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Analizador genético
ABI PRISM® 3100
Manual de inicio rápido para secuenciación
© Copyright 2001, Applied Biosystems
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM® 3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL.
The ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied
Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems.
ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its
subsidiaries in the U.S. and certain other countries.
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pGEM is a registered trademark of Promega Corporation.
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Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the
Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.
Contenido
i
1 Introducción
Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1
Acerca de este manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2
Para obtener más información . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-2
Asistencia técnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3
Seguridad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-8
2 Realización de una carrera de secuenciación
Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1
Antes de empezar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2
Inicio del software 3100 Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3
Configuración de las preferencias del software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5
Trabajo con juego de placas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8
Comprobación y llenado de líquidos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10
Colocación de la placa en el muestreador automático . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13
Creación de un registro de placa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14
Vinculación de una placa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20
Inicio y control de la carrera. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23
Detención de una carrera y recuperación de los datos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24
Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-25
Visualización y modificación de un módulo de análisis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27
3 Visualización y análisis de los datos
Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el
software Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2
Visualización de datos analizados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5
Análisis o repetición del análisis de los datos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11
4 Calibraciones espacial y espectral
Generalidades. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Realización de una calibración espacial. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Realización de una calibración espectral . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
ii
5 Mantenimiento del instrumento
Generalidades . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
Listas de tareas de mantenimiento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2
Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4
Comprobación del espacio disponible. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5
Limpieza e inspección de las jeringas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-7
Extracción de los bloques de polímero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9
Limpieza de los bloques de polímero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10
Colocación de polímero fresco en el instrumento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11
Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12
Instalación y extracción del conjunto de capilares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13
Almacenamiento de un conjunto de capilares. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15
Apagado del instrumento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-16
Indice
1-2 Introducción
Acerca de este manual
Objetivo El objetivo de este manual es proporcionar a los usuarios instrucciones básicas
acerca de cómo:
♦Realizar una carrera de secuenciación
♦Analizar los datos resultantes
♦Calibrar y realizar un mantenimiento rutinario del Analizador genético
ABI PRISM® 3100
Para obtener más información
Dónde encontrar
más informaciónOtros manuales y guías relativos al Analizador genético son:
Si desea... Consulte...
Número
de
referencia
información sobre seguridad o información acerca
de la preparación del laboratorio para el Analizador
genético
Manual de seguridad y de preparación del
emplazamiento del Analizador genético ABI PRISM
3100
4324536
información detallada acerca del Analizador
genético Manual del usuario del Analizador genético
ABI PRISM 3100 4315834
información acerca de la preparación de muestras
y la selección y optimización de los métodos
químicos para secuenciación en el Analizador
genético
Guía de la química de secuenciación del
Analizador genético ABI PRISM 3100 4315831
información detallada acerca del análisis y la
visualización de los datos de secuencias con el
programa de análisis de secuenciación de ADN
Manual del usuario del software de análisis de
secuenciación de ADN ABI PRISM v. 3.7 4308924
un procedimiento resumido sobre cómo realizar
una carrera de análisis de fragmentos típica, ver y
analizar los datos del proceso y realizar
operaciones de mantenimiento habituales
Manual de inicio rápido para el análisis de
fragmentos Analizador genético ABI PRISM 3100 431532
Introducción1-3
Asistencia técnica
Cómo ponerse en
contacto con el
servicio de asistencia
técnica
Puede ponerse en contacto con Applied Biosystems para recibir asistencia técnica
por teléfono o fax, por correo electrónico o a través de Internet. Puede solicitar
documentos del usuario, fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS),
certificados de análisis y otros documentos relacionados de Applied Biosystems
durante las 24 horas del día. Además, puede descargar documentos en formato PDF
del sitio web de Applied Biosystems (consulte la sección “Para obtener documentos a
petición”, presentada después de la información sobre contacto telefónico mostrada a
continuación).
Para ponerse en
contacto con el
servicio de asistencia
técnica por correo
electrónico
Puede ponerse en contacto por correo electrónico con el servicio de asistencia
técnica para obtener ayuda acerca de las siguientes áreas del producto:
Horario de asistencia
técnica por teléfono En Estados Unidos y Canadá se dispone de asistencia técnica en los siguientes horarios:
Para ponerse en
contacto con el
servicio de asistencia
técnica por teléfono
o fax
En Norteamérica
Para ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Applied Biosystems, utilice los números de teléfono o fax indicados a continuación.
(Para llamadas de servicio para otras necesidades de asistencia, o en caso de
emergencia, marque el 1-800-831-6844 y pulse 1.)
Área del producto Dirección de correo electrónico
Análisis genético (secuenciación de ADN) galab@appliedbiosystems.com
Sistemas de detección de secuencias y
PCR pcrlab@appliedbiosystems.com
Secuenciación de proteínas,
síntesis de péptidos y ADN corelab@appliedbiosystems.com
Biocromatografía, PerSeptive DNA, PNA y
sistema de síntesis de péptidos, CytoFluor®,
FMAT™, Voyager™ y espectrómetros de
masas Mariner™
tsupport@appliedbiosystems.com
Applied Biosystems/MDS Sciex support@sciex.com
Quimioluminiscencia (Tropix) tropix@appliedbiosystems.com
Producto Horario
Quimioluminiscencia 8:30 a 17:30, hora del este
Asistencia de Framingham 8:00 a 18:00, hora del este
Todos los demás productos 5:30 a 17:00, hora del Pacífico
Producto o
área del producto Teléfono
Marque el... Fax
Marque el...
Analizador de ADN ABI PRISM® 3700 1-800-831-6844,
y después pulse 81-650-638-5981
Síntesis de ADN 1-800-831-6844,
y después pulse 21 1-650-638-5981
1-4 Introducción
Secuenciación de ADN fluorescente 1-800-831-6844,
y después pulse 22 1-650-638-5981
Análisis de fragmentos fluorescentes
(incluye las aplicaciones GeneScan®)1-800-831-6844,
y después pulse 23 1-650-638-5981
Cicladores térmicos integrados (instru-
mentos Catalyst 800 y ABI PRISM® 877) 1-800-831-6844,
y después pulse 24 1-650-638-5981
Analizador genético ABI PRISM® 3100 1-800-831-6844,
y después pulse 26 1-650-638-5981
BioInformatics (incluye las aplicaciones
BioLIMS®, BioMerge® y SQL GT®)1-800-831-6844,
y después pulse 25 1-505-982-7690
Síntesis de péptidos (sistemas 433 y 43X) 1-800-831-6844,
y después pulse 31 1-650-638-5981
Secuenciación de proteínas (sistemas
de secuenciación de proteínas Procise®)1-800-831-6844,
y después pulse 32 1-650-638-5981
PCR y detección de secuencias 1-800-762-4001,
y después pulse 1 para
PCR, 2 para el 7700 o
el 5700, 6 para el 6700
o marque el
1-800-831-6844 y
después pulse 5
1-240-453-4613
Estaciones de trabajo de espectrometría
de masas Mariner™ ESI-TOF y
estaciones de trabajo de
bioespectrometría Voyager™ MALDI-TOF
1-800-899-5858,
y después pulse 13 1-508-383-7855
Estaciones de trabajo de
biocromatografía (BioCAD® y productos
de cromatografía de perfusión Poros®)
1-800-899-5858,
y después pulse 14 1-508-383-7855
Sistemas de síntesis de ácidos
nucleicos Expedite™1-800-899-5858,
y después pulse 15 1-508-383-7855
Síntesis de péptidos (sintetizadores de
péptidos Pioneer™ y 9050 Plus) 1-800-899-5858,
y después pulse 15 1-508-383-7855
Personalización y síntesis de PNA 1-800-899-5858,
y después pulse 15 1-508-383-7855
Sistema FMAT™ 8100 HTS y lector de
placas de fluorescencia CytoFluor® 4000 1-800-899-5858,
y después pulse 16 1-508-383-7855
Quimioluminiscencia (Tropix) 1-800-542-2369 (sólo
Estados Unidos),
o 1-781-271-0045
1-781-275-8581
Applied Biosystems/MDS Sciex 1-800-952-4716 1-508-383-7899
Producto o
área del producto Teléfono
Marque el... Fax
Marque el...
Introducción1-5
Fuera de Norteamérica
RegiónTeléfono
Marque el... Fax
Marque el...
África y Oriente Medio
África (angloparlante) y Asia Occidental
(Fairlands, Sudáfrica) 27 11 478 0411 27 11 478 0349
Sudáfrica (Johannesburgo) 27 11 478 0411 27 11 478 0349
Países de Oriente Medio y África del
Norte (Monza, Italia) 39 (0)39 8389 481 39 (0)39 8389 493
Asia Oriental, China, Oceanía
Australia (Scoresby, Victoria) 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799
China (Beijing) 86 10 64106608 86 10 64106617
Hong Kong 852 2756 6928 852 2756 6968
Corea (Seúl) 82 2 593 6470/6471 82 2 593 6472
Malasia (Petaling Jaya) 60 3 758 8268 60 3 754 9043
Singapur 65 896 2168 65 896 2147
Taiwán (Taipei Hsien) 886 2 22358 2838 886 2 2358 2839
Tailandia (Bangkok) 66 2 719 6405 66 2 319 9788
Europa
Austria (Viena) 43 (0)1 867 35 75 0 43 (0)1 867 35 75 11
Bélgica 32 (0)2 712 5555 32 (0)2 712 5516
República Checa y Eslovaquia (Praga) 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168
Dinamarca (Naerum) 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01
Finlandia (Espoo) 358 (0)9 251 24 250 358 (0)9 251 24 243
Francia (París) 33 (0)1 69 59 85 85 33 (0)1 69 59 85 00
Alemania (Weiterstadt) 49 (0) 6150 101 0 49 (0) 6150 101 101
Hungría (Budapest) 36 (0)1 270 8398 36 (0)1 270 8288
Italia (Milán) 39 (0)39 83891 39 (0)39 838 9492
Noruega (Oslo) 47 23 12 06 05 47 23 12 05 75
Polonia, Lituania, Letonia y Estonia
(Varsovia) 48 (22) 866 40 10 48 (22) 866 40 20
Portugal (Lisboa) 351 (0)22 605 33 14 351 (0)22 605 33 15
Rusia (Moscú)7 095 935 8888 7 095 564 8787
Europa – Balcanes (Zagreb, Croacia) 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840
España (Tres Cantos) 34 (0)91 806 1210 34 (0)91 806 1206
Suecia (Estocolmo) 46 (0)8 619 4400 46 (0)8 619 4401
Suiza (Rotkreuz) 41 (0)41 799 7777 41 (0)41 790 0676
Países Bajos (Nieuwerkerk a/d IJssel) 31 (0)180 331400 31 (0)180 331409
Reino Unido (Warrington, Cheshire) 44 (0)1925 825650 44 (0)1925 282502
Países no citados
(Warrington, Reino Unido) 44 (0)1925 282481 44 (0)1925 282509
1-6 Introducción
Para obtener
asistencia técnica a
través de Internet
Le recomendamos que visite nuestro sitio web. En él encontrará respuestas a las
preguntas más frecuentes y podrá obtener más información acerca de nuestros
productos. También puede solicitar a través de nuestro sitio web documentos técnicos
y un índice de documentos disponibles, así como recibirlos por fax o por correo
electrónico. La dirección del sitio web de Applied Biosystems es
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
Japón
Japón (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokio) 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507
Latinoamérica
Del.A. Obregon, México 305-670-4350 305-670-4349
RegiónTeléfono
Marque el... Fax
Marque el...
Para enviar preguntas técnicas desde Norteamérica o Europa:
Paso Acción
1Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems.
2Bajo el encabezado Troubleshooting (Solución de problemas), haga clic en Support
Request Forms (Formularios de solicitud de asistencia) y, a continuación, seleccione
la región de asistencia relevante para el área de interés del producto.
3Introduzca la información que se le solicite y su pregunta en el formulario mostrado
y, a continuación, haga clic en Ask Us RIGHT NOW (Pregúntenos AHORA) (botón
azul con el texto en amarillo).
4Introduzca la información que se le solicite en el siguiente formulario (si todavía no
lo ha hecho) y, a continuación, haga clic en Ask Us RIGHT NOW.
Recibirá por correo electrónico una respuesta a su pregunta de uno de nuestros
técnicos expertos en el plazo de 24 a 48 horas.
Introducción1-7
Para obtener
documentos a pedido Dispone de acceso gratuito las 24 horas del día a documentos técnicos de
Applied Biosystems, incluidas las fichas técnicas de seguridad, por fax, por correo
electrónico o mediante descarga desde nuestro sitio web.
Para solicitar
documentos... Haga lo siguiente...
por número de
índice a. Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems en la
dirección
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
b. Haga clic en el vínculo Index para el tipo de documento que desee,
busque el documento que desee y anote el número de índice.
c. Utilice el número de índice al solicitar documentos siguiendo los
procedimientos descritos más adelante.
por teléfono para
su envío por fax a. Desde Estados Unidos o Canadá, llame al 1-800-487-6809, o
desde fuera de Estados Unidos y Canadá, llame al 1-858-712-0317.
b. Siga las instrucciones por voz para solicitar los documentos que
desee.
Nota Puede solicitar un máximo de cinco documentos por petición.
a través de
Internet para
envío por fax o
correo electrónico
a. Vaya al sitio web de asistencia técnica de Applied Biosystems en la
dirección
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
b. En Resource Libraries (Bibliotecas de recursos), haga clic en el tipo
de documento que desee.
c. Introduzca o seleccione la información solicitada en el formulario
mostrado y, a continuación, haga clic en Search (Buscar).
d. En los resultados de la búsqueda mostrados, seleccione una casilla
de verificación para el método de envío de cada documento que
coincida con sus criterios y, a continuación, haga clic en Deliver
Selected Documents Now (Enviar ahora los documentos
seleccionados) (o haga clic en el icono PDF del documento para
descargarlo inmediatamente).
e. Cumplimente el formulario de información (si no lo ha hecho
todavía) y, a continuación, haga clic en Deliver Selected Documents
Now para enviar su petición.
