisis de

secuenciación3-10

asistencia al cliente. Véase asistencia técnica 1-3

asistencia técnica 1-3 a 1-7

dirección de correo electrónico 1-3

dirección de Internet 1-6

oficinas regionales de ventas 1-5 a 1-6

teléfono/fax (fuera de Norteamérica) 1-5

teléfono/fax (Norteamérica) 1-3

ayuda. Véase asistencia técnica 1-3

bloque superior de polímero, eliminación de burbujas de

aire 5-4

bloques de polímero

eliminación de burbujas de aire 5-4

extracción del instrumento 5-9

limpieza 5-10

botón Pause (Suspender) 2-24

botón Skip to Next Run (Omitir) 2-24

botón Stop (Detener) 2-24

burbujas de aire, eliminación del bloque superior de

polímero 5-4

calibración espacial, comentario 4-2 a 4-5

calibración espectral, comentario 4-6 a 4-14

campo BioLIMS Project (Proyecto BioLIMS) (en registros de

placa) 2-17

capilar amarillo en la vista Array View (Vista de

conjunto) 4-12

carrera 2-25

control 2-23

inicio 2-23

omisión, suspensión, detención2-24

célula de detección, limpieza 5-12

comando Display Run Data (Mostrar datos del

proceso) 3-2

comando Fill Down (Rellenar hacia abajo) 2-17

conjunto de capilares, instalación, extracción,

almacenamiento 5-12 a 5-15

conjunto de fluorocromos, selección2-16

correo electrónico, dirección del servicio de asistencia

técnica 1-3

datos

análisis o repetición del análisis 3-11

extracción2-24

visualización de datos analizados 3-5

visualización de datos no analizados 3-2

datos EPT, visualización en análisis de secuenciación3-9

datos no analizados (color), visualización en el software

Data Collection 3-2 a 3-3

datos, análisis. Véase análisis de los datos

dirección de Internet

documentos a pedido 1-7

dirección WWW

Applied Biosystems 1-6

documentos a pedido 1-7

espacio de la base de datos, comprobación5-6

espacio del disco duro, comprobación5-5

extracción automática, fallo 2-24

Factura

análisis, aplicación3-11

visualización de características 3-9

Ficha Plate View 2-14, 2-20

impresión de archivos de muestras 3-10

instrumento

apagado 5-16

operación2-23

jeringas, comentario 5-7

juego de placas 5-16

juego de placas, colocación en el muestreador

automático 2-13

mantenimiento, comentario 5-2 a 5-16

manuales, serie 3100 1-2

módulo de análisis

selección2-18

visualización y modificación2-27

módulo de carrera

selección2-17

visualización, modificación y creación2-25

MSDS, cómo solicitarlas 1-10

Indice-2

muestreador automático

colocación de placas 2-13

posiciones de los reservorios 2-12

números de referencia

manuales 1-2

piezas y consumibles.Véase manual del usuario

OrbixWeb, inicio 2-3

ordenador

comprobación del espacio de la base de datos 5-6

comprobación del espacio del disco duro 5-5

página Array View (Vista de conjunto) 3-3

patrones de matriz, preparación4-7

polímero, adición o cambio 2-10, 5-11

preferencias 2-5

preferencias del software 2-5

preparación de las muestras

Guía de la química de secuenciación1-2, 2-2

registro de placa

creación 2-14 a 2-19

creación para una calibración espectral 4-9

vinculación de una placa 2-20

reservorios

llenado 2-10 a 2-12

posiciones en el muestreador automático 2-12

reservorios de agua y de tampón catódico, llenado 2-10 a

2-12

seguridad

comentario 1-8 a 1-13

manual 1-2

seguridad química 1-8

seguridad sobre desechos 1-8

cuadro de diálogo “Select the run to display” (Seleccionar el

proceso a mostrar) 3-2

software Data Collection, inicio 2-3

software de análisis de secuenciación

descripción de las vistas de la ventana de

muestras 3-9

manual del usuario 1-2

ruta del directorio del archivo SeqA.exe 2-27, 3-6

visualización de los datos 3-5

tampón de procesamiento 1X, preparación para una carrera

simple 2-11

tampón, preparación para una carrera simple 2-11

ventana Sample Manager (Administrador de

muestras) 3-6

adición de archivos 3-6 a 3-7

vinculación de una placa 2-20

vistas de la ventana de muestras (análisis de

secuenciación), descripción3-9

visualización

archivos de muestras en el software de análisis de

secuenciación 3-6 a 3-10

datos no analizados (color) en el software Data

Collection 3-2 a 3-3

Oficina central

850 Lincoln Centre Drive

Foster City, CA 94404 EE.UU.

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Thermo Fisher Scientific Analizador genético Analizador genético® 3100 El manual del propietario

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