Nota Puede solicitar un máximo de cinco documentos para envío por
fax, pero no hay límite para el número de documentos que puede
solicitar para envío por correo electrónico.
1-8 Introducción
Seguridad
Palabras de aviso
para el usuario
utilizadas en la
documentación
En el texto de toda la documentación de usuario de Applied Biosystems aparecen
cinco palabras de aviso para el usuario. Cada palabra implica un nivel concreto de
observación o acción, tal y como se describe a continuación.
Nota Llama la atención sobre información útil.
IMPORTANTE Indica información necesaria para el correcto funcionamiento del instrumento.
Indica una situación potencialmente peligrosa que, si no se evita, puede
causar lesiones leves o moderadas. También puede utilizarse para alertar de prácticas no
seguras.
Indica una situación potencialmente peligrosa que, si no se evita, podría
causar la muerte o lesiones graves.
Indica una situación inminentemente peligrosa que, si no se evita, tendrá como
resultado la muerte o lesiones graves. Esta palabra de aviso se limitará a las situaciones más
extremas.
Advertencia de
peligro químico PELIGRO QUÍMICO. Algunos productos químicos utilizados con los
instrumentos y protocolos de Applied Biosystems son potencialmente peligrosos y pueden
causar lesiones, enfermedades o la muerte.
♦Lea y comprenda las fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS)
proporcionadas por el fabricante de los productos químicos antes de almacenar,
manipular o trabajar con cualquier producto químico o material peligroso.
♦Reduzca al mínimo el contacto con los productos químicos y evite inhalarlos.
Utilice un equipo adecuado de protección personal durante la manipulación de
productos químicos (p. ej., protectores oculares, guantes o vestimenta
protectora). Puede encontrar normas de seguridad adicionales en las MSDS.
♦No deje abiertos los recipientes de productos químicos. Utilícelos únicamente con
una ventilación adecuada.
♦Compruebe periódicamente la ausencia de fugas o salpicaduras. Si se produce
una fuga o una salpicadura, siga los procedimientos de limpieza del fabricante, tal
y como se recomienda en la MSDS.
♦Cumpla todas las leyes y normativas locales, estatales/provinciales o nacionales en
materia de almacenamiento, manipulación y eliminación de productos químicos.
\
Advertencia de
peligro de desechos
químicos
PELIGRO DE DESECHOS QUÍMICOS. Los desechos producidos por
los instrumentos de Applied Biosystems son potencialmente peligrosos y pueden causar
lesiones, enfermedades o la muerte.
♦Lea y comprenda las fichas técnicas de seguridad de los materiales (MSDS)
proporcionadas por los fabricantes de los productos químicos en el recipiente de
desechos antes de almacenar, manipular o eliminar los desechos químicos.
♦Manipule los desechos químicos bajo una campana extractora.
♦Reduzca al mínimo el contacto con los desechos químicos y evite inhalarlos.
Utilice un equipo adecuado de protección personal durante la manipulación de
productos químicos (p. ej., protectores oculares, guantes o vestimenta
protectora).
PRECAUCI
Ó
N
!
ADVERTENCIA
!
PELIGRO
!
ADVERTENCIA
!
ADVERTENCIA
!
Introducción1-9
♦Después de vaciar el recipiente de desechos, ciérrelo bien con la tapa suministrada.
♦Elimine el contenido de la bandeja de desechos y de la botella de desechos
conforme a las buenas prácticas de laboratorio y a la normativa local,
estatal/provincial o nacional en materia de medio ambiente y salud.
Manual de seguridad
y de preparación del
emplazamiento
Un manual de seguridad y preparación del emplazamiento es un documento
independiente que se envía a todos los clientes que han comprado un instrumento de
Applied Biosystems. En el manual de su instrumento encontrará información relativa
a la preparación del emplazamiento, la seguridad del instrumento, la seguridad
química y los perfiles de desechos.
Acerca de las fichas
técnicas de
seguridad de los
materiales (MSDS)
Algunos productos químicos utilizados con este instrumento pueden estar catalogados
como peligrosos por su fabricante. Cuando existe peligro, se alerta de ello de forma
destacada en las etiquetas de todos los productos químicos.
Los fabricantes de productos químicos proporcionan una ficha técnica de seguridad
de materiales (MSDS) actualizada antes de o junto con el envío de productos
químicos peligrosos a los clientes nuevos, y con el primer envío de un producto
químico peligroso tras una actualización de la MSDS. En las MSDS encontrará la
información de seguridad necesaria para almacenar, manipular, transportar y
desechar los productos químicos de forma segura.
Recomendamos enérgicamente la actualización de las MSDS correspondientes en sus
archivos cada vez que reciba una nueva ficha junto con productos químicos peligrosos.
PELIGRO QUÍMICO. Antes de utilizar reactivos o disolventes,
familiarícese con las MSDS.
ADVERTENCIA
!
1-10 Introducción
Petición de fichas
técnicas de
seguridad
Puede pedir ejemplares adicionales gratuitos de las fichas técnicas de seguridad
(MSDS) para los productos químicos fabricados o distribuidos por Applied Biosystems
haciendo uso de la información para contacto referida a continuación.
Para los productos químicos no fabricados o distribuidos por Applied Biosystems,
llame al fabricante del producto químico.
Para solicitar fichas
técnicas de seguridad
(MSDS)... Haga lo siguiente...
A través de Internet a. Visite nuestro sitio web:
www.appliedbiosystems.com/techsupport.
b. Haga clic en MSDSs.
c. Puede abrir y descargar un PDF (con Adobe® Acrobat®
Reader™) del documento seleccionándolo, o puede hacer
que se le envíe el documento por fax o por correo electrónico.
Por servicio telefónico
automático Consulte “Para obtener documentos a pedido” en “Asistencia
técnica”.
Por teléfono en Estados
Unidos Marque el 1-800-327-3002 y, a continuación, pulse 1.
Por teléfono desde
Canadá
Por teléfono desde
cualquier otro paísConsulte la región específica en “Para ponerse en contacto con
el servicio de asistencia técnica por teléfono o fax” en
“Asistencia técnica”.
Si dispone de... Haga lo siguiente...
El número de documento
de la MSDS o el número
de índice del documento a
petición
Escriba uno de estos
números en el campo
apropiado de esta página.
El número de referencia
del producto Seleccione Click Here
(Haga clic aquí) y, a
continuación, escriba el
número de referencia o la
palabra o palabras clave
en el campo de esta
página.
Palabra o palabras clave
Para hacer un
pedido en... Marque el 1-800-668-6913 y...
InglésPulse
1, a continuación pulse 2 y
después vuelva a pulsar 1
FrancésPulse
2, a continuación pulse 2 y
después pulse 1
Introducción1-11
Etiquetas de
seguridad del
instrumento
Las etiquetas de seguridad están fijadas en el instrumento. Cada etiqueta de
seguridad tiene tres partes:
♦Un panel con una palabra de aviso, que implica un nivel concreto de observación
o acción (p. ej., PRECAUCIÓN o ADVERTENCIA). Si una etiqueta de seguridad
abarca varios peligros, se utilizará la palabra de aviso correspondiente al peligro
mayor.
♦Un panel con un mensaje, que explica el peligro y las acciones necesarias por
parte del usuario.
♦Un símbolo de alerta de seguridad, que indica un peligro potencial para la
seguridad personal. En el Manual de seguridad y preparación del emplazamiento
del Analizador genético ABI PRISM 3100 encontrará una explicación de todos los
símbolos de alerta de seguridad en varios idiomas.
Acerca de la
eliminación de
desechos
Como generador de desechos potencialmente peligrosos, es responsabilidad suya
realizar las acciones indicadas a continuación.
♦Identificar (mediante análisis, si es necesario) los desechos generados por las
aplicaciones, los reactivos y los sustratos utilizados en su laboratorio.
♦Garantizar la salud y la seguridad de todo el personal de su laboratorio
♦Garantizar que los desechos producidos por el instrumento se almacenen,
transfieran, transporten y eliminen de acuerdo con la normativa local,
estatal/provincial o nacional.
Nota Los materiales radiactivos o que impliquen un peligro biológico pueden requerir una
manipulación especial, pudiéndose aplicar limitaciones en materia de eliminación.
Antes de utilizar
el instrumento Asegúrese de que todo el personal implicado en el manejo del instrumento:
♦Haya recibido formación en materia de prácticas generales de seguridad para
laboratorios
♦Haya recibido formación en materia de prácticas específicas de seguridad para el
instrumento
♦Haya leído y comprendido todas las fichas técnicas de seguridad (MSDS)
correspondientes
No utilice este instrumento de una forma no especificada por
Applied Biosystems. Aunque el instrumento ha sido diseñado para proteger al usuario, esta
protección podría verse alterada si se utiliza el instrumento de manera inapropiada.
Uso seguro y eficaz
del ordenador El uso correcto del ordenador evita la aparición de efectos productores de estrés,
tales como fatiga, dolor y tensión.
Para reducir al mínimo estos efectos sobre su espalda, piernas, ojos y extremidades
superiores (cuello, hombros, brazos, muñecas y dedos), diseñe su estación de trabajo
de manera que se favorezcan posiciones de trabajo neutras o relajadas. Esto incluye
el trabajo en un entorno en el que la calefacción, el aire acondicionado, la ventilación
y la iluminación estén correctamente ajustados. Consulte las recomendaciones
mostradas a continuación.
PRECAUCI
Ó
N
!
1-12 Introducción
PELIGRO MUSCULOESQUELÉTICO Y POR MOVIMIENTOS
REPETITIVOS. Estos peligros están causados por los siguientes factores de riesgo
potenciales, entre otros: movimiento repetitivo, postura incómoda, esfuerzo, mantenimiento de
posturas estáticas poco saludables, presión por contacto y otros factores medioambientales de
la estación de trabajo.
♦Adopte una posición sedente que proporcione la combinación óptima de
comodidad, accesibilidad al teclado y evitación de tensiones y presiones
causantes de fatiga.
–La mayor parte del peso corporal debe descansar sobre las nalgas, y no
sobre los muslos.
–Los pies deben estar colocados planos sobre el suelo, y el peso de las
piernas debe descansar en el suelo y no estar soportado por los muslos.
–Debe existir un apoyo lumbar para mantener la curvatura cóncava apropiada
de la columna.
♦Coloque el teclado sobre una superficie que proporcione:
–La altura correcta para colocar los antebrazos horizontalmente y los brazos
verticalmente.
–Apoye los antebrazos y las manos para evitar la fatiga muscular de los
brazos.
♦Coloque la pantalla a una altura que permita una postura normal del cuerpo y la
cabeza. Esta altura depende de las proporciones físicas del usuario.
♦Ajuste los factores visuales para optimizar la comodidad y la eficiencia:
–Ajustando las variables de la pantallas tales como el brillo, el contraste y el
color, para adaptarlas a sus preferencias y a la iluminación ambiente.
–Colocando la pantalla de manera que se reduzcan al mínimo los reflejos de
las fuentes de luz ambiente.
–Colocando la pantalla a una distancia que tenga en cuenta variables del
usuario tales como la miopía, la presbicia, el astigmatismo y los efectos de
las lentes correctoras.
♦Al considerar la distancia del usuario a la pantalla, son útiles las siguientes
recomendaciones:
–La distancia de los ojos del usuario a la pantalla debe ser aproximadamente
la misma que la distancia de los ojos del usuario al teclado.
–Para la mayoría de las personas, la distancia de lectura más cómoda es de
aproximadamente 50 cm.
–La superficie de la estación de trabajo debe tener una profundidad mínima de
90 cm para permitir el ajuste de la distancia.
–Ajuste el ángulo de la pantalla para reducir al mínimo los reflejos y
deslumbramientos, y evite las superficies muy reflectantes en la estación de
trabajo.
♦Utilice un atril adecuado, ajustable en horizontal y en vertical, que permita colocar
el material de referencia en copia impresa a la misma distancia visual que la
pantalla y el teclado.
PRECAUCI
Ó
N
!
Introducción1-13
♦Mantenga los cables alejados de los usuarios y de las personas que circulen por
la zona.
♦Elija una estación de trabajo que tenga una superficie suficientemente grande
para otras tareas y que proporcione un espacio suficiente para el movimiento de
las piernas.
Advertencias de
descarga eléctrica PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA. Puede producirse una
descarga eléctrica intensa, que podría causar daños físicos o la muerte, si se trabaja sobre un
instrumento cuando la fuente de alimentación de alta tensión está en funcionamiento. Para
evitar una descarga eléctrica, desconecte la fuente de alimentación del instrumento,
desenchufe el cable de alimentación y espere al menos un minuto antes de empezar a trabajar
sobre el instrumento.
PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA. Para reducir la probabilidad de
descarga eléctrica, no retire las cubiertas que requieran para ello el uso de herramientas. En el
interior no hay piezas cuyo mantenimiento o servicio deban ser realizados por el usuario. Las
tareas de servicio deben ser realizadas por personal de servicio cualificado de
Applied Biosystems.
Advertencia de láser PELIGRO POR LÁSER. Un láser sobrecalentado puede causar
quemaduras graves si entra en contacto con la piel. NO manipule el láser si no puede ser
refrigerado por su ventilador. Use siempre gafas de seguridad para láser.
ADVERTENCIA
!
ADVERTENCIA
!
ADVERTENCIA
!
Realización de una carrera de secuenciación2-1
Realización de una
carrera de secuenciación2
Generalidades
En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:
Apartado V. pág.
Antes de empezar 2-2
Inicio del software 3100 Data Collection 2-3
Configuración de las preferencias del software 2-5
Trabajo con juego de placas 2-8
Comprobación y llenado de líquidos 2-10
Colocación de la placa en el muestreador automático 2-13
Creación de un registro de placa 2-14
Vinculación de una placa 2-20
Inicio y control de la carrera 2-23
Detención de una carrera y recuperación de los datos 2-24
Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera 2-25
Visualización y modificación de un módulo de análisis 2-27
2
2-2 Realización de una carrera de secuenciación
Antes de empezar
Suposiciones Los procedimientos descritos en este capítulo tienen en cuenta las siguientes
suposiciones:
♦El ordenador y el instrumento se han configurado correctamente.
♦Se ha calibrado el instrumento: se han realizado satisfactoriamente las
calibraciones espacial y espectral. En caso necesario, consulte el Capítulo 4 de
este manual.
♦Existe espacio suficiente en el disco duro del ordenador. En caso necesario,
consulte el Capítulo 5 de este manual.
♦Las muestras se han preparado y resuspendido correctamente. Si desea
información acerca de la preparación de muestras, consulte la Guía de la química
de secuenciación del Analizador genético ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315831).
Realización de una carrera de secuenciación2-3
Inicio del software 3100 Data Collection
Antes de empezar Antes de iniciar el software Data Collection:
Paso Acción
1Cerciórese de que el ordenador y el monitor estén encendidos.
IMPORTANTE Debe encenderse el ordenador antes que el instrumento.
El nombre de usuario predeterminado es “3100User”, y la contraseña
predeterminada es ninguna (dejar el espacio correspondiente en blanco).
2Cerciórese de que el Analizador genético ABI PRISM® 3100 esté encendido y que la
luz verde de estado esté permanentemente encendida (no parpadee).
3Cerciórese de que esté en ejecución el programa OrbixWeb Daemon buscando su
botón en la barra de tareas de Windows NT.
Si no está en ejecución OrbixWeb Daemon, vaya al menú Inicio, señale Applied
Biosystems y seleccione OrbixWeb Daemon.
Nota Para crear un acceso directo: (a) Busque el archivo orbixd.exe en el
siguiente directorio: D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin. (b) Haga clic con el botón
derecho del ratón en el archivo. (c) Haga clic en Crear acceso directo. Se creará un
acceso directo con el nombre Acceso directo a orbixd.exe. (d) Arrastre el acceso
directo al escritorio.
IMPORTANTE Debe estar en ejecución OrbixWeb Daemon para poder iniciar el
software 3100 Data Collection.
2-4 Realización de una carrera de secuenciación
Inicio del software
Data Collection Para iniciar el software Data Collection:
Paso Acción
1En el menú Inicio, señale Applied Biosystems y seleccione 3100 Data Collection.
Nota Para crear un acceso directo: (a) Busque el archivo 3100Collection.bat en
el siguiente directorio: D:\AppliedBio\3100\Bin. (b) Haga clic con el botón derecho
del ratón en el archivo. (c) Haga clic en Crear acceso directo. Se creará un acceso
directo con el nombre Acceso directo a 3100 Collection Software.
(d) Arrastre el acceso directo al escritorio.
Se abrirá el software 3100 Data Collection y se mostrará la siguiente ventana:
Realización de una carrera de secuenciación2-5
Configuración de las preferencias del software
IntroducciónLas preferencias del software Data Collection se definen durante la instalación del
instrumento, pero puede verlas o modificarlas en el cuadro de diálogo Setting
Preferences (Configuración de preferencias).
Visualización del
cuadro de diálogo
Setting Preferences
Página Data
Collection
(Recogida de datos)
Para ver el cuadro de diálogo Setting Preferences:
Paso Acción
1En el menú View (Ver), seleccione Preferences o haga clic en el botón Preferences
de la barra de herramientas.
El cuadro de diálogo tiene dos páginas, tal y como se muestra a continuación.
Preferencia Descripción
Instrument Name
(Nombre del
instrumento)
Este campo se rellena automáticamente con demo_3100.
Puede cambiarlo por cualquier nombre (p. ej., el número de serie del
instrumento).
2-6 Realización de una carrera de secuenciación
Página Data
Analysis
(Análisis de datos)
Preferencia Descripción
AutoAnalysis On
(Análisis automático
activado)
Seleccione esta casilla para hacer que el software de análisis analice
automáticamente las muestras después de la carrera.
Nota La selección de esta opción no impide volver a analizar los
datos de la muestra.
BioLIMS Utilice estos parámetros para extraer los datos a una base de datos
de BioLIMS en lugar de a archivos de muestras.
Realización de una carrera de secuenciación2-7
Sample File Name
Prefix Format
(Formato del
prefijo del nombre
de los archivos de
muestras)
Especifique el formato para los nombres de los archivos de muestras
utilizando las listas desplegables para reordenar los identificadores.
Nota Además de los cuatro identificadores definidos con los menús
desplegables, se añadirá automáticamente a todos los nombres el
número de capilar y una extensión de archivo. Por consiguiente, en el
ejemplo de página Data Analysis mostrado a continuación, el nombre
de la muestra sería:
Sample Name_Well Position_Capillary Number.ab1
Preferencia Descripción
Identificador Origen
Run ID
(Identificador
de la carrera)
Generado por el software Data Collection
Sample Name
(Nombre de la
muestra)
Se toma de la entrada de la hoja de cálculo
Plate Editor (Editor de placas)
Well Position
(Posición de los
pocillos)
Se toma de la posición de la muestra en la placa
(letra de la columna y número de fila,
p. ej., C3)
Plate Name
(Nombre de la
placa)
Se toma de la entrada del cuadro de diálogo
Plate Editor
Instrument ID
(Identificador del
instrumento)
Se toma de la entrada de preferencias de la
página Data Collection
Array ID
(Identificador
de conjunto)
Se toma de la entrada del asistente Install
Capillary Array Wizard (Asistente de instalación
de conjuntos de capilares)
2-8 Realización de una carrera de secuenciación
Trabajo con juego de placas
Componentes del
juego de placas Los componentes del juego de placas se ensamblan de la siguiente manera:
Preparación de un
juego de placas
Retenedor
de la placa
Placa de
muestra
Base de la
placa
Tapas tipo
septa 12 3
Para preparar un juego de placas:
Paso Acción
1Fije unas tapas tipo septa limpias y secas en la placa de muestra.
IMPORTANTE No utilice nunca placas deformadas.
IMPORTANTE Cerciórese de que las tapas tipo septa estén planas sobre la placa.
2Coloque la placa de muestra en la base de la placa.
3Encaje el retenedor de la placa en la placa y la base de la placa.
Realización de una carrera de secuenciación2-9
4Cerciórese de que los agujeros del retenedor de la placa estén alineados con los
agujeros de las tapas tipo septa.
IMPORTANTE Si los agujeros del retenedor de la placa y de las tapas tipo septa no
están correctamente alineados, se dañarán los extremos del conjunto.
Para preparar un juego de placas: (continuación)
Paso Acción
Los agujeros del retenedor
de la placa deben estar
alineados con los agujeros
de las tapas tipo septa.
2-10 Realización de una carrera de secuenciación
Comprobación y llenado de líquidos
Adición o cambio
del polímero Determine si necesita añadir o cambiar el polímero del instrumento antes de conti-
nuar con la preparación del instrumento.
IMPORTANTE Sustituya siempre el polímero si tiene más de 1 semana.
IMPORTANTE Cerciórese de que no haya burbujas de aire en el bloque superior de polímero
antes de continuar. Para eliminar las burbujas de aire existentes, consulte la página 5-4.
Cuándo sustituir
el tampónSustituya el tampón de procesamiento 1X del reservorio de tampón catódico
diariamente, o antes de cada serie de carreras.
IMPORTANTE Si no se sustituye el tampón podría producirse una pérdida de resolución y de
calidad de los datos.
IMPORTANTE Para rellenar el tampón y colocar la placa es preciso que el muestreador
automático esté en posición de avance, con los extremos de los capilares fuera de la solución
de tampón. No deje el muestreador automático en esta posición durante más de 30 min, ya que
los capilares pueden desecarse.
Si el polímero del instrumento... Haga lo siguiente...
tiene menos de una semana, y
está en cantidad suficiente para
completar las carrerasa
a. Debe tener >0,5 ml. Una carrera utiliza 50–80 µl de polímero. Esto equivale a 60–100 carreras a partir de
una jeringa de 5 ml.
Cerciórese de que no haya burbujas de aire y continúe
con la preparación del instrumento.
Nota Para eliminar las burbujas de aire existentes,
consulte la página 5-4.
tiene más de 1 semana, o
no está en cantidad suficiente para
completar las carreras
Rellene las jeringas y el bloque superior de polímero
con polímero siguiendo las instrucciones del asistente
Change Polymer Wizard (Asistente de cambio de
polímero). Consulte las instrucciones en la página 5-11.
PELIGRO QUÍMICO. El
polímero POP puede causar irritación de los ojos, la
piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica
de seguridad (MSDS) y siga las instrucciones de
manipulación indicadas. Use protectores oculares,
vestimenta protectora y guantes apropiados. Uso
exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.
PRECAUCI
Ó
N
!
Realización de una carrera de secuenciación2-11
Preparación de
tampón para una
carrera simple
Llenado de los
reservorios de agua y
de tampón catódico
Para preparar 30 ml de tampón de procesamiento 1X:
Paso Acción
1Añada 3,0 ml de tampón de procesamiento 10X a un cilindro graduado.
2Añada agua desionizada para enrasar a 30 ml.
3Mezcle bien.
Para llenar los reservorios de agua y de tampón catódico:
Paso Acción
1Cierre las puertas del instrumento.
2Pulse el botón Tray (Bandeja) situado en el exterior del instrumento para llevar el
muestreador automático a la posición de avance.
3Espere hasta que el muestreador automático se haya detenido y, a continuación,
abra las puertas del instrumento.
4Retire el reservorio de tampón catódico y los reservorios de agua del instrumento.
5Deseche los líquidos restantes y lave los reservorios con agua desionizada.
Nota Aunque el desecho está muy diluido, debe seguir las normas de eliminación
de desechos de su empresa en relación con los procedimientos de eliminación
apropiados.
6Lave el reservorio catódico con tampón de procesamiento 1X y, a continuación,
enrase con tampón de procesamiento 1X (unos 17 ml).
7Enrase los reservorios de agua con agua desionizada de calidad (unos 17 ml).
8Coloque unas tapas tipo septa limpias en cada reservorio y seque las superficies
externas de los reservorios con un paño sin pelusa.
Nota Le recomendamos etiquetar los reservorios para evitar confusión.
Cerciórese de que las tapas tipo septa encajen
perfectamente en las partes superiores de los reservorios con el fin de evitar dañar
los extremos de los capilares.
Botón Tray
PRECAUCIÓN
!
Las tapas tipo septa descansan planas
sobre el reservorio
Línea de llenado
2-12 Realización de una carrera de secuenciación
Llenado del
reservorio de
tampón anódico
Cambie el tampón anódico:
♦Antes de cada carrera o al menos cada 24 horas.
♦Cada vez que llene el bloque de polímero con polímero nuevo.
9Coloque los reservorios en posición en el muestreador automático tal y como se
muestra a continuación.
Para llenar los reservorios de agua y de tampón catódico: (continuación)
Paso Acción
Reservorio de
agua (lavado)
Reservorio catódico (tampón
de procesamiento 1X)
Reservorio de
agua (desechos)
Reservorio de
agua
1
2
3
4
Para llenar el reservorio de tampón anódico hasta la línea de llenado con tampón de
procesamiento 1X:
Paso Acción
1Extraiga el reservorio de tampón anódico tirando firmemente de él y girándolo
ligeramente al mismo tiempo.
2Deseche el tampón utilizado de manera apropiada.
3Limpie y lave el reservorio con agua desionizada y, a continuación, lávelo con
tampón.
4Llene el reservorio hasta la línea de llenado con tampón de procesamiento 1X
fresco (unos 8 ml).
5Coloque el reservorio de tampón anódico en el instrumento.
Nota El menisco debe alinearse con la línea de llenado.
6Si se llena el reservorio de líquido, repita el procedimiento para desechar y sustituir
el tampón de procesamiento.
Nota El reservorio podría llenarse durante la eliminación de burbujas.
Línea de llenado
Realización de una carrera de secuenciación2-13
Colocación de la placa en el muestreador automático
Colocación de la
placa en el
muestreador
automático
Para colocar la placa en el muestreador automático:
Paso Acción
1Coloque el juego de placas en el muestreador automático tal y como se muestra a
continuación.
Nota Sólo hay una orientación posible para la placa, con el extremo dentado de
la base de la placa alejado de usted.
IMPORTANTE Cerciórese de que el juego de placas encaje plano en el
muestreador automático. En caso contrario, los extremos de los capilares podrían
elevar el juego de placas dejándolo fuera del muestreador automático.
2Cuando la placa está correctamente colocada, el indicador de posición de la placa
de la página Plate View (Vista de la placa) cambia de color de gris a amarillo.
Compruébelo.
3Cierre las puertas del instrumento.
Nota Al cerrar las puertas el muestreador automático vuelve a la posición en que
estaba antes de que se abrieran las puertas.
Placa colocada en la posición A
No hay placa en la posición B
2-14 Realización de una carrera de secuenciación
Creación de un registro de placa
Acerca de los
registros de placa Los registros de placa son tablas de datos de la base de datos del instrumento que
almacenan información sobre las placas y las muestras que contienen.
Nota Un registro de placa es similar a una hoja de muestras o a una lista de inyecciones que
pueda haber utilizado con otros instrumentos de ABI PRISM.
Uso del Editor de
placas para crear un
registro de placa
Siga los dos procedimientos descritos a continuación para crear un registro de placa
con el Editor de placas.
Consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100
(n.ºref. 4315834) si desea información acerca de otras formas de crear registros de
placa y de cómo importar y exportar registros de placa.
Introducción de
información del
registro de placa
Nota No puede crear un registro de placa si hay una carrera de análisis en curso.
Para introducir información de registro de placa:
Paso Acción
1Haga clic en la ficha Plate View en la ventana 3100 Data Collection Software para
acceder a la página Plate View.
2Haga clic en el botón Plate Editor (Editor de placas) de la barra de herramientas.
Aparecerá el cuadro de diálogo Plate Editor.
Ficha Plate
View
Realización de una carrera de secuenciación2-15
Introducción de
información sobre
las muestras
3En el cuadro de diálogo Plate Editor:
♦Asigne un nombre a la placa (Plate name).
♦Especifique la aplicación (Application).
♦Seleccione el tipo de placa (Plate Type).
♦Introduzca comentarios (Comments) si lo desea (opcional).
IMPORTANTE Para el nombre de la placa puede usar letras, números y los
siguientes signos de puntuación: -_(){}#.+. No utilice espacios.
4Cuando haya terminado, haga clic en Finish (Terminar).
Se abrirá la hoja de cálculo Plate Editor.
Para introducir información de registro de placa: (continuación)
Paso Acción
Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa:
Paso Acción
1En la hoja de cálculo Plate Editor, escriba los nombres de todas las muestras en la
columna Sample Name (Nombre de la muestra).
Nota En la convención de nomenclatura predeterminada, el nombre de la
muestra que escriba se incorporará al nombre del archivo de muestras. Por
ejemplo:
\
La convención de nomenclatura utilizada para los archivos de muestras puede
modificarse en el cuadro de diálogo Preferences. Consulte la página 2-6 si desea
más información.
IMPORTANTE Para el nombre de las muestras puede usar letras, números y los
siguientes signos de puntuación: -_(){}#.+. No utilice espacios.
IMPORTANTE Cerciórese de que los nombres de archivos de muestras no tengan
más de 59 caracteres. No se realizan comprobaciones automáticas de errores para
los nombres de muestras de más de 59 caracteres. El software de análisis no
puede abrir archivos de muestras con nombres largos.
MySample_A01_.ab1
Nombre de la muestra
Posición del pocillo
2-16 Realización de una carrera de secuenciación
2Para cada muestra, seleccione el conjunto de fluorocromos apropiado en la lista
desplegable Dye Set (Conjunto de fluorocromos). Para el software de análisis de
secuenciación de ADN ABI PRISM®, seleccione Dye Set E.
IMPORTANTE Cerciórese de seleccionar el conjunto de fluorocromos correcto
para su carrera o carreras de análisis. Si se recogen datos estando seleccionado
un conjunto de fluorocromos incorrecto, será necesario repetir la carrera o carreras.
3Para cada muestra, seleccione el archivo de movilidad apropiado en la lista
desplegable Mobility File (Archivo de movilidad).
Nota Es posible que tenga que cambiar el tamaño de la columna para ver el
nombre del archivo completo. Para ello, sitúe el cursor entre las cabeceras de
columna (el cursor se convertirá en una flecha de doble punta) y arrástrelo hacia la
derecha.
La siguiente tabla muestra qué archivo de movilidad debe seleccionarse
basándose en el producto químico de secuenciación.
Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)
Paso Acción
Producto químico de secuenciación
de ADN Archivo de movilidad
ABI PRISM® BigDyeTM Primer; uso del
cebador -21m13 DP3100POP6{BD-21M13}v1.mob
BigDye Primer chemistry; uso del
cebador inverso DP3100POP6{BD-M13Rev}v1.mob
ABI PRISM® BigDyeTM Terminator
chemistry DT3100POP6{BD}v2.mob
ABI PRISM® dRhodamine Terminator
chemistry DT3100POP6{dRhod}v1.mob
Realización de una carrera de secuenciación2-17
4Introduzca un proyecto BioLIMS.
IMPORTANTE Se requiere un proyecto BioLIMS para cada muestra aunque no se
utilice una base de datos BioLIMS.
a. Haga clic en la celda de la columna BioLIMS Project (Proyecto BioLIMS)
correspondiente a la celda A1 de la columna Well (Pocillo).
b. Seleccione un nombre de proyecto en la lista desplegable.
Nota Si desea más información acerca de la configuración de un proyecto
BioLIMS, consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.
c. Para asignar el mismo nombre de proyecto a todas las muestras del registro de
placa:
–Haga clic en la cabecera de la columna para seleccionar toda la columna.
–Pulse CTRL+D.
Nota Pulse CTRL+D siempre que un campo sea igual para todas las muestras del
registro de placa.
5Para cada muestra, seleccione el módulo de carrera apropiada en la lista
desplegable Run Module (Módulo de carrera).
Nota Si necesita ver o modificar un archivo de módulo de carrera, consulte la
página 2-25.
La siguiente tabla muestra el módulo de carrera que debe seleccionarse en función
del tipo de carrera:
Nota Si selecciona diferentes módulos para distintas muestras, las muestras se
agruparán automáticamente de manera que todas las muestras con el mismo
módulo de carrera se procesarán al mismo tiempo. Las carreras se programan en
orden alfanumérico por el nombre del módulo de carrera, y no en el orden indicado
en el registro de placa ni por el nombre de la muestra.
Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)
Paso Acción
IMPORTANTE Debe introducir un proyecto BioLIMS.
Tipo de carrera Módulo de carrera
Secuenciación estándar de ADN StdSeq50_POP6DefaultModule
Secuenciación rápida de ADN RapidSeq36_POP6DefaultModule
2-18 Realización de una carrera de secuenciación
6Para cada muestra, seleccione el módulo de análisis apropiado en la lista
desplegable Analysis Module (Módulo de análisis).
IMPORTANTE Debe seleccionarse la preferencia AutoAnalysis (Análisis
automático) si se desea que el análisis tenga lugar automáticamente después de la
carrera (consulte la página 2-6).
La siguiente tabla muestra el módulo de análisis que debe seleccionarse en función
del tipo de carrera.
Nota Puede examinar la configuración para cada uno de estos archivos
utilizando el software de análisis de secuenciación de ADN. El significado de los
parámetros de configuración se describe en el Manual del usuario del software de
análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM (n.º ref. 4308924).
7Si desea procesar la misma muestra de nuevo, seleccione un segundo módulo de
carrera y un segundo módulo de análisis. Puede procesar una muestra en una
placa vinculada hasta cinco veces.
Las muestras se agruparán automáticamente de manera que todas las muestras
con el mismo módulo de carrera se procesarán de forma secuencial.
Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)
Paso Acción
Tipo de carrera Módulo de análisis
Secuenciación estándar de ADN BC-3100_SeqOffFtOff.saz
Secuenciación rápida de ADN BC-3100RRv2_SeqOffFtOff.saz
Realización de una carrera de secuenciación2-19
8Compruebe que el registro de placa sea correcto y, a continuación, haga clic en OK
(Aceptar).
Nota Puede transcurrir cierto tiempo hasta que el nuevo registro de placa se
guarde en la base de datos y se añada a la tabla Pending Plate Records (Registros
de placa pendientes) tal y como se muestra a continuación.
Nota Para utilizar el mismo nombre para otro registro de placa, deberá eliminar
antes de la base de datos este registro de placa.
Para introducir información sobre las muestras y guardar el registro de placa: (continuación)
Paso Acción
2-20 Realización de una carrera de secuenciación
Vinculación de una placa
IntroducciónEste procedimiento describe cómo vincular una placa del muestreador automático al
registro de placa que ha creado. Esta operación debe realizarse antes de poder
procesar una placa.
IMPORTANTE Es posible vincular una placa aunque no se hayan seleccionado módulos de
carrera para sus muestras. En este caso, no aparecerá ningún mensaje de error y no se
programarán carreras para las muestras de la placa.
Vinculación de una
placa a un registro
de placa
Para vincular una placa a un registro de placa:
Paso Acción
1Haga clic en la ficha Plate View en la ventana 3100 Data Collection Software para
acceder a la página Plate View.
2En la página Plate View:
a. En la tabla Pending Plate Records, haga clic en el registro de placa al que desea
vincular la placa.
b. Haga clic en el indicador de posición de la placa correspondiente a la placa que
está vinculando.
Ficha Plate
View
Haga clic en el
registro de placa
Haga clic en el indicador de
posición de la placa
Realización de una carrera de secuenciación2-21
3Compruebe que se haya vinculado la placa.
Una vez vinculada la placa:
♦El botón Run Instrument (Procesar) de la barra de herramientas está activado, lo
que significa que el instrumento está listo para procesar.
♦El indicador de posición de la placa para la placa vinculada cambia al color
verde.
♦El registro de placa es transferido de la tabla Pending Plate Records a la tabla
Linked Plate Records (Registros de placa vinculados).
4Repita los pasos 1–3 para vincular una segunda placa si procede.
Para vincular una placa a un registro de placa: (continuación)
Paso Acción
El botón Run
Instrument está
activado
El indicador de
posición de la
placa está verde
El registro de placa está en la tabla Linked Plate
2-22 Realización de una carrera de secuenciación
5Haga clic en la ficha Run View (Vista de carreras) para ver el programa de carreras.
Nota Aunque pueden eliminarse carreras individuales, no puede modificarse el
orden en el que están programadas las carreras. La programación de carreras
depende de diversos factores; si desea más información, consulte el Manual del
usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.
Para vincular una placa a un registro de placa: (continuación)
Paso Acción
Realización de una carrera de secuenciación2-23
Inicio y control de la carrera
Inicio de una carrera
Control de una
carrera
Para iniciar una carrera:
Paso Acción
1Haga clic en el botón verde Run Instrument para comenzar las carreras
programadas.
Botón Run Instrument
Para controlar una carrera:
Paso Acción
1Haga clic en la ficha Status View (Vista de estado) para controlar el estado del
instrumento durante la carrera.
2Durante la carrera, puede ver los datos utilizando las páginas Array View (Vista de
conjunto) y Capillary View (Vista de capilares).
IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. No deje
estas ventanas abiertas un período prolongado durante una carrera, ya que se
producirán problemas de actualización de pantalla no recuperables. Deje abierta la
ventana Status View.
Si desea más información acerca de las vistas Array View y Capillary View,
consulte “Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el
software Data Collection” en la página 3-2.
2-24 Realización de una carrera de secuenciación
Detención de una carrera y recuperación de los datos
Detención u omisión
de una carrera Cuando una carrera está en curso, pueden verse en la barra de herramientas los
botones Skip (Omitir), Pause (Suspender) y Stop (Detener).
En caso de fallo
de la extracción
automática
El extractor automático debe haber extraído automáticamente los datos de la carrera
detenida. En caso contrario, utilice los comandos Extract data into sample files
(Extraer datos en archivos de muestras) tal y como se describe a continuación.
Para detener la carrera en curso y... Haga clic en...
continuar las otras carreras
programadas el botón Skip.
detener las otras carreras
programadas a. el botón Stop.
b. Now (Ahora) en el cuadro de diálogo Question
(Pregunta).
Botón Stop
Botón Skip to Next Run
Botón Pause
Para recuperar datos de una carrera detenida:
Paso Acción
1En el menú Instrument (Instrumento), señale Data Acquisition (Adquisición de
datos) y seleccione Extract data into sample files.
Compruebe que aparezca en la barra de estado el mensaje “Sample Files
Successfully Extracted” (Archivos de muestras extraídos satisfactoriamente).
Nota Los datos extraídos no están analizados. Utilice el software de análisis
GeneScan para analizar los archivos de muestras.
Realización de una carrera de secuenciación2-25
Visualización, modificación o creación de un módulo de carrera
IntroducciónEl módulo de carrera especifica información acerca de cómo se procesa la muestra
(p. ej., la duración de la carrera, la temperatura de la carrera y el tiempo de inyección).
Visualización de un
módulo de carrera
Modificación o
creación de un
módulo de carrera
Para ver un módulo de carrera:
Paso Acción
1Haga clic en el botón Module Editor de la barra de herramientas.
Se abrirá el cuadro de diálogo Module Editor.
2En el cuadro de grupo Modules (Módulos), haga clic en la ficha Sequencing
(Secuenciación).
3Para ver los parámetros de un módulo concreto, seleccione el nombre del módulo
en la lista. Se mostrarán todos los parámetros del módulo de carrera.
Para modificar un módulo de carrera existente o crear un nuevo módulo de carrera:
Paso Acción
1Haga clic en el botón Module Editor de la barra de herramientas.
Se abrirá el cuadro de diálogo Module Editor.
2Seleccione el módulo de carrera que desea utilizar como plantilla.
3Modifique los valores de los parámetros que desea cambiar.
IMPORTANTE Sólo se aceptan números enteros.
IMPORTANTE Cerciórese de que todos los valores estén en rojo; no se guardarán
los valores que estén en negro.
2-26 Realización de una carrera de secuenciación
4
5Cuando haya terminado, haga clic en el botón Close (Cerrar) ( ) para salir del
Editor de módulos.
Para modificar un módulo de carrera existente o crear un nuevo módulo de
Paso Acción
Si desea... Haga lo siguiente...
guardar los cambios del módulo
actual Haga clic en Save (Guardar).
Nota La acción Save no puede aplicarse
a módulos de carrera predeterminados.
crear un nuevo módulo de carrera a. Haga clic en Save As (Guardar como).
b. Introduzca un nombre descriptivo único
y haga clic en OK.
Realización de una carrera de secuenciación2-27
Visualización y modificación de un módulo de análisis
IntroducciónEl módulo de análisis especifica cómo se analizan automáticamente los datos no ana-
lizados al final de la carrera (p. ej., parámetros de rango de análisis y patrón de
tamaño).
Visualización y
modificación de un
módulo de análisis
Para ver o modificar un módulo de análisis (archivo .saz):
Paso Acción
1Inicie el software de análisis de secuenciación.
Es posible que haya un icono del programa en el menú Inicio. En caso contrario,
puede encontrar el software de análisis de secuenciación de ADN (SeqA.exe) en el
siguiente directorio:
D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin
2En el menú File (Archivo), señale Open (Abrir) y seleccione Seq. AZ Settings
(Configuración Seq. AZ).
3Seleccione el módulo de análisis que desee ver o modificar.
Los módulos de análisis se encuentran en el siguiente directorio:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params
4Haga clic en Open.
Se abrirá el archivo de configuración de análisis de secuenciación de ADN.
2-28 Realización de una carrera de secuenciación
5
Si lo desea, puede modificar la configuración:
♦El parámetro Basecaller Type (Tipo de asignador de bases) puede ser
Basecaller-3100 (para la secuenciación estándar) o Basecaller-3100RR (para la
secuenciación de lectura rápida). Estos archivos están ubicados en el siguiente
directorio:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params.
♦Los parámetros Basecaller Settings (Configuración del asignador de bases) se
especifican en el cuadro de diálogo Preferences (al que se accede desde el
menú Edit [Edición]).
♦Si se selecciona la casilla Write .Seq Files (Escribir archivos .Seq), los archivos
de texto de la secuencia de bases asignada se escriben en formato ABI o FASTA.
♦Si se selecciona un archivo Factura Settings File (Archivo de configuración de
Factura), se aplicará el procesamiento Factura durante el análisis.
–Para ver o modificar un archivo de configuración de Factura: en el menú File,
señale Open y seleccione Factura Settings (Configuración de Factura).
–Estos archivos están ubicados en el siguiente directorio:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Factura
6
Para ver o modificar un módulo de análisis (archivo .saz): (continuación)
Paso Acción
Si ha realizado cambios en el
módulo de análisis y desea... Haga lo siguiente...
guardar los cambios como
nuevo módulo de análisis a. En el menú File, seleccione Save As.
b. Asigne un nombre único y, a
continuación, haga clic en OK.
guardar los cambios del
módulo de análisis actual En el menú File, seleccione Save.
cancelar los cambios Haga clic en el botón Close para cerrar la
ventana.
Visualización y análisis de los datos 3-1
Visualización y análisis
de los datos 3
Generalidades
En este capítulo Este capítulo contiene los siguientes apartados:
Nota En este capítulo se supone que se han extraído los datos de la carrera a archivos de
muestras. Si está utilizando el Analizador genético ABI PRISM® junto con el sistema de base de
datos BioLIMS®, puede consultar el Manual del usuario del software de análisis de
secuenciación de ADN ABI PRISM n.º ref. 4308924) si desea información acerca de cómo
acceder a la base de datos utilizando el programa de análisis.
Apartado V. pág.
Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el
software Data Collection 3-2
Visualización de datos analizados 3-5
Análisis o repetición del análisis de los datos 3-11
3
3-2 Visualización y análisis de los datos
Visualización de los datos no analizados de una carrera completada en el software
Data Collection
IntroducciónLos datos no analizados son datos que han sido sometidos a una carrera de
multicomposición (corrección por la superposición espectral) pero en los que no se ha
aplicado una corrección por la movilidad. Hay dos formatos para ver los datos no
analizados en el software 3100 Data Collection:
♦En la página Array View (Vista de conjunto), de manera muy similar a como vería
la salida del archivo de gel de un instrumento de gel ABI PRISM®
♦En la página Capillary View (Vista de capilares), capilar por capilar
IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante una
carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto podría causar
problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta la ventana Status View
(Vista de estado).
Visualización de
datos no analizados Para ver datos no analizados de una carrera completada:
Paso Acción
1En el software 3100 Data Collection, haga clic en la ficha Array View para mostrar la
página Array View.
2En el menú Instrument (Instrumento), señale Data Acquisition (Adquisición de
datos) y seleccione Display Run Data (Mostrar datos de la carrera).
Se abrirá el cuadro de diálogo Select the run to display (Seleccionar la carrera a
mostrar).
3En la lista desplegable, seleccione la carrera que desea mostrar y haga clic en OK
(Aceptar)
Nota Puede ver cualquiera de las carreras completadas de la base de datos del
instrumento.
Nota La recuperación de los datos puede tardar unos momentos.
Visualización y análisis de los datos 3-3
4Utilice las características de desplazamiento de la página Array View para ver los
datos.
IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante
una carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto
podría causar problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta
la ventana Status View.
Para ver datos no analizados de una carrera completada: (continuación)
Paso Acción
Pantalla Capillary/Color
Data (Datos de
capilares/color)
Pantalla de electroferograma
no analizado para el capilar
seleccionado
Capilar
seleccionado para
su visualización e
n
la gráfica central
Utilice este
cuadro de
desplazamiento
para ver los datos
bloque por bloque
3-4 Visualización y análisis de los datos
5De forma alternativa, para ver los datos del electroferograma de varios capilares al
mismo tiempo, haga clic en la ficha Capillary View para mostrar la página Capillary
View.
IMPORTANTE Salga siempre de las ventanas Array View y Capillary View. Durante
una carrera, no deje estas páginas abiertas durante períodos prolongados. Esto
podría causar problemas de actualización de pantalla irrecuperables. Deje abierta
la ventana Status View.
Para ver datos no analizados de una carrera completada: (continuación)
Paso Acción
Seleccione las
casillas de
verificación de
los capilares que
desea visualizar
Visualización y análisis de los datos 3-5
Visualización de datos analizados
IntroducciónUna vez extraído una carrera a archivos de muestra, puede utilizar el software de
análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM® para ver los datos del
electroferograma, tanto no analizados como analizados.
Si desea información acerca de la visualización y el análisis de los datos de análisis
de secuenciación, consulte el Manual del usuario del software de análisis de
secuenciación de ADN ABI PRISM (n.º ref. 4308924).
Localización de los
archivos de muestra Una vez terminada una carrera, los archivos de muestra analizados se extraen a una
carpeta de carrera, junto con un registro de carrera, en el siguiente directorio:
D:\AppliedBio\3100\DataExtractor\ExtractedRuns
A continuación se presenta un ejemplo de la carpeta de carrera y de su contenido.
Nombre
predeterminado de
la carpeta de carrera
El nombre predeterminado de la carpeta de carrera es:
Carrera_<nombre del instrumento>_<fecha>_<identificador de carrera>.
A continuación se presenta un ejemplo de nombre de carpeta de carrera.
Nombre del
instrumento Año-mes-día
Número de carrera del día
3-6 Visualización y análisis de los datos
Visualización de
datos de archivos
de muestras
Para ver datos de archivos de muestras:
Paso Acción
1Inicie el software de análisis de secuenciación.
Es posible que haya un icono del programa en el menú Inicio. En caso contrario,
puede encontrar el programa de análisis de secuenciación (SeqA.exe) en el
siguiente directorio:
D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin
Puede que le resulte útil maximizar la ventana Sample Manager (Administrador de
muestras). Utilice el botón Maximize (Maximizar) ( ) situado en la esquina
superior derecha de la ventana.
2En el menú Sample Manager, haga clic en Add files (Añadir archivos) para abrir el
cuadro de diálogo Add Sample Files (Añadir archivos de muestras).
Visualización y análisis de los datos 3-7
3Seleccione los archivos que desea añadir a la ventana Sample Manager.
a. En el panel superior, localice y abra la carpeta que contiene los archivos que
desea añadir.
b. Haga doble clic en los nombres de los archivos para añadirlos al cuadro de texto
File name (Nombre de archivo).
c. Utilice los botones Add All (Añadir todos), Remove (Quitar) o Remove All (Quitar
todos) según proceda para listar todos los archivos que desee en el cuadro de
lista File Name. Estos archivos se añadirán a la ventana Sample Manager.
4Cuando todos los archivos que desee estén en la lista File Name, haga clic en el
botón Finish (Terminar) para cerrar el cuadro de diálogo Add Sample Files.
Los archivos de muestras se añadirán a la ventana Sample Manager.
Nota En la ventana Sample Manager sólo se verán los 20 primeros caracteres del
nombre de los archivos de muestras.
Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)
Paso Acción
Busque los nombres de
los archivos en este
panel de directorio y
haga clic en Add
(Añadir) para añadirlos
al cuadro de texto File
name.
Panel File Name
Cuadro de texto File
name
3-8 Visualización y análisis de los datos
5Haga doble clic en el nombre de un archivo de muestras para abrirlo y ver su
contenido.
(De forma alternativa, puede abrir varios archivos de muestras al mismo tiempo
resaltándolos en la ventana Sample Manager y haciendo clic en el botón Open
Files.)
Si el archivo de muestras ha sido analizado, se abrirá mostrando la vista de
electroferograma.
Si el archivo de muestras no ha sido analizado, se abrirá mostrando la vista de
datos no analizados. Si desea información acerca de cómo analizar datos, consulte
“Análisis o repetición del análisis de los datos” en la página 3-11.
Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)
Paso Acción
Visualización y análisis de los datos 3-9
6Utilice los botones situados en la parte inferior izquierda de la ventana para
cambiar la vista.
7En las vistas de electroferograma, datos no analizados o EPT, utilice los comandos
del menú Window (Ventana) para ampliar o reducir la imagen.
Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)
Paso Acción
21 3 4 5 6
BotónNombre de la
vista Descripción
1Annotation
(Anotación) Información de resumen de la muestra y la
carrera.
2Sequence
(Secuencia) El texto de la secuencia de nucleótidos (bases).
3Feature
(Característica) Características añadidas por el procesamiento
Factura™.
4Electropherogram
(Electroferograma) Datos de color analizados en los que los picos
representan bases. (Esta vista no está
disponible si los datos no han sido analizados.)
5Raw Data (Datos
no analizados) Con aplicación de multicomposición, pero sin
corrección basal ni de movilidad. (Ésta es la
vista predeterminada si el archivo de muestras
no ha sido analizado.)
6EPT Gráficas del voltaje, la temperatura, la corriente
y la potencia de la carrera. (Esta área puede
estar en blanco si no se dispone de datos EPT.)
3-10 Visualización y análisis de los datos
8Para imprimir el archivo de muestras:
a. En el menú File, elija Print (Imprimir) para abrir el cuadro de diálogo Printing
options (Opciones de impresión).
b. Marque las vistas que desee imprimir.
c. Haga clic en OK.
De forma alternativa, puede imprimir varios archivos de muestras al mismo tiempo
marcando la casilla de impresión de los archivos de muestras que desea imprimir y
haciendo clic en el botón Start (Comenzar).
Para ver datos de archivos de muestras: (continuación)
Paso Acción
Visualización y análisis de los datos 3-11
Análisis o repetición del análisis de los datos
IntroducciónCuándo analizar los datos con el software de análisis de secuenciación
El archivo de muestras no contendrá datos analizados si:
♦No ha especificado un módulo de análisis al configurar el registro de placa.
(Consulte el paso 6 en la página 2-18.)
♦No está marcada la casilla AutoAnalysis On (Análisis automático activado) en el
cuadro de diálogo Preferences (Preferencias). (Consulte la page 2-6.)
Si el archivo de muestras no contiene datos analizados, tendrá que analizar el archivo
tal y como se describe en el procedimiento anterior.
Cuándo repetir el análisis de los datos con el software de análisis de secuenciación
Los parámetros de análisis utilizados por el Analizador automático están determina-
dos por los archivos de módulo de análisis de secuenciación. (Estos archivos de
módulo tienen la extensión .saz.)
Repita el análisis de los archivos de muestras con el software de análisis de secuen-
ciación si:
♦Ha elegido el archivo de módulo de análisis incorrecto al configurar el registro de
placa. (Consulte el paso 6 en la página 2-18.)
♦Desea ver el efecto del cambio de los parámetros de análisis sobre los datos.
Análisis o repetición
del análisis
de archivos de
muestras
Para analizar o repetir el análisis de archivos de muestras:
Paso Acción
1Añada los archivos que desea analizar a la ventana Sample Manager.
Nota Consulte los pasos 1–4 en las páginas 3-6 a 3-7 si desea instrucciones
acerca de cómo añadir archivos a la ventana Sample Manager.
2Marque la casilla A para todos los archivos de muestras que desee analizar.
Nota Pulse CTRL+D, el comando Fill Down (Rellenar hacia abajo), para
completar una columna para todos los archivos de muestras.
3Si desea aplicar el procesamiento Factura al archivo de muestras, marque la casilla
F y seleccione un archivo apropiado de la lista Factura Settings File (Archivo de
configuración de Factura).
Si desea más información acerca del procesamiento Factura, consulte el Manual
del usuario del software de análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM.
3-12 Visualización y análisis de los datos
Configuración del
análisis en la ventana
Sample Manager
4Marque la casilla P sólo si desea que se imprima cada archivo de muestras justo
después del análisis. (No se recomienda.)
Si marca la casilla P, deberá asegurarse de que las preferencias de impresión estén
correctamente configuradas. Para ver las preferencias de impresión, en el menú
Edit (Edición), señale Preferences y seleccione Printing Preferences (Preferencias
de impresión).
5Revise la configuración en la ventana Sample Manager. Consulte la tabla
“Configuración del análisis” mostrada más abajo si desea más información.
6Compruebe que el archivo DyeSet/Primer (Conjunto de fluorocromos/cebador) sea
apropiado para su producto químico de secuenciación.
El archivo DyeSet/Primer es el mismo que el archivo de movilidad que seleccionó
en el paso 3 en la página 2-16.
7Haga clic en el botón Start.
8Revise los datos analizados. En caso necesario, cambie los parámetros de análisis
y repita el análisis.
Para analizar o repetir el análisis de archivos de muestras: (continuación)
Paso Acción
Configuración del análisis
Elemento Descripción
Asignador de bases Hay dos opciones de asignador de bases (basecaller):
♦Basecaller-3100.bcp (secuenciación estándar, rango de
espaciado predeterminado 10–15)
♦Basecaller-3100RRv2.bcp (secuenciación de lectura rápida,
rango de espaciado predeterminado 15–22)
Spacing (Espaciado) El espaciado debe coincidir con el espaciado del asignador de
bases utilizado. Los valores de espaciado suelen calcularse
automáticamente, pero puede sobrescribir los valores escribiendo
un nuevo valor en el cuadro Spacing.
Basecaller Settings
(Configuración del
asignador de bases)
El parámetro Basecaller Settings puede utilizarse para detener el
análisis antes de que se llegue al Stop Point (Punto de parada)
definido en la ventana Sample Manager. Para utilizar la
configuración del asignador de bases, abra la página Basecaller
Settings Preference (Preferencias de configuración del asignador
de bases) señalando Preferences en el menú Edit y
seleccionando Basecaller Settings. (De forma predeterminada, no
se aplica ningún punto final.)
Peak 1 Location
(Localización del pico 1) Es el dato puntual que marca el primer pico de base de los datos.
Si desea más información acerca de la determinación del valor
Peak 1 Location óptimo, consulte el Manual del usuario del
software de análisis de secuenciación de ADN ABI PRISM.
Start Point (Punto de
inicio) Es el número de barrido en el que comienza el análisis del
asignador de bases. De manera predeterminada, es igual que el
valor Peak 1 Location, pero puede introducir un número mayor.
Visualización y análisis de los datos 3-13
Stop Point Es el número de barrido en el que se detiene el análisis del
asignador de bases. De manera predeterminada, es el último
punto del archivo de muestras, pero puede introducir un número
más pequeño si lo desea.
DyeSet/Primer File
(Archivo de conjunto de
fluorocromos/cebador)
Es el archivo de movilidad utilizado durante el análisis de los
datos.
Factura Settings File
(Archivo de
configuración de
Factura)
Este archivo contiene los parámetros del procesamiento Factura.
Configuración del análisis (continuación)
Elemento Descripción
4-2 Calibraciones espacial y espectral
Realización de una calibración espacial
Cuándo realizar una
calibración espacial Debe realizarse una calibración espacial después de cada vez que:
♦Instale o sustituya un conjunto de capilares (array)
♦Extraiga temporalmente el conjunto de capilares del bloque de detección
Realización de una
calibración espacial Para realizar una calibración espacial:
Paso Acción
1En el menú Tools (Herramientas), seleccione Perform Spatial Calibration (Realizar
calibración espacial).
Aparecerá el siguiente cuadro de diálogo:
2Seleccione la casilla de verificación Fill capillaries (Llenar capilares) si:
♦Los capilares no tienen polímero (es decir, se trata de un conjunto de capilares
nuevo), o bien
♦El polímero de los capilares se ha utilizado en una carrera
Note No es necesario que llene los capilares cada vez que realice una
calibración espacial.
3Haga clic en Start (Comenzar). La calibración tarda aproximadamente:
♦2 min si no se llenan los capilares
♦8,5 min si se llenan los capilares
Calibraciones espacial y espectral 4-3
4 Si la calibración... Haga lo siguiente...
es satisfactoria Aparecerá el siguiente cuadro de diálogo:
a. Haga clic en Details (Detalles) para ver la ventana
Spatial Calibration Profile (Perfil de calibración
espacial).
b. Continúe con “Cómo ver los resultados satisfactorios
y guardar los datos” más adelante.
ha fallado Aparecerá un cuadro de mensaje de error con
información acerca de la causa del fallo.
a. Haga clic en Details para ver la ventana Spatial
Calibration Profile.
b. Realice una de las acciones siguientes:
–Haga clic en Cancel (Cancelar) y, a continuación,
haga clic en Start para repetir la calibración.
–Tome medidas correctoras tal y como se describe
en la página 4-5.
Para realizar una calibración espacial: (continuación)
Paso Acción
4-4 Calibraciones espacial y espectral
Cómo ver los
resultados
satisfactorios y
guardar los datos
Para ver los resultados de la calibración espacial y guardar los datos:
Paso Acción
1Evalúe el perfil de calibración espacial.
Nota Si desea información acerca de la evaluación del perfil, consulte el Manual
del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315834).
Cuando haya terminado, haga clic en OK (Aceptar) para cerrar el cuadro Spatial
Calibration Profile.
2
3Haga clic en OK para cerrar el cuadro Perform Spatial Calibration.
Se abrirá el cuadro de diálogo Question (Pregunta).
Si el perfil de
calibración espacial... Haga lo siguiente...
es satisfactorio Continúe con el paso 3.
no es satisfactorio a. Haga clic en Cancel para cerrar el cuadro Details
y, a continuación, haga clic en Start para repetir
la calibración, o bien
b. Cambie de posición una o más cruces rojas.
Para mover una cruz, cambie el valor del cuadro
Capillary Position (Posición del capilar) y, a
continuación, haga clic fuera del cuadro.
Si la calibración continúa proporcionando
resultados insatisfactorios, consulte “Si falla la
calibración” en la página 4-5.
Calibraciones espacial y espectral 4-5
Si falla la calibraciónSi la calibración ha fallado o no le gusta el aspecto del perfil de calibración
satisfactorio, pruebe una o más de las siguientes medidas correctoras.
♦Repita la calibración.
♦Llene los capilares con polímero y repita la calibración.
♦Limpie la ventana del conjunto y repita la calibración.
♦Vuelva a colocar la ventana del conjunto en la célula de detección y repita la
calibración.
4
Para ver los resultados de la calibración espacial y guardar los datos: (continuación)
Paso Acción
Para... Haga lo siguiente...
guardar estos datos de calibración
en la base de datos del software
3100 Data Collection
Haga clic en Yes (Sí).
borrar estos datos y utilizar datos
de un proceso previo a. Haga clic en No.
b. Ignore el mapa de calibración
espacial actual. Consulte el Manual
del usuario del Analizador genético
ABI PRISM 3100.
4-6 Calibraciones espacial y espectral
Realización de una calibración espectral
IntroducciónLa realización de una calibración espectral puede dividirse en tres tareas principales:
♦Configuración de los patrones
♦Inicio de la calibración espectral
♦Comprobación de la calibración espectral
Nota Esta sección describe la calibración espectral para el conjunto de fluorocromos E
utilizando el Matrix Standard Set DS-01. Si desea información acerca de la realización de la
calibración espectral para otro conjunto de fluorocromos, consulte el Manual del usuario del
Analizador genético ABI PRISM 3100.
Se realiza una calibración espectral para crear una matriz para corregir la superposi-
ción de espectros de emisión fluorescente de los fluorocromos. La aplicación de esta
matriz a los datos no analizados recibe el nombre de multicomposición. Si desea una
explicación más detallada de la calibración espectral, consulte el Manual del usuario
del Analizador genético ABI PRISM 3100.
Cuándo realizar una
calibración espectral Debe realizarse una calibración espectral:
♦Siempre que se utilice un nuevo conjunto de fluorocromos en el instrumento
♦Después de que el láser o la cámara CCD haya sido realineado por un ingeniero
de servicio
♦Si comienza a observar una disminución de la separación espectral (picos hacia
arriba por debajo del pico real (pull-ups), picos hacia abajo respecto a la línea
basal (pull-downs) o ambos)
Calibraciones espacial y espectral 4-7
Preparación del
patrón de matriz
para las matrices del
Conjunto de
fluorocromos E
Para preparar los patrones de matriz para las matrices del Conjunto de
fluorocromos E:
Paso Acción
1Descongele y mezcle a conciencia el tubo de patrón de matriz DS-01
(n.ºref. 4315974).
2Gire los tubos brevemente en una microcentrifugadora.
3Prepare el Matrix Standard Set DS-01 para el Conjunto de fluorocromos E
combinando los siguientes elementos en un tubo de microcentrifugación de 1,5-ml
etiquetado:
PELIGRO QUÍMICO. La formamida es peligrosa si se
absorbe a través de la piel y puede causar irritación de los ojos, la piel y las vías
respiratorias. Puede causar lesiones en el sistema nervioso central y en los
aparatos reproductores masculino y femenino, y es un posible peligro de defectos
del nacimiento. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las
instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta
protectora y guantes apropiados.
4Agite intensamente.
5Haga girar la mezcla brevemente en una microcentrifugadora.
6Caliente el tubo patrón a 95 °C durante 3–5 min para desnaturalizar el ADN.
7Coloque inmediatamente los tubos en hielo durante 2 min.
Reactivo Volumen (µl)
Matrix Standard Set DS-01 (dROX, dTAMRA, dR6G,
dR110) 5
Formamida Hi-DiTM (n.º ref. 4311320) 195
Volumen final 200
ADVERTENCIA
!
4-8 Calibraciones espacial y espectral
Carga de los
patrones Para cargar los patrones:
Paso Acción
1Dispense 10 µl del patrón de matriz desnaturalizado en:
♦una placa de 96 pocillos, en los pocillos A1 a H2, tal y como se muestra
♦una placa de 384 pocillos, en los pocillos A1, A3, C1, C3, E1, E3, etc., tal y
como se muestra
2Centrifugue la placa de manera que cada patrón se deposite en el fondo de su
pocillo. Las muestras deben:
Tener este aspecto... No tener este
aspecto... No tener este
aspecto...
La muestra está
depositada
correctamente en el
fondo del pocillo.
La muestra está situada
en la pared lateral
debido a que no se ha
centrifugado la placa.
Hay una burbuja de aire
en el fondo del pocillo
debido a que la placa:
♦No se ha
centrifugado con
suficiente fuerza, o
bien
♦No se ha
centrifugado durante
el tiempo suficiente
Calibraciones espacial y espectral 4-9
Preparación de la
placa y del
instrumento
Siga las instrucciones de las páginas 2-8 a 2-13 para:
♦Ensamblar las placas.
♦Comprobar y rellenar los líquidos del instrumento.
♦Colocar la placa en el muestreador automático.
Creación de un
registro de placa Para crear un registro de placa para los patrones de matriz desnaturalizados:
Paso Acción
1En la página Plate View (Vista de placa) del software 3100 Data Collection, haga clic
en New (Nuevo).
Se abrirá el cuadro de diálogo Plate Editor (Editor de placas).
2En el cuadro de diálogo Plate Editor:
a. Asigne un nombre a la placa (Plate name).
b. Seleccione Spectral Calibration (Calibración espectral).
c. Cerciórese de que esté seleccionado el tamaño de placa apropiado.
d. Haga clic en Finish (Terminar).
Se abrirá la hoja de cálculo Plate Editor.
4-10 Calibraciones espacial y espectral
3Complete la hoja de cálculo Plate Editor para los pocillos que haya cargado:
a. Introduzca un nombre para las muestras.
b. Seleccione Dye Set E (Conjunto de fluorocromos E).
c. Seleccione el módulo de carrera dependiendo del tamaño del conjunto de
capilares:
–36 cm: Spect36_POP6DefaultModule
–50 cm: Spect50_POP6DefaultModule
d. Seleccione el parámetro espectral MtxStd{Sequencing-SetE}.par.
e. Haga clic en OK.
IMPORTANTE Cerciórese de que se haya seleccionado el archivo de parámetros
espectrales correcto para el tipo de fluorocromos que se están procesando. Si
selecciona el archivo de parámetros incorrecto, fallará la calibración espectral.
Se crea en la base de datos un registro de placa para la carrera de calibración.
Después de unos segundos, la entrada del registro de placa aparecerá en la tabla
Pending Plate Records (Registros de placa pendientes) de la página Plate Setup
(Configuración de la placa).
Para crear un registro de placa para los patrones de matriz desnaturalizados: (continuación)
Paso Acción
Calibraciones espacial y espectral 4-11
Vinculación
de la placa
Inicio de la
calibración
Para vincular a la placa el registro de placa:
Paso Acción
1En la tabla Pending Plate Records, seleccione el registro de placa que acaba de crear.
2Haga clic en el gráfico de placa correspondiente a la placa del muestreador
automático.
Nota Cuando una placa está vinculada:
–El gráfico de la placa cambia de color amarillo a verde.
–El registro de placa es transferido de la tabla Pending Plate Records a la tabla
Linked Plate Records (Registros de placa vinculados). (Esto puede tardar un
máximo de 30 segundos.)
–El botón Run Instrument (Procesar) de la barra de herramientas está activado,
lo que significa que el instrumento está listo para procesar.
Para iniciar la calibración:
Paso Acción
1Para revisar el programa de carreras antes de comenzar la carrera, haga clic en la
ficha Run View (Vista de carreras).
2Haga clic en el botón Run Instrument de la barra de herramientas para comenzar la
carrera.
4-12 Calibraciones espacial y espectral
Tiempos de carrera La siguiente tabla presenta una lista de los tiempos de carrera de calibración espectral:
Cuadro Spectral
Calibration Result
(Resultado de la
calibración
espectral)
Al final de la carrera, mientras se analizan los datos, se abre el cuadro Spectral
Calibration Result para indicar qué capilares han proporcionado un resultado
satisfactorio y qué capilares han proporcionado un resultado insatisfactorio.
IMPORTANTE Revise y evalúe el perfil de calibración espectral para cada capilar, aunque el
cuadro Spectral Calibration Results indique que todos son satisfactorios. Consulte el Manual
del usuario del Analizador genético ABI PRISM 3100.
Si un capilar no
es satisfactorio Si un capilar no es satisfactorio, se le asignará automáticamente el perfil espectral del
capilar satisfactorio más próximo a la izquierda. Si no hay capilares satisfactorios a la
izquierda, se le asignará el perfil del capilar satisfactorio más próximo a la derecha.
Estos capilares se marcan en amarillo en lugar de en verde en la ventana Array View
(Vista de matriz) (p. ej., página 3-3).
IMPORTANTE Para las aplicaciones en las que los picos superiores e inferiores causarán
errores críticos, recomendamos repetir la calibración espectral y utilizar un espectro único para
cada capilar.
Longitud del conjunto de
capilares (cm) Tiempo de carrera
aproximado (min)
36 40
50 65
Para aceptar la carrera de calibración completada:
Paso Acción
1En el cuadro Spectral Calibration Result, haga clic en OK.
Capilar satisfactorio (.)
Capilar insatisfactorio (X)
Calibraciones espacial y espectral 4-13
Examen de un perfil
de calibración
espectral para el
conjunto de
fluorocromos E
Después de completar una calibración espectral, es aconsejable comprobar la calidad
de los datos espectrales de cada capilar.
Para mostrar un perfil de calibración espectral actual guardado para un conjunto de
fluorocromos:
Paso Acción
1En el menú Tools, seleccione Display Spectral Calibration (Mostrar calibración
espectral).
Se abrirá el cuadro de diálogo Question.
2Haga clic en Dye set (Conjunto de fluorocromos).
Se abrirá el cuadro de diálogo Select the source to display (Seleccionar la fuente a
mostrar).
Lista
desplegable de
conjuntos de
fluorocromos
4-14 Calibraciones espacial y espectral
3Seleccione el conjunto de fluorocromos E y haga clic en OK.
Se abrirá el cuadro Matrices for dye set E (Matrices para el conjunto de
fluorocromos E).
4Utilice los botones de flecha o el control deslizante para revisar los datos de cada
capilar.
Para una calibración de buena calidad, la calibración de cada capilar debe tener:
♦Un valor Q superior a 0,95
♦Un número de condición entre 3 y 5
5Haga clic en Cancel para cerrar el cuadro.
Nota El software anulará automáticamente los capilares insatisfactorios. Sin
embargo, si no está satisfecho con un perfil concreto, puede anularlo por un perfil
de su elección. Si desea más información, consulte el Manual del usuario del
Analizador genético ABI PRISM 3100.
Para mostrar un perfil de calibración espectral actual guardado para un conjunto de
fluorocromos: (continuación)
Paso Acción
Mantenimiento del instrumento 5-1
Mantenimiento del
instrumento 5
Generalidades
En este capítulo Este capítulo contiene información acerca de las tareas que debe realizar para el
mantenimiento de su Analizador genético ABI PRISM® 3100.
Apartado V. pág.
Listas de tareas de mantenimiento 5-2
Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero 5-4
Comprobación del espacio disponible 5-5
Limpieza e inspección de las jeringas 5-7
Extracción de los bloques de polímero 5-9
Limpieza de los bloques de polímero 5-10
Colocación de polímero fresco en el instrumento 5-11
Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente 5-12
Instalación y extracción del conjunto de capilares 5-13
Almacenamiento de un conjunto de capilares 5-15
Apagado del instrumento 5-16
5
5-2 Mantenimiento del instrumento
Listas de tareas de mantenimiento
Generalidades Esta sección presenta listas de las tareas necesarias para el mantenimiento de su
Analizador genético 3100 en buenas condiciones de funcionamiento. Las listas están
divididas en función de la frecuencia con la que debe realizar cada tarea.
Tareas diarias Realice estas tareas al menos una vez al día.
Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...
Cerciorarse de que las tapas tipo septa del reservorio
estén firmemente encajadas y planas. Antes de cada
carrera —
Cerciorarse de que el juego de placas se ensambló
correctamente.
IMPORTANTE Los agujeros del retenedor de la placa
deben alinearse con los agujeros de las tapas tipo septa
para evitar que se dañen los extremos de los capilares.
Antes de cada
carrera página 2-8
Cerciorarse de que el juego de placas esté colocado
correctamente en la platina de placas. Las placas deben
estar ajustadas perfectamente en la platina.
IMPORTANTE No utilice nunca placas deformadas.
Antes de cada
carrera —
Rellenar los reservorios de agua y de tampón de
procesamiento 1X 3100 del instrumento. Diariamente o
antes de cada
carrera
página 2-10
Verificar si hay burbujas en el bloque de polímero y en
los canales del bloque de polímero y, en caso afirmativo,
eliminarlas.
Diariamente o
antes de cada
carrera
página 5-4
Comprobar la cabecera del extremo de carga para
cerciorarse de que no se dañen ni aplasten los extremos
de los capilares.
Diariamente o
antes de cada
carrera
—
Comprobar el nivel de polímero de la jeringa de reserva
de polímero para cerciorarse de que haya al menos 1 ml. Diariamente o
antes de cada
carrera
—
Comprobar el bloque de polímero para cerciorarse de
que encaje perfectamente en el instrumento. Diariamente —
Limpiar las superficies del instrumento. Diariamente —
Comprobar que no haya polímero desecado alrededor
del bloque de polímero y limpiarlo en caso necesario. Diariamente —
Comprobar la existencia de fugas alrededor de las
jeringas y de la tuerca. Diariamente —
Comprobar el espacio del disco duro. Borrar los registros
de placa de la base de datos del instrumento y guardar
los archivos de muestra.
Diariamente página 5-5
Mantenimiento del instrumento 5-3
Tareas semanales
Tareas según
necesidad
Realice estas tareas al menos una vez a la semana.
Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...
Limpiar las jeringas. Semanalmente
o según
necesidad
página 5-7
Limpiar los reservorios de agua y de tampón con agua
templada. Semanalmente —
Limpiar los bloques de polímero superior e inferior. Semanalmente página 5-10
Sustituir el polímero de las jeringas, del bloque superior
de polímero y del conjunto de capilares (array). Semanalmente
o según
necesidad
página 5-11
Comprobar las condiciones de almacenamiento de las
matrices utilizadas. Semanalmente —
Realice estas tareas cuando sea necesario.
Tarea de mantenimiento Frecuencia Véase...
Limpiar las bandejas de goteo. Según
necesidad -—
Cambiar el conjunto. Según
necesidad página 5-13
Retirar el polímero que pueda haber en los extremos de
los capilares. Utilice un paño sin pelusa humedecido en
agua desionizada.
Según
necesidad —
Calibrar el muestreador automático. Raras veces Manual del
usuario
5-4 Mantenimiento del instrumento
Eliminación de las burbujas de aire del bloque superior de polímero
Eliminación de
burbujas de aire Para obtener información acerca del asistente Change Polymer Wizard (Asistente de
cambio de polímero), consulte el Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM.
Para eliminar las burbujas de aire del bloque superior de polímero por medio del asis-
tente Change Polymer Wizard (Asistente de cambio de polímero):
Paso Acción
1Presione hacia abajo la jeringa de reserva de polímero para hacer avanzar las
burbujas hasta la parte inferior derecha del bloque. Presione lentamente (o dé
ligeros golpecitos) para reducir al mínimo la cantidad de polímero utilizada.
2Presione hacia abajo lentamente la jeringa de llenado del conjunto para hacer descender
las burbujas por el canal. Las burbujas se acumularán en la unión de los canales.
3a. Mantenga presionada la válvula del tampón anódico y presione hacia abajo al mismo
tiempo la jeringa de llenado del conjunto para generar presión en los canales.
b. Suelte la válvula del tampón (mientras sigue presionando la jeringa de llenado
del conjunto) para expulsar las burbujas al tubo del bloque de polímero.
4Repita el paso 3 según sea necesario.
Tubo del bloque de polímero
Las burbujas se
acumulan aquí
Mantenimiento del instrumento 5-5
Comprobación del espacio disponible
IntroducciónCompruebe todas las semanas el espacio disponible para cerciorarse de que haya
espacio suficiente para guardar los datos que se generarán.
Los procedimientos descritos a continuación le indican cómo comprobar el espacio
disponible:
♦En el disco duro (generalmente D) para los archivos de muestras extraídos
♦En la base de datos del instrumento (generalmente en la unidad E) para los datos
no analizados
Comprobación
del espacio del
disco duro
Para comprobar el espacio disponible en el disco duro para archivos de muestras:
Paso Acción
1Haga doble clic en el icono Mi PC del escritorio para ver las unidades de disco.
2Haga clic con el botón derecho en la unidad D y seleccione Propiedades.
Se abrirá el cuadro de diálogo Propiedades, que mostrará el espacio utilizado y
libre.
5-6 Mantenimiento del instrumento
Comprobación del
espacio de la
base de datos
Nota La base de datos del instrumento se expande automáticamente de 2 a 9 GB,
dependiendo de la cantidad de datos que se necesita guardar.
3Calcule cuánto espacio libre necesitará utilizando la información mostrada a
continuación.
4Si no hay espacio suficiente:
a. Guarde los archivos de muestras en otro volumen.
b. Borre los archivos originales de la unidad.
Para comprobar el espacio disponible en el disco duro para archivos de
muestras: (continuación)
Paso Acción
Tipo de archivo Espacio aproximado
necesario por archivo (kB)a
a. Los valores proporcionados son únicamente estimaciones. El tamaño real del archivo
depende del módulo de carrera seleccionado.
Archivo de muestras analizado para el análisis
de secuenciación de ADN 250
Archivo de muestras no analizado 100
Para comprobar el espacio de la base de datos:
Paso Acción
1Ejecute la utilidad DriveSpace.
Consulte las instrucciones en el Manual del usuario del Analizador genético
ABI PRISM 3100 (n.º ref. 4315834).
2Si el espacio utilizado es superior a 8 GB, borre algunos o todos los registros de
placa guardados.
Consulte las instrucciones en el Manual del usuario del Analizador genético
ABI PRISM 3100.
Mantenimiento del instrumento 5-7
Limpieza e inspección de las jeringas
Cuándo limpiar
las jeringas Limpie minuciosamente las jeringas:
♦Siempre que las extraiga del instrumento, o al menos una vez a la semana
♦Cada vez que sustituya el polímero, incluido cuando cambie a un nuevo tipo o lote
de polímero
s
Extracción de
las jeringas
Limpieza de
las jeringas
Para extraer las jeringas del instrumento:
Paso Acción
1Sujete la jeringa de reserva de polímero justo por encima del adaptador o en la
base y gire la jeringa en sentido antihorario.
IMPORTANTE Tenga cuidado de no extraer el adaptador. Hay varias arandelas y
válvulas de comprobación que podrían salirse si se extrae este adaptador.
2Sujete la jeringa de llenado del conjunto y gire la jeringa en sentido antihorario.
3Deseche de manera apropiada cualquier resto de polímero.
4Continúe con “Limpieza de las jeringas” más adelante.
No afloje este adaptador
mientras extrae la jeringa
Para limpiar una jeringa:
Paso Acción
1Limpie la jeringa minuciosamente lavando las superficies interna y externa del
cilindro y la punta de la jeringa con agua templada.
Para obtener más información acerca de cómo limpiar las jeringas, consulte el
Manual del usuario del Analizador genético ABI PRISM.
No utilice agua caliente. El agua caliente puede deformar el
teflón de la punta de la jeringa.
IMPORTANTE Cerciórese de que no quede polímero desecado en las jeringas.
2Aclare el cilindro de la jeringa y la punta con agua desionizada.
3Seque la jeringa con aire comprimido.
4Vuelva a montar la jeringa e inspecciónela tal y como se describe en la página 5-8.
PRECAUCI
Ó
N
!
5-8 Mantenimiento del instrumento
Inspección de
una jeringa IMPORTANTE Después limpiar una jeringa, compruebe siempre que no falten juntas tóricas
para evitar fugas durante la carrera.
Para inspeccionar la jeringa:
Paso Acción
1Inspeccione la jeringa y compruebe que haya dos juntas tóricas (n.º ref. 221102):
una detrás del casquillo y otra alrededor del casquillo.
2Compruebe que el casquillo esté firmemente fijado en el extremo de la jeringa.
Juntas tóricas
Mantenimiento del instrumento 5-9
Extracción de los bloques de polímero
Extracción del
bloque superior
de polímero
Extracción del
bloque inferior
de polímero
Para extraer el bloque superior de polímero:
Paso Acción
1Extraiga las jeringas tal y como se describe en la página 5-7.
2Desconecte el conjunto de capilares del bloque de polímero:
a. Pulse el botón Tray (Bandeja).
b. Abra las puertas del instrumento, del horno y del bloque de detección.
c. Afloje la tuerca del conjunto de capilares.
d. Extraiga parcialmente el bloque de polímero.
e. Extraiga la célula de detección del bloque de detección.
f. Extraiga el manguito del conjunto de capilares del bloque de polímero.
g. Si va a utilizarse de nuevo el conjunto de capilares, guárdelo tal y como se
describe en la página 5-15.
3Desconecte el bloque inferior de polímero desatornillando el adaptador del tubo del
bloque de polímero en el lado inferior derecho del bloque superior de polímero.
4Sujete el bloque superior de polímero con las dos manos y tire de él en línea recta.
5El bloque superior de polímero va montado sobre dos ejes de acero y sale
deslizándose fácilmente una vez superado un punto de control.
Para extraer el bloque inferior de polímero:
Paso Acción
1Extraiga el reservorio anódico y deseche de manera apropiada el tampón.
2Sujete el bloque inferior de polímero y tire de él en línea recta.
3Desconecte el adaptador del tubo del bloque de polímero.
5-10 Mantenimiento del instrumento
Limpieza de los bloques de polímero
Cuándo limpiar los
bloques de polímero Limpie los bloques de polímero superior e inferior:
♦Antes de sustituir el polímero del instrumento.
♦Cuando el polímero haya estado en el instrumento más de una semana.
Nota Un polímero de más de una semana puede causar un aumento transitorio de la
corriente durante la electroforesis debido a la descomposición de la urea.
Limpieza de los
bloques de polímero IMPORTANTE No exponga los bloques de polímero a disolventes orgánicos.
Limpieza del
reservorio anódico
y de los tubos del
polímero
Para lavar los bloques de polímero superior e inferior:
Paso Acción
1Extraiga los bloques de polímero del instrumento tal y como se describe en la
página 5-9.
2Utilice agua corriente o un frasco de chorro para aclarar minuciosamente el bloque
superior de polímero con agua templada.
3Inspeccione visualmente los canales en busca de residuos blancos (polímero
desecado). Continúe lavando los canales hasta que se hayan eliminado los
residuos.
4Aclare el bloque y los canales con agua desionizada.
5Elimine el agua residual del bloque de polímero y de los adaptadores para
asegurarse de que el polímero de procesamiento no esté diluido. Fuerce el paso de
aire a través de los canales utilizando aire comprimido en cartucho hasta que los
canales estén secos.
Para lavar el reservorio anódico y los tubos del polímero:
Paso Acción
1Utilice un frasco de chorro para lavar a chorro con agua desionizada los tubos del
bloque de polímero.
2Lave el reservorio anódico con agua templada y, a continuación, aclárelo con agua
desionizada.
3Seque ambos componentes con aire comprimido.
Mantenimiento del instrumento 5-11
Colocación de polímero fresco en el instrumento
Cuándo cambiar el
polímero Le recomendamos cambiar el polímero semanalmente. El polímero está en buenas
condiciones a 25 °C durante unos 7 días.
Adición o cambio
del polímero PELIGRO QUÍMICO. El polímero POP puede causar irritación de los ojos,
la piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las
instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y
guantes apropiados. Uso exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.
Para colocar polímero fresco en el instrumento:
Paso Acción
1En el menú Tools (Herramientas), seleccione Change Polymer Wizard.
2Se abrirá un mensaje de advertencia.
Si la longitud del conjunto presente en el instrumento es igual a la longitud indicada
en el mensaje de advertencia, haga clic en OK (Aceptar) para iniciar el asistente
Change Polymer Wizard.
3Siga las indicaciones del asistente para colocar polímero fresco en el instrumento.
PRECAUCI
Ó
N
!
5-12 Mantenimiento del instrumento
Antes de instalar un conjunto de capilares utilizado previamente
IntroducciónAntes de reinstalar un conjunto de capilares, es recomendable que:
♦Limpie la parte frontal de la célula de detección
♦Compruebe que la barra catódica esté seca
Limpieza de la célula
de detecciónEste procedimiento no es necesario para matrices nuevas a menos que haya tocado
accidentalmente la célula de detección.
Comprobación de la
barra catódica Cuando coloque un conjunto usado en el instrumento, cerciórese de que la barra
catódica esté seca. Si la barra está húmeda podrían producirse arcos eléctricos.
PELIGRO DE DESCARGA ELÉCTRICA/INCENDIO. No deje líquido en
la barra catódica. Esto podría dar lugar a descargas eléctricas o incluso a un incendio si no se
realiza un mantenimiento correcto.
Para limpiar la célula de detección:
Paso Acción
1Ponga una gota de metanol en la superficie frontal de la célula de detección.
PELIGRO QUÍMICO. El metanol es un vapor y un líquido
inflamable. La exposición a este agente puede causar irritación de los ojos, la piel y
las vías respiratorias, así como depresión del sistema nervioso central y ceguera.
Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las instrucciones de
manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y guantes
apropiados.
2Seque la célula con aire presurizado limpio.
Superficie frontal de la célula de detección
ADVERTENCIA
!
ADVERTENCIA
!
Cerciórese de que la
barra catódica esté
seca, especialmente
en el centro
Mantenimiento del instrumento 5-13
Instalación y extracción del conjunto de capilares
Cuándo cambiar un
conjunto de
capilares
Sustituya un conjunto de capilares después de aproximadamente 100 carreras.
Los problemas relacionados a continuación podrían indicar que se requiere un
conjunto de capilares nuevo:
♦Resolución deficiente y/o disminución de la intensidad de señal
Instalación o
extracción del
conjunto de
capilares
Uso del asistente
PELIGRO QUÍMICO. El polímero POP puede causar irritación de los ojos,
la piel y las vías respiratorias. Consulte la ficha técnica de seguridad (MSDS) y siga las
instrucciones de manipulación indicadas. Use protectores oculares, vestimenta protectora y
guantes apropiados. Uso exclusivamente con fines de investigación y desarrollo.
Para sustituir un conjunto de capilares o para instalar un conjunto de capilares en el
instrumento:
Paso Acción
1Cierre las puertas del horno y del instrumento y, a continuación, pulse el botón Tray.
2En el menú Tools, seleccione Install Capillary Array Wizard (Asistente de instalación
del conjunjo de capilares).
Se abrirá el asistente.
PRECAUCI
Ó
N
!
5-14 Mantenimiento del instrumento
Sustitución del
tampónDespués de instalar un conjunto de capilares nuevo, debe sustituir el tampón. A
continuación, sustituya el tampón y el agua de los reservorios después de 12 horas
de procesamiento.
Consulte las instrucciones en “Comprobación y llenado de líquidos” en la página 2-10.
3Siga las instrucciones del asistente para sustituir o instalar un conjunto.
4Continúe con “Sustitución del tampón” más adelante.
Para sustituir un conjunto de capilares o para instalar un conjunto de capilares en el
instrumento: (continuación)
Paso Acción
Mantenimiento del instrumento 5-15
Almacenamiento de un conjunto de capilares
Cuándo almacenarla
fuera del
instrumento
Almacene el conjunto de capilares fuera del instrumento cuando no vaya a utilizarla
durante más de 1 semana.
Antes de almacenar el conjunto de capilares durante períodos prolongados,
recomendamos llenar los capilares con polímero fresco.
Almacenamiento
del conjunto de
capilares fuera del
instrumento
IMPORTANTE Si tiene previsto volver a utilizar el conjunto de capilares, no deje que se sequen
los capilares. Almacene el conjunto de capilares con ambos extremos en el tampón de
procesamiento 1X.
Para almacenar el conjunto de capilares fuera del instrumento:
Paso Acción
1Llene el conjunto de capilares con polímero fresco utilizando el asistente Change
Polymer Wizard.
2Extraiga el protector de las jeringas.
3Extraiga ambas jeringas del bloque superior de polímero y deseche de manera
apropiada cualquier resto de polímero.
4Lave las jeringas.
5Extraiga el conjunto de capilares del instrumento utilizando el asistente
Install/Replace Capillary Array Wizard (Instalar/sustituir el conjunto de capilares).
Consulte las instrucciones en “Instalación y extracción del conjunto de capilares”
en la página 5-13.
6Vuelva a colocar la cubierta sobre la célula de detección.
7Llene un reservorio de tampón con tampón de procesamiento 1X y cúbralo con
unas tapas tipo septa. Introduzca los extremos de los capilares en el tampón.
8Llene un tubo cónico de 1,5 ml con agua desionizada e introduzca el extremo de
detección del conjunto de capilares.
9Envuelva el tubo con cinta adhesiva de laboratorio (como Parafilm) para impedir la
evaporación.
10 Almacene el conjunto de capilares en posición recta.
11 Compruebe semanalmente el nivel de tampón de procesamiento 1X del reservorio
y del tubo.
5-16 Mantenimiento del instrumento
Apagado del instrumento
Cuándo realizar
cada procedimiento
de apagado
Realice el procedimiento de apagado apropiado tal y como se indica a continuación:
Realización de un
apagado a corto
plazo
Realización de un
apagado a largo
plazo
Si el instrumento va a
estar sin usar durante... Realice este procedimiento de apagado...
no más de 1 semana con
un reservorio de tampón
lleno
A corto plazo
IMPORTANTE La clave de un apagado a corto plazo
satisfactorio es mantener las puntas del conjunto de capilares
en el tampón. Esto impide que el polímero se seque en los
capilares.
durante más de 1 semana A largo plazo
Para realizar un apagado a corto plazo:
Paso Acción
1Llene los capilares con polímero fresco utilizando comandos de control manual.
2Pulse el botón Tray para hacer avanzar el muestreador automático.
3Llene el reservorio de tampón con tampón de procesamiento 1X hasta justo debajo
de la parte superior del reservorio.
4Fije unas tapas tipo septa en el reservorio y coloque el reservorio en la posición 1
del muestreador automático.
5Con las puertas del instrumento abiertas, pulse el botón Tray.
6Cierre las puertas del instrumento. El muestreador automático avanzará hasta la
posición 1, dejando los extremos de los capilares en el reservorio de tampón.
7Apague el ordenador y apague el instrumento.
Para realizar un apagado a largo plazo:
Paso Acción
1Siga el procedimiento descrito en la página 5-15 para extraer y almacenar el
conjunto de capilares fuera del instrumento.
2Extraiga del instrumento:
♦Las jeringas del bloque superior de polímero. Consulte las instrucciones en la
página 5-7.
♦El bloque superior de polímero. Consulte las instrucciones en la página 5-9.
♦El bloque inferior de polímero. Consulte las instrucciones en la página 5-9.
3Extraiga del muestreador automático:
♦Los juegos de placas
♦Los reservorios
4Limpie el muestreador automático y las bandejas de goteo con un paño sin pelusa
humedecido en agua.
5Cierre las puertas del instrumento.
6Apague el ordenador y apague el instrumento.
7Lave con agua templada las jeringas, los bloques de polímero y los reservorios.
Aclárelos con agua desionizada.
Indice-1
Indice
A
adición de archivos a la ventana Sample Manager
(Administrador de muestras) 3-6 a 3-7
advertencia de descarga eléctrica 1-13
advertencia de láser 1-13
análisis de datos, software de análisis de
secuenciación 3-11 a 3-13
archivos de muestras
impresión3-10
longitud máxima 2-15
visualización3-6
visualización en el software de análisis de
secuenciación3-10
asistencia al cliente. Véase asistencia técnica 1-3
asistencia técnica 1-3 a 1-7
dirección de correo electrónico 1-3
dirección de Internet 1-6
oficinas regionales de ventas 1-5 a 1-6
teléfono/fax (fuera de Norteamérica) 1-5
teléfono/fax (Norteamérica) 1-3
ayuda. Véase asistencia técnica 1-3
B
bloque superior de polímero, eliminación de burbujas de
aire 5-4
bloques de polímero
eliminación de burbujas de aire 5-4
extracción del instrumento 5-9
limpieza 5-10
botón Pause (Suspender) 2-24
botón Skip to Next Run (Omitir) 2-24
botón Stop (Detener) 2-24
burbujas de aire, eliminación del bloque superior de
polímero 5-4
C
calibración espacial, comentario 4-2 a 4-5
calibración espectral, comentario 4-6 a 4-14
campo BioLIMS Project (Proyecto BioLIMS) (en registros de
placa) 2-17
capilar amarillo en la vista Array View (Vista de
conjunto) 4-12
carrera 2-25
control 2-23
inicio 2-23
omisión, suspensión, detención2-24
célula de detección, limpieza 5-12
comando Display Run Data (Mostrar datos del
proceso) 3-2
comando Fill Down (Rellenar hacia abajo) 2-17
conjunto de capilares, instalación, extracción,
almacenamiento 5-12 a 5-15
conjunto de fluorocromos, selección2-16
correo electrónico, dirección del servicio de asistencia
técnica 1-3
D
datos
análisis o repetición del análisis 3-11
extracción2-24
visualización de datos analizados 3-5
visualización de datos no analizados 3-2
datos EPT, visualización en análisis de secuenciación3-9
datos no analizados (color), visualización en el software
Data Collection 3-2 a 3-3
datos, análisis. Véase análisis de los datos
dirección de Internet
documentos a pedido 1-7
dirección WWW
Applied Biosystems 1-6
documentos a pedido 1-7
E
espacio de la base de datos, comprobación5-6
espacio del disco duro, comprobación5-5
extracción automática, fallo 2-24
F
Factura
análisis, aplicación3-11
visualización de características 3-9
Ficha Plate View 2-14, 2-20
I
impresión de archivos de muestras 3-10
instrumento
apagado 5-16
operación2-23
J
jeringas, comentario 5-7
juego de placas 5-16
juego de placas, colocación en el muestreador
automático 2-13
M
mantenimiento, comentario 5-2 a 5-16
manuales, serie 3100 1-2
módulo de análisis
selección2-18
visualización y modificación2-27
módulo de carrera
selección2-17
visualización, modificación y creación2-25
MSDS, cómo solicitarlas 1-10
Indice-2
muestreador automático
colocación de placas 2-13
posiciones de los reservorios 2-12
N
números de referencia
manuales 1-2
piezas y consumibles.Véase manual del usuario
O
OrbixWeb, inicio 2-3
ordenador
comprobación del espacio de la base de datos 5-6
comprobación del espacio del disco duro 5-5
P
página Array View (Vista de conjunto) 3-3
patrones de matriz, preparación4-7
polímero, adición o cambio 2-10, 5-11
preferencias 2-5
preferencias del software 2-5
preparación de las muestras
Guía de la química de secuenciación1-2, 2-2
R
registro de placa
creación 2-14 a 2-19
creación para una calibración espectral 4-9
vinculación de una placa 2-20
reservorios
llenado 2-10 a 2-12
posiciones en el muestreador automático 2-12
reservorios de agua y de tampón catódico, llenado 2-10 a
2-12
S
seguridad
comentario 1-8 a 1-13
manual 1-2
seguridad química 1-8
seguridad sobre desechos 1-8
cuadro de diálogo “Select the run to display” (Seleccionar el
proceso a mostrar) 3-2
software Data Collection, inicio 2-3
software de análisis de secuenciación
descripción de las vistas de la ventana de
muestras 3-9
manual del usuario 1-2
ruta del directorio del archivo SeqA.exe 2-27, 3-6
visualización de los datos 3-5
T
tampón de procesamiento 1X, preparación para una carrera
simple 2-11
tampón, preparación para una carrera simple 2-11
V
ventana Sample Manager (Administrador de
muestras) 3-6
adición de archivos 3-6 a 3-7
vinculación de una placa 2-20
vistas de la ventana de muestras (análisis de
secuenciación), descripción3-9
visualización
archivos de muestras en el software de análisis de
secuenciación 3-6 a 3-10
datos no analizados (color) en el software Data
Collection 3-2 a 3-3
Oficina central
850 Lincoln Centre Drive
Foster City, CA 94404 EE.UU.
Tel.: +1 650.638.5800
Llamada gratuita: +1 800.345.5224
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Impreso en EE.UU., 02/2001
